Родилась 16 июля 1957 г. в гор. Ленинграде (ныне Санкт-Петербург).
В 1979 г. окончила факультет журналистики Ленинградского государственного университета им. А. А. Жданова (ныне Санкт-Петербургский государственный университет).
В 1980-1988 гг. - корреспондент, заведующая отделом, заместитель редактора еженедельника "Светлана" (г. Ленинград).
В 1988-1990 гг. - специальный корреспондент, член редколлегии газеты "Ленинградская правда".
С 1990 г. работала в газете "Невское время" заместителем, затем первым заместителем главного редактора. В 1994-2003 гг. – главный редактор и генеральный директор газеты. В 2001-2003 гг. - член совета директоров закрытого акционерного общества "Телесемь" в Санкт-Петербурге (компания владела журналом "Телевик", газетой "Телесемь").
С октября 2003 г. по июнь 2008 г. - председатель комитета по печати и взаимодействию со СМИ, член правительства г. Санкт-Петербурга.
В 2003-2007 гг. – председатель совета директоров открытого акционерного общества "ТРК "Петербург" (с 2004 г. – ТРК "Петербург-Пятый канал"). Вплоть до 2011 г. оставалась членом совета директоров телекомпании.
В 2005-2011 гг. - вице-президент Российского книжного союза.
С июня 2008 г. по сентябрь 2011 г. занимала пост вице-губернатора г. Санкт-Петербурга. Отвечала за взаимодействие со СМИ и общественностью, рекламу, образование и молодежную политику. Регион в этот период возглавляла Валентина Матвиенко.
С 7 июля 2012 г. Алла Манилова - заместитель, с 26 июня 2018 г. до апреля 2023 г. - статс-секретарь - заместитель министра культуры РФ (в 2012-2020 гг. - Владимира Мединского, с 2020 г. - Ольги Любимовой). Координировала работу Федерального агентства по туризму (Ростуризм), а также деятельность департаментов международных связей; туризма и региональной политики.
25 апреля 2023 г. пресс-служба Министерства культуры РФ сообщила, что Алла Манилова назначена на пост генерального директора Государственного Русского музея.
В 1982-1997 гг. являлась членом правления и секретарем Ленинградского (затем Санкт-Петербургского) Союза журналистов.
Действительный государственный советник РФ 1-го класса (2017).
Алла Манилова награждена орденами Почета (2004), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2007). Отмечена Почетной грамотой президента РФ (2015), Почетной грамотой правительства РФ (2023). Удостоена испанского ордена "За гражданские заслуги" (2019). Имеет также медаль "За вклад в создание Евразийского экономического союза" III степени (Высший совет Евразийского экономического союза; 2015).
Лауреат премии правительства РФ в области образования (2010, присуждена за разработку концепции развития образовательных центров науки и технологий для школьников и создание в г. Санкт-Петербурге интерактивной композиции "Музей оптики").
Лауреат премии Союза журналистов СССР, обладатель премии "Золотое перо" (1997).