Родился 7 июля 1945 г. в тунисском городе Громбалия в семье кади (мусульманского судьи). Его отец - Мухаммед Марзуки - был противником первого президента Туниса Бургибы и в начале 1960-х годов был вынужден эмигрировать с семьей в Марокко. Мать - Азиза бен Крайем (Aziza Ben Kraiem). У Марзуки 11 братьев и сестер (четверо от одной матери).
В 1957-1961 гг. учился в престижной школе Садики в Тунисе. В 1964 г. закончил французский лицей в Танжере (Марокко), получив степень бакалавра. На конкурсной основе получил стипендию от французского правительства на получение дальнейшего образования.
Закончил медицинский факультет Страсбургского университета (Франция). Получив диплом врача-невролога, остался работать на факультете ассистентом.
В 1973 г. в Страсбургском университете защитил докторскую диссертацию в области медицинской деонтологии (совокупность нравственных норм профессионального поведения медицинских работников). Тема диссертации: "Человеческие переживания как предмет изучения медицины". В 1979 г. она была опубликована в Париже под названием "Крепкое тело" ("L’arrache-corps") и была также переведена на испанский язык.
В 1973-1977 гг. работал в отделении легочных заболеваний и на кафедре эндокринологии и неврологии Страсбургского университета. Получил серебряную медаль за исследования в изучении заболевания инсультом у молодых людей.
В 1977-1979 гг. заместитель директора отделения общей медицины в клинике Страсбурга. Получил три степени бакалавра: в неврологии, в общей медицине и в области общественного здравоохранения.
В 1979 г. вернулся в Тунис.
В 1979-1982 гг. - доцент кафедры неврологии в столичной клинике Туниса.
С 1980 г. стал заниматься правозащитной деятельностью, вступив в организацию Тунисская лига защиты прав человека.
В 1982-2000 гг. - доцент, затем профессор университета г. Сусе. Около 20 лет занимался вопросами оказания медицинской помощи бедным слоям населения.
В 1985 г. был избран членом руководящего Национального совета Тунисской лиги защиты прав человека.
В 1987 г. назначен заместителем председателя Тунисской лиги защиты прав человека, отвечающим за образование.
В 1989-1994 гг. - председатель Тунисской лиги защиты прав человека. 4 июня 1992 г. организация была распущена, когда в силу вступил декрет о проверке политической благонадежности некоторых организаций. В том же году Марзуки был арестован по обвинению в публикации статьи, называющей фашистским режим президента Туниса Зин аль-Абидина бен Али.
В 1989-1997 гг. - член руководящего комитета Арабской организации по правам человека со штаб-квартирой в Каире и активист тунисского отделения Amnesty International ("Международная амнистия").
В 1993 г. учредил правозащитную организацию Национальный комитет по защите осужденных, который вскоре был запрещен.
В марте 1993 г. вновь была легализована Тунисская лига защиты прав человека. На съезде Лиги 5-6 февраля 1994 г. Монсеф Марзуки объявил о своем решении не участвовать в выборах Национального совета организации, так как был намерен выставить свою кандидатуру на президентских выборах.
В феврале 1994 г. выдвинул свою кандидатуру для участия в президентских выборах 20 марта 1994 г., но Конституционная комиссия Туниса не утвердила его как кандидата. За попытку принять участие в выборах перенес несколько арестов и 4-месячное тюремное заключение. Затем у него был конфискован паспорт, в течение пяти лет фактически находился под домашним арестом в Сусе.
В 1997-2000 гг. - председатель Арабской комиссии по правам человека.
С 10 декабря 1998 г. по 16 февраля 2001 г. - официальный представитель организации Национальный совет за свободу в Тунисе, которая не получила официального разрешения на легальную деятельность в стране.
В 2000 г. уволен из университета в Сусе за участие в правозащитной деятельности.
30 декабря 2000 г. был приговорен к одному году тюремного заключения за членство в Национальном совете за свободу и за распространение информации о нарушениях прав человека в Тунисе.
В 2000-2003 гг. - председатель Африканской организации по предотвращению жестокого обращения с детьми и безнадзорности.
25 июля 2001 г. создал левую партию Конгресс за республику (Congrès pour la République), которая сразу же была запрещена. Основной задачей партии было установление демократии в Тунисе. До 13 декабря 2011 г. был председателем партии.
В декабре 2001 г. Марзуки был вынужден эмигрировать во Францию, где провел около 10 лет, работая в различных медицинских учреждениях.
В 2004-2006 гг. предпринимал попытки вернуться на родину. В октябре 2006 г. ненадолго легально приехал в Тунис. Его два интервью катарскому телеканалу Al-Jazeera, содержащие критику режима президента бен Али и призыв к гражданскому неповиновению, спровоцировали кризис в отношениях между Тунисом и Катаром (на некоторое время было закрыто тунисское посольство в Дохе).
14 января 2011 г. в Тунисе произошла "жасминовая революция", в результате которой был свергнут режим президента Зин аль-Абидина бен Али.
17 января 2011 г. в Париже Марзуки объявил о намерении выдвинуть свою кандидатуру на пост президента Туниса. На следующий день он вернулся в Тунис.
8 марта 2011 г. его партия Конгресс за республику была официально зарегистрирована.
23 октября 2011 г. Марзуки избран членом нового законодательного органа Туниса - Национальной учредительной ассамблеи (НУА) от партии Конгресс за республику. По итогам выборов его партия получила 29 из 217 мест в НУА.
12 декабря 2011 г. на заседании НУА был избран президентом Туниса. За его кандидатуру проголосовали 153 из 217 депутатов. Приведен к присяге 13 декабря 2011 года. Марзуки стал пятым главой Туниса с момента обретения страной независимости в 1956 году. На церемонии инаугурации заявил, что является президентом всех тунисцев, поэтому слагает с себя полномочия председателя партии Конгресс за республику. Президентский срок Марзуки истекает в декабре 2014 г.
30 сентября 2014 г. его кандидатура одобрена Высшей независимой инстранцией по выборам для участия в президентских выборах 23 ноября 2014 г.
23 ноября 2014 г. в первом туре президентских выборов занял 2 место, получив 33,43 % голосов избирателей. Вышел во 2-ой тур.
21 декабря 2014 г. проиграл во втором туре, получив 44,32 % (1,3 млн) голосов избирателей, его соперник Бежи Каид ас-Себси завоевал 55,68 % (1,7 млн) голосов. После оглашения результатов признал свое поражение.
23 декабря 2014 г. заявил, что создаст новое политическое движение, целью которого станет создание препятствий для возвращения диктатуры.
31 декабря 2014 г. состоялась церемония передачи власти новому президенту.
24 февраля 2024 г. суд Туниса заочно приговорил Монсефа Марзуки к восьми годам тюремного заключения. Причиной уголовного преследования стало то, что бывший глава государства в прессе и социальных сетях часто подвергал критике администрацию президента Каиса Саида. Суд счел Марзуки виновным в подстрекательстве людей к свержению правящего режима, провоцировании беспорядков, убийств и грабежей на территории Туниса.
Лауреат премии в области медицины стран Магриба (1982, Medicine Prize of the Maghreb), премии Арабского медицинского конгресса (1988, prize of Arab Medical Congress), премии Национальной академии наук США (1989, prize by the National Academy of Sciences of the USA), премии правозащитной организации "Хьюман райтс уотч" (1994, Human Rights watch).
Автор пятнадцати книг на арабском и французском языках в области медицины, медицинской этики, прав человека и проблемы демократизации арабских стран.
Владеет французским языком.
Женат. Супруга - Беатрис Рейн (Beatrix Rhein). Имеет двух дочерей.