Родился 5 августа 1937 г. в округе Агуа-Гранди на о.Сан-Томе.
В 1950-1960-х гг. учился в школе в Сан-Томе и Принсипи, в семинарии в Анголе, в колледже "Португалия" (Лиссабон, Португалия). Продолжил образование в ГДР - закончил Берлинский университет им. Гумбольдта.
В 1971 г. в Берлинском университете защитил докторскую диссертацию по экономике.
В годы учебы в Португалии начал заниматься политической деятельностью.
В 1960 г. в Габоне участвовал в создании Комитета за освобождение Сан-Томе и Принсипи. В 1972 г. Комитет был преобразован в Движение за освобождение Сан-Томе и Принсипи (МЛСТП, порт. Movimento de Libertação de São Tomé et Principe - MLSTP), а Пинту да Кошта - избран его генеральным секретарем (1972-1975). Основным программным положением Движения в те годы была борьба за предоставление независимости островам и построение социализма.
В 1972-1974 гг. проживал в Экваториальной Гвинее, с 1974 г. – в Габоне, в 1975 г. вернулся на родину.
12 июля 1975 г. была провозглашена независимость Сан-Томе и Принсипи. Пинту да Кошта был избран Конституционной ассамблеей первым президентом Сан-Томе и Принсипи. Переизбирался на пост на сессиях парламента в 1980 и 1985 гг. В это время занимал также ряд министерских постов: 1975-1978 гг. - министр сельского хозяйства, аграрной реформы и обороны; 1977-1978 гг. - министр труда и общественной безопасности; 1977-1982 гг. - министр территориального управления; 1982-1986 гг. - министр обороны и национальной безопасности; 1979-1988 гг. - премьер-министр; 1985-1986 гг. - министр иностранных дел и планирования; 1987-1988 гг. - министр экономики и планирования.
В 1978-1990 гг. - председатель МЛСТП.
До 1990 г. выборы в стране проводились на однопартийной основе. В августе 1990 г. на всенародном референдуме была принята новая конституция, предусматривающая переход к многопартийной системе. В ноябре 1990 г. МЛСТП приняла новую программу и устав, согласно которому к названию партии была добавлена часть "Социал-демократическая партия" (ПСД, Partido Social Democrata - PSD). На первых многопартийных парламентских выборах в январе 1991 г. МЛСТП/ПСД потерпела поражение.
В 1996 г. Пинту да Кошта был выдвинут кандидатом от партии на президентских выборах. Пройдя во второй тур, проиграл действующему президенту Мигелю Тровоаде, набрав 47,26% голосов.
В 1998 вновь занял пост председателя МЛСТП/ПСД. Под его руководством партии удалось одержать победу на парламентских выборах 1998 г. и сформировать правительство.
В 2001 гг. Пинту да Кошта вновь был выдвинут кандидатом в президенты от МЛСТП/ПСД, но на этот раз проиграл Фрадике де Менезешу уже в первом туре (39,98%, второе место).
В 2005 г. покинул пост председателя партии, однако остался ее рядовым членом.
Накануне выборов 2011 г. Пинту да Кошта решил побороться за высший государственный пост теперь уже в качестве независимого кандидата (официальным кандидатом МЛСТП/ПСД стал ее председатель Аурелиу Мартинш). В своей предвыборной кампании экс-президент обещал избирателям бороться с бедностью и коррупцией, восстановить доверия граждан к органам государственной власти, обеспечить политическую стабильность и национальное единство, примирив сторонников либеральных реформ с левыми социалистами. В первом туре, состоявшемся 17 июля, Пинту да Кошта получил 36,62% и занял первое место. Во втором туре ему противостоял заместитель председателя партии Независимое демократическое действие (АДИ, порт. Accao Democratica Independente - ADI) Эваришту Карвалью. 7 августа за Пинту да Кошту проголосовали 52,88% избирателей, после чего он был объявлен новым президентом страны.
3 сентября 2011 г. состоялось официальное вступление его в должность президента Демократической Республики Сан-Томе и Принсипи.
В ноябре 2012 г. Национальная ассамблея выдвинула вотум недоверия правительству Патриса Тровоады. Возглавляемая им партия АДИ имела наибольшую фракцию в парламенте, которая в то же время не обладала большинством (26 из 55 мест). Пинту да Кошта подписал указ о роспуске правительства и назначил новым премьер-министром Габриэля Кошту, представлявшего МЛСТП/ПСД. Тровоада и его сторонники объявили действия президента неконституционными и потребовали проведения досрочных парламентских выборов. Тем не менее новому правительству удалось добиться поддержки парламентского большинства, которое составили МЛСТП/ПСД в коалиции с двумя другими партиями. Тровоада покинул Сан-Томе и провел следующие два года в Португалии. Ряд экспертов и политиков объясняли отставку правительства давней личной неприязнью Пинту да Кошты к Тровоаде, отец которого - Мигель Тровоада - был давним политическим оппонентом президента еще во времена однопартийного режима. Однако в 2014 г. лидер АДИ вновь вернулся в страну и привел свою партию к убедительной победе на парламентских выборах, по итогам которой она получила 33 места в Национальной ассамблее нового созыва. Тровоада снова занял пост премьер-министра, впоследствии характеризуя свои отношения с президентом как "ровные" и "корректные". Пинту да Кошта также отверг все обвинения в "сведении старых счетов", объясняя свои действия лишь исполнением конституционного долга в условиях политического кризиса.
В 2016 г. Мануэл Пинту да Кошта снова заявил о своем намерении участвовать в выборах в качестве независимого кандидата. Как и в 2011 г. он строил свою кампанию на популистских лозунгах стремления к единству, согласию, миру и процветанию страны. Главным соперником президента вновь выступил Эваришту Карвалью. По итогам первого тура, состоявшегося 17 июля, Пинту да Кошта занял второе место, получив 24,8% голосов. Согласно предварительным итогам выборов, Карвалью с результатом 50,1% одерживал победу уже в первом туре, однако 21 июля после пересмотра итогов голосования в некоторых округах избирательная комиссия объявила, что ни одному из кандидатов не удалось преодолеть 50-процентный барьер. Накануне проведения второго тура Пинту да Кошта обвинил избирательную комиссию в некомпетентности и фальсификации всего избирательного процесса и потребовал отставки ее руководства. Председатель комиссии Альберту Перейра признал факт нарушений, допущенных во время выборов, но отказался покидать должность. Не получив поддержки в Конституционном суде, Пинту да Кошта в знак протеста отозвал свою кандидатуру, оставив Карвалью единственным кандидатом во втором туре. 7 августа, в день голосования, штаб президента, согласно сообщениям национальных СМИ, отправился на пикник.
3 сентября 2016 г. передал власть Эваришту Карвалью.
В 1993 г. он возглавлял делегацию наблюдателей от НДИ (Национальный демократический институт) и Центра Картера на первых демократических выборах в Бурунди.
2002-2011 гг. — возглавлял департамент иностранных дел межправительственной организации Международный парламент за безопасность и мир (Палермо, Италия).
Награжден орденом "Хосе Марти" (Куба).
В 2011 г. опубликовал книгу политических мемуаров "Твердая земля" (Terra Firme).
Владеет португальским и немецким языками.