Родился 7 февраля 1921 г. в пос. Илларионовский Пятигорского уезда Терской губернии РСФСР (ныне г. Минеральные Воды, Ставропольский край РФ) в семье крестьянина (по другим данным - железнодорожника).
В 1930-х гг. занимался в аэроклубе г. Пятигорска. С ноября 1938 г. - в рядах Рабоче-крестьянского Красного флота. В декабре 1940 г. окончил Ейское военно-морское училище им. И. В. Сталина.
Пилот (март 1941), младший летчик (май 1941), летчик (январь 1942) 4-го минно-торпедного авиационного полка 29-й авиационной бригады Военно- воздушных сил (ВВС) Тихоокеанского флота (аэродром Романовка Приморского края). В 1942 г. занимался перегоном самолетов на фронт Великой Отечественной войны с авиазавода в Комсомольске-на-Амуре (Хабаровский край).
В боевых действиях участвовал с июня 1942 г. Был зачислен командиром звена в 36-й минно-торпедный полк ВВС Черноморского флота (ЧФ). С октября 1942 г. служил в 5-м гвардейском минно-торпедном авиационном полку ВВС ЧФ в должностях летчика, с июня 1943 г. - командира звена, с мая 1944 г. - заместителя командира эскадрильи. Принимал участие в обороне Кавказа, освобождении Крыма, Украины, Румынии и Болгарии.
Указом Президиума Верховного совета СССР от 5 ноября 1944 г. гвардии сержанту Василию Минакову было присвоено почетное звание Героя Советского Союза ("за мужество и героизм, проявленные при освобождении Крыма от немецко-фашистских захватчиков"). К этому моменту Минаков на самолете Ил-4 совершил в общей сложности 182 вылета (включая 71 ночной), боевыми и торпедными ударами уничтожил 13 транспортов противника (7 лично и 6 в группе) общим водоизмещением 36 тыс. 500 т, 12 барж, четыре сторожевых катера, один тральщик, один буксир, четыре склада боеприпасов, четыре железнодорожных станции и переправу гитлеровцев через реку Дон. В воздушных боях сбил четыре самолета противника.
Всего же за период Великой Отечественной войны Василий Минаков совершил 206 боевых вылетов. 10 мая 1944 г. у крымского побережья в составе группы потопил транспорт "Тея" водоизмещением 2 тыс. 773 т с 3 тыс. 500 военнослужащими противника на борту. Был дважды ранен.
В январе - июле 1945 г. прошел обучение на Высших авиационных курсах ВВС ВМФ СССР в г. Моздоке. С мая 1946 г. командовал эскадрильей, с декабря 1946 г. служил помощником, а с июля по декабрь 1949 г. - заместителем командира 68-го минно-торпедного авиационного полка 19-й минно-торпедной авиационной дивизии на Балтике.
В 1952 г. стал выпускником Военной-морской академии им. К. Е. Ворошилова (ныне Военно-морская академия имени Адмирала Флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова, Санкт-Петербург). С декабря 1952 г. по 1955 г. командовал 52-м гвардейским минно-торпедным авиационным полком 89-й минно- торпедной авиационной дивизии ВВС 5-го флота на Тихом океане. С декабря 1955 г. - 128-й гвардейской минно-торпедной авиационной дивизии ВВС Балтийского флота.
После окончания в 1961 г. Военной академии Генерального штаба ВС СССР (ныне Военная академия Генерального штаба ВС РФ, Москва) был назначен начальником штаба - первым заместителем командующего ВВС Северного флота. В 1960-х гг. пребывал в длительной командировке в Объединенной Арабской Республике, помогая организовать египетскую морскую авиацию.
С февраля 1971 г. по 1985 г. был начальником 30-го Центрального научно- исследовательского института авиации и космонавтики (Ленинград, ныне Санкт-Петербург), руководил разработкой военной авиационной техники. Под руководством Минакова сотрудники института участвовали в создании пяти типов самолетов и семи типов вертолетов.
С октября 1985 г. Василий Минаков находился в запасе.
Генерал-майор авиации (1958). Кандидат военно-морских наук (1974), доцент.
Автор множества книг об авиаторах ВМФ, включая "Командиры крылатых линкоров" (1981), "Гневное небо Тавриды" (1985), "Балтийские соколы" (1995), "Дорога в небо через моря и океаны" (1996), "Герои Черноморского неба. Записки молодого летчика" (2002) и др.
Почетный гражданин Минеральных Вод.
Проживал в Санкт-Петербурге.
Василий Минаков скончался 8 октября 2016 г. на 96-м году жизни. Похоронен на петербургском Никольском кладбище.
Был награжден орденами Ленина (1944), Октябрьской Революции (1981), тремя орденами Красного Знамени (1942, 1943, 1965), орденом Александра Невского (1944), двумя орденами Отечественной войны I степени (1944, 1985), двумя орденами Красной Звезды, орденом "За службу Родине в Вооруженных силах СССР".