Родился 1 января 1970 г. в с. Акша Читинской обл. РСФСР (ныне в Забайкальском крае РФ).
После окончания Уссурийского суворовского военного училища поступил в Коломенское высшее артиллерийское командное училище, которое окончил в 1991 г. В 2003 г. стал выпускником Общевойсковой академии Вооруженных Сил Российской Федерации (ныне Военный учебно-научный центр Сухопутных войск "Общевойсковая академия Вооруженных Сил Российской Федерации", ВУНЦ СВ "ОВА ВС РФ"). В 2012 г. окончил Военную академию Генерального штаба ВС РФ.
В 1991-1993 гг. проходил службу в Воздушно-десантных войсках (ВДВ) на должности командира противотанкового взвода противотанковой батареи парашютно-десантного батальона 83-й отдельной воздушно-десантной бригады.
В 1993-1995 гг. командовал противотанковой батареей парашютно-десантного батальона этой же бригады.
В 1995-1999 гг. занимал должность начальника штаба - заместителя командира парашютно-десантного батальона 83-й отдельной воздушно-десантной бригады, которая в 1996 г. была выведена из состава ВДВ и вошла в состав Дальневосточного военного округа (ДВО).
В 1999-2001 гг. Евгений Никифоров командовал 635-м отдельным парашютно-десантным батальоном 83-й отдельной воздушно-десантной бригады.
В 2003-2007 гг. служил заместителем командира, а позднее командиром этой бригады.
В 2007-2009 гг. Евгений Никифоров являлся командиром 21-й мотострелковой дивизии 35-й армии ДВО.
В 2009-2010 гг. командовал 38-й отдельной мотострелковой дивизией 35-й армии Восточного военного округа (ВВО).
В 2012 г. после выпуска из Военной академии Генштаба был назначен заместителем командующего 58-й общевойсковой армией Южного военного округа (ЮВО).
В 2014-2015 гг. занимал пост начальника штаба - первого заместителя командующего 20-й общевойсковой армией Западного военного округа (ЗВО).
В 2016-2017 гг. командовал армией ЗВО, в 2017-2019 гг. - 58-й общевойсковой армией ЮВО.
В 2019-2020 гг. занимал должность заместителя командующего войсками ЗВО.
В 2020-2022 гг. являлся начальником штаба - первым заместителем командующего войсками ВВО.
В январе 2023 г. назначен командующим войсками ЗВО.
Генерал-полковник (2023).
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" III и IV степени с мечами, Александра Невского, Кутузова, "За военные заслуги", а также медалями.