Родился 13 января 1964 г. в г. Щучье Курганской области.
В 1986 г. окончил Курганский сельскохозяйственный институт, в 2005 г. - Уральскую академию государственной службы (ныне Уральский институт управления - филиал Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ). В 2008 г. повысил квалификацию в Военной академии Генерального штаба ВС РФ по программе "Оборона и безопасность Российской Федерации".
Кандидат экономических наук. В 2005 г. в Институте экономики Уральского отделения РАН защитил диссертацию на тему "Становление конкурентного поведения предпринимательских структур".
С мая 1986 г. по апрель 1992 г. - главный специалист предприятия агропромышленного комплекса Курганской области.
В 1992-1994 гг. - директор ТОО "Росинвестсвязь".
С августа 1994 г. по апрель 1996 г. - исполнительный директор ТОО "Зауралсельснаб".
С апреля 1996 г. по апрель 2002 г. - генеральный директор ООО "Зауральская топливно-энергетическая корпорация". Был антикризисным управляющим ряда предприятий, включая ОАО "Лебяжьевский элеватор", ОАО "Макушинский элеватор".
С апреля 2002 г. по ноябрь 2003 г. - внешний управляющий ФГУП "Курганприбор".
С ноября 2003 г. по январь 2006 г. - председатель совета директоров ОАО "Курганприбор".
С мая 2010 г. - руководитель Курганского регионального объединения работодателей "Союз промышленников и предпринимателей". Заместитель председателя Общественной палаты Курганской области.
C 2015 г. был председателем совета директоров ОАО "Кургандормаш".
Возглавлял также совет директоров АО "НПО "Курганприбор", до 2020 г. занимал должность директора по развитию объединения.
13 сентября 2015 г. избран депутатом Курганской областной думы VI созыва по Центральному избирательному округу №2 (г. Курган). На выборах получил 44,22% голосов. Депутатские полномочия исполнял на непостоянной основе, совмещая их с работой в НПО "Курганприбор". Занимал пост заместителя председателя комитета по экономической политике, входил в комитет облдумы по социальной политике. 13 сентября 2020 г. был избран депутатом Курганской облдумы VII созыва (на выборах возглавлял территориальную группу №14 "Притобольная").
С сентября 2020 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор). 25 сентября 2015 г. депутаты Курганской областной думы наделили Сергея Муратова полномочиями сенатора - представителя от органа законодательной власти региона. В верхней палате парламента он сменил Сергея Лисовского.
Президент Федерации самбо и дзюдо Курганской области.
Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" I степени (2016), орденом Русской православной церкви Преподобного Сергия Радонежского I степени.
Имеет звание "Почетный гражданин Курганской области".