Родился 20 июля 1979 г. в Белграде (Югославия, ныне Сербия).
В 1989-1999 гг. находился в системе белградского футбольного клуба "Рад", в 1998-1999 гг. на правах аренды выступал за белградскую команду "Дорчол". В 1999 г. завершил карьеру из-за травмы.
Впоследствии получил профессиональное тренерское образование, а также окончил факультет спортивного менеджмента в частном университете "Альфа БК" (Белград).
С 2001 по 2007 г. Марко Николич работал тренером детских команд "Рада", в 2007-2008 гг. - помощником тренера основного состава.
С октября 2008 г. по май 2011 г., а также с марта 2012 г. по май 2013 г. - главный тренер "Рада".
С октября 2011 г. по март 2012 г. возглавлял юношескую сборную Сербии.
В июне - декабре 2013 г. являлся главным тренером сербского клуба "Войводина" (Нови-Сад).
С декабря 2013 г. по март 2015 г., а также с августа 2016 г. по май 2017 г. Марко Николич возглавлял белградский "Партизан". В 2017 г. привел команду к победе в чемпионате и Кубке Сербии.
С января по апрель 2016 г. - главный тренер словенского клуба "Олимпия" (Любляна).
С июня 2017 г. по ноябрь 2019 г. являлся главным тренером венгерского клуба "МОЛ Фехервар" (до 2018 г. носил название "Видеотон", в сезоне 2018/2019 гг. - "МОЛ Види", с 2023 г. - "Фехервар") из гор. Секешфехервар. Под его руководством клуб стал чемпионом страны (2018) и обладателем Кубка Венгрии (2019).
С 1 июня 2020 г. по 5 октября 2021 г. Марко Николич был главным тренером московского "Локомотива". В 2021 г. привел команду к победе в Кубке России и бронзовым медалям чемпионата страны.
С июля 2023 г. по май 2024 г. возглавлял клуб "Шабаб Аль-Ахли" (Дубай, ОАЭ). Под его руководством команда завоевала Суперкубок ОАЭ.
С 6 июня 2024 г. - главный тренер московского ЦСКА.