Родился 19 мая 1957 г. в г. Фрунзе (Киргизская ССР, ныне г. Бишкек, Киргизская Республика). Его отец, Джузеппе (Жозеф) Марчелли, был итальянцем по происхождению. Он иммигрировал в СССР в 1930 г. вместе с родителями-антифашистами, стал музыкантом, в 1941 г. получил советское гражданство. В 1942 г. Джузеппе Марчелли был репрессирован, освобожден в 1944 г., после этого жил в Бишкеке. Мать, Зоя Сергеевна Мягких, работала официанткой.
В середине 1970-х гг. Евгений Марчелли поступил в Новокузнецке на литейный факультет Сибирского государственного металлургического института им. С. Орджоникидзе (ныне Сибирский государственный индустриальный университет), но оставил учебу после первого курса, увлекшись театром.
В 1981 г. окончил актерский факультет Ярославского театрального училища (ныне Ярославский государственный театральный институт), где его наставниками были народный артист СССР Фирс Шишигин и заслуженная артистка РСФСР Лидия Макарова. В 1986 г. получил диплом Театрального училища им. Б. В. Щукина (ныне Театральный институт им. Бориса Щукина при Государственном академическом театре им. Евгения Вахтангова, Москва) по специальности "режиссер драматического театра". Выпускник мастерской педагога Александра Поламишева.
Работа в театре
С 1981 по 1985 г. Евгений Марчелли был актером Брянского театра юного зрителя.
В 1985 г. в драматическом театре г. Советска (ныне Калининградский областной театр юного зрителя "Молодежный") инсценировал пьесу "Остров" Эдуарда Акопова, после чего был принят в театр в качестве режиссера-постановщика. В 1991 г. стал художественным руководителем этого театра, выступил одним из авторов его нового неофициального наименования - "Тильзит-театр". Поставил в нем спектакли "В белом венчике из роз" по Александру Блоку, "Бой бабочек" по произведению Германа Зудермана и др. Под руководством Марчелли "Тильзит-театр" обрел статус одной из лучших региональных сценических площадок в России. Режиссер также сотрудничал с Государственным академическим театром им. Евгения Вахтангова (Москва), инсценировал в нем пьесу "Лев зимой" Джеймса Голдмена (1997) и трагедию "Отелло" Уильяма Шекспира (2000).
В 1998-1999 гг. был главным режиссером Калининградского областного драматического театра, после чего возобновил работу в "Тильзит-театре".
В 2003-2008 гг. Евгений Марчелли являлся главным режиссером Омского государственного академического театра драмы (совмещал эту должность с аналогичной в "Тильзит-театре").
В 2008-2010 гг. был главным режиссером Калининградского областного драматического театра.
С 2010 г. - режиссер, с февраля 2011 г. по июль 2019 г. - художественный руководитель Российского государственного академического театра драмы им. Федора Волкова (Ярославль). Поставил в нем спектакли "Зойкина квартира" по пьесе Михаила Булгакова, "Без названия" по произведению Антона Чехова "Платонов", "Месяц в деревне" по пьесе Ивана Тургенева, "Дом Бернарды Альбы" по произведению Федерико Гарсиа Лорки, "Екатерина Ивановна" по пьесе Леонида Андреева и др. В 2019 г. стал одним из инициаторов несостоявшегося объединения Волковского театра с Александринским театром (Санкт-Петербург). Это повлекло конфликт с директором ярославского театра Алексеем Туркаловым, который выступал против данной меры. В июле 2019 г. Министерство культуры РФ расторгло трудовой договор с Туркаловым по соглашению сторон, а Марчелли уволился по собственному желанию.
В 2019 г. в Российском государственном театре "Сатирикон" им. Аркадия Райкина (Москва) инсценировал пьесу "Шутники" Александра Островского.
В 2020 г. поставил "Зойкину квартиру" в "Тильзит-театре". В том же году в столичном Государственном театре наций выпустил спектакль "Страсти по Фоме" по повести Федора Достоевского "Село Степанчиково и его обитатели" (ранее, в 2017 г., в этом же театре осуществил постановку "Грозагроза" по Александру Островскому).
С сентября 2020 г. по н. в. Евгений Марчелли занимает должность художественного руководителя Государственного академического театра им. Моссовета. Инсценировал в нем пьесы "Фрекен Жюли" Августа Стриндберга и "Жестокие игры" Алексея Арбузова, также выступил художественным руководителем спектакля "Восемь любящих женщин" по произведению Робера Тома.
Работа в кино
Евгений Марчелли является одним из режиссеров телесериалов "Татьянин день" (2007-2008) и "Деревенская комедия" (2009). В 2008 г. также поставил восьмисерийный фильм "Река-море" и четырехсерийную криминальную мелодраму "Танец горностая".
Звания, награды
Заслуженный деятель искусств РФ (2003).
В 2013 г. постановка Евгения Марчелли "Без названия" была отмечена театральной премией "Золотая маска" в категории "Драма. Спектакль большой формы".