Родился 26 ноября 1979 г. в Москве.
В 2001 г. окончил Государственный университет управления (ГУУ), по специальности "государственное и муниципальное управление", в 2006 г. - аспирантуру университета. В 2007 г. получил степень магистра исполнительного делового администрирования (executive MBA) Стокгольмской школы экономики.
Доктор экономических наук. В 2005 г. в ГУУ защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук по теме "Стратегия организационных изменений как инструмент эффективного управления: теоретико-методический аспект". В 2018 г. в Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ защитил докторскую диссертацию по теме "Формирование и обеспечение эффективного функционирования региональных управленческих команд".
С 2000 г. работал на руководящих должностях в бизнесе, в частности с 2002 по 2011 г. - в группе компаний "Рускомпозит", производящей стекловолокно, композиты и геосинтетические материалы.
В 2009-2011 гг. - генеральный директор ООО "Управляющая компания "Рускомпозит".
Входил в Общероссийскую общественную организацию "Деловая Россия". Возглавлял комитет по производству композитных материалов межотраслевого совета, а также комитет по молодежному предпринимательству. Был координатором проекта "Качество дорог России".
В 2011-2017 гг. - генеральный директор Агентства стратегических инициатив по продвижению новых проектов (АСИ).
В 2017-2025 гг. Андрей Никитин возглавлял Новгородскую область.
13 февраля 2017 г. указом президента РФ Владимира Путина был назначен врио губернатора Новгородской области. Сменил во главе региона Сергея Митина.
10 сентября 2017 г. в ходе прямых выборов был избран губернатором Новгородской области (баллотировался от "Единой России"). За него проголосовали 67,99% избирателей. Второе место на выборах заняла кандидат от КПРФ, помощник депутата Госдумы Ольга Ефимова (16,17%). 14 октября того же года Андрей Никитин официально вступил в должность.
11 сентября 2022 г. вновь победил на выборах губернатора Новгородской области (был выдвинут "Единой Россией"), получив в свою поддержку 77,03% голосов избирателей. Его ближайший соперник - кандидат от КПРФ Ольга Ефимова - набрала 10,99%. 14 октября того же года Андрей Никитин принял присягу. 7 февраля 2025 г. досрочно ушел в отставку с поста губернатора по собственному желанию.
С 7 февраля по 8 июля 2025 г. - заместитель министра транспорта РФ. Курировал цифровую трансформацию, деятельность по информатизации и автоматизации транспортного комплекса страны, разработку и реализацию стратегии его развития.
7 июля 2025 г. указом президента РФ Владимира Путина был назначен и. о. министра транспорта РФ. В тот же день председатель правительства РФ Михаил Мишустин внес на рассмотрение Госдумы кандидатуру Андрея Никитина на пост министра транспорта.
С 8 июля 2025 г. - министр транспорта РФ. При рассмотрении в Госдуме его кандидатура была поддержана единогласно (за - 408 депутатов). После этого президент РФ подписал указ о назначении Андрея Никитина главой Минтранса.
Член генерального совета партии "Единая Россия". Секретарь новгородского регионального отделения партии.
Член наблюдательного совета Агентства стратегических инициатив.
Входил в состав президиума Государственного совета РФ. Был председателем комиссии Госсовета по направлению "Семья". Входил в состав президиумов советов при президенте РФ по модернизации экономики и инновационному развитию и по стратегическому развитию и приоритетным проектам. Был членом Экономического совета, Комиссии при президенте РФ по вопросам государственной службы и резерва управленческих кадров.
Входил в наблюдательные советы Фонда развития промышленности и Фонда развития моногородов, советы директоров РКК "Энергия", Федеральной корпорации по развитию малого и среднего предпринимательства и др.
Был доцентом кафедры теории и систем отраслевого управления Института отраслевого менеджмента РАНХиГС.
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством IV степени" и Александра Невского (2023), медалями ордена "За заслуги перед Отечеством" II и I степеней (2015, 2020). Имеет благодарность президента РФ (2014).
Автор и соавтор нескольких научных работ, в том числе учебного пособия "Теория менеджмента" (2010).