Родился 7 февраля 1953 г. в Москве в семье рабочих.
В 1979 г. экстерном окончил Московский государственный институт международных отношений (МГИМО) Министерства иностранных дел СССР.
Доктор исторических наук. В 1982 г. в МГИМО защитил кандидатскую диссертацию на тему "Критический анализ буржуазных концепций значения гонки вооружений в военно-политической стратегии США: 70-е годы". В 1990 г. в Дипломатической академии МИД СССР – докторскую диссертацию по теме "Современная военная доктрина США и военно-политические аспекты международной безопасности".
С 1968 г. работал слесарем-электриком на заводе им. Панфилова в Москве, затем проходил срочную службу в Вооруженных силах СССР.
Во время учебы в вузе был секретарем комитета комсомола и членом партийного бюро. После окончания МГИМО остался в институте на должности научного сотрудника.
В 1981-1985 гг. референт, руководитель группы научных консультантов Комитета молодежных организаций СССР.
В 1985-1990 - старший научный сотрудник Института мировой экономики и международных отношений Академии наук СССР, также преподавал в Дипломатической академии МИД СССР.
Инициатор создания в 1990 г. Российско-Американского университета (РАУ), в 1991-1992 гг. – его президент. С 1992 г. возглавлял созданную на основе РАУ международную неправительственную научно-исследовательскую и образовательную организацию "РАУ-Корпорация". Был председателем редакционно-издательского совета журнала "Обозреватель-Оbsеrvеr", который издавался "РАУ-Корпорацией".
В 1990 г. вышел из Коммунистической партии Советского Союза.
В 1990-1991 гг. - советник Алексея Царегородцева, помощника председателя Верховного совета РСФСР, затем президента РСФСР Бориса Ельцина.
В 1991-1993 гг. Алексей Подберезкин руководил группой консультантов вице-президента РФ Александра Руцкого.
В 1992-1993 гг. – один из организаторов и член президиума центрального совета объединения правоконсервативных и национально-патриотических организаций "Российское народное собрание" (лидеры – Виктор Аксючиц, Николай Павлов и др.).
12 декабря 1993 г. Алексей Подберезкин баллотировался от группы избирателей в Государственную думу I созыва по Люберецкому одномандатному округу №108 (Московская область). В Госдуму не прошел, выборы в округе выиграл президент ремонтно-строительного объединения "Раменское" Анатолий Гуськов, набравший 34,8% голосов избирателей.
В 1994 г. Алексей Подберезкин создал фонд "Духовное наследие", на основе которого в том же году было учреждено одноименное общественно-политическое движение. Оставался председателем центрального совета движения "Духовное наследие" в 1994-2001 гг.
В 1995-1999 гг. – депутат Государственной думы II созыва. 17 декабря 1995 г. был избран по списку Коммунистической партии РФ (занимал 10 место в центральной части списка). Кроме того, баллотировался по Центральному одномандатному округу №202 (Москва), где с результатом 9,51% занял 4 место из 18 кандидатов (победу в округе одержал член Совета Федерации Николай Гончар - 26,30% голосов). В Госдуме Алексей Подберезкин до августа 1999 г. входил во фракцию КПРФ, в октябре 1999 г. присоединился к незарегистрированной группе парламентариев "Народный депутат". Был заместителем председателя комитета Госдумы по международным делам, руководителем подкомитета по внешней разведке.
В 1996 г. был доверенным лицом лидера КПРФ Геннадия Зюганова на выборах президента РФ, занимал пост заместителя руководителя его избирательного штаба.
В 1996-1999 гг. – член координационного совета и сопредседатель Народно-патриотического союза России, в который входили партии и движения, поддерживавшие Геннадия Зюганова как лидера оппозиции.
Осенью 1997 г. руководил кампанией избирательного блока народно-патриотических сил "Моя Москва" (КПРФ, Аграрная партия, Российский общенародный союз и др.) на выборах в Московскую городскую думу.
19 декабря 1999 г. Алексей Подберезкин участвовал в выборах в Госдуму III созыва, однако не прошел в нижнюю палату парламента. Баллотировался под первым номером в списке движения "Духовное наследие" (список не преодолел 5-процентный барьер, набрав 0,1%), а также по Центральному одномандатному округу №202 (Москва), где с результатом 4,59% занял 5 место из 10 кандидатов (в округе вновь победил Николай Гончар, 32,24%).
26 марта 2000 г. Алексей Подберезкин баллотировался на пост президента РФ (выдвигался от инициативной группы граждан). По итогам голосования с результатом 0,13% занял предпоследнее 10 место из 11 кандидатов.
В 2001-2004 гг. был советником председателя Счетной палаты РФ Сергея Степашина, занимал должность первого заместителя директора Государственного института системного анализа Счетной палаты РФ.
В 2001 г. принимал участие в попытке создать объединенную социал-демократическую партию с участием бывшего генсека ЦК КПСС Михаила Горбачева и экс-спикера Госдумы Ивана Рыбкина.
В 2002-2003 гг. – генеральный секретарь Социалистической единой партии России (СЕПР), созданной на базе движения "Духовное наследие". Покинул партию в связи с участием СЕПР в предвыборном блоке "Родина".
В 2002-2004 г. - первый заместитель директора НИИ социальных систем при МГУ им М. В. Ломоносова.
С середины 2000-х гг. – научный руководитель научно-информационного агентства "Наследие отечества". Кроме того, был директором межрегиональной организации содействия защите прав и свобод граждан "Правозащитный центр".
С ноября 2004 г. по февраль 2009 г. – член Совета при президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека.
С 2004 г. был главным идеологом, в 2005-2008 гг. – лидером Партии социальной справедливости (ПСС; в 2008 г. организация вошла в состав партии "Справедливая Россия").
4 декабря 2005 г. участвовал в выборах в Московскую городскую думу. Был первым номером в списке Партии социальной справедливости. В Мосгордуму не прошел, так как список набрал 1,22% (восьмое место из девяти партий).
В январе 2006 г. выдвинул свою кандидатуру на выборах депутатов Законодательного собрания Нижегородской области IV созыва. Однако в феврале того же года ему было отказано в регистрации.
В апреле 2006 г. перешел на работу в Аппарат правительства РФ, занимал должность референта первого заместителя председателя правительства Дмитрия Медведева, в сферу его ответственности входила работа с приоритетными национальными проектами, аналитика. В связи с переходом на госслужбу приостановил членство в ПСС, однако остался ее лидером.
2 декабря 2007 г. баллотировался в Госдуму V созыва по списку Партии социальной справедливости, был первым номером в общефедеральной части списка. В Госдуму не прошел, так как партия не преодолела 7-процентный барьер (0,22%).
С июня 2009 г. по март 2015 г. - проректор МГИМО по научной работе.
С марта 2015 г. - директор Центра военно-политических проблем МГИМО.
В настоящее время также является профессором кафедры всемирной и отечественной истории факультета международных отношений МГИМО, главным научным сотрудником Института международных исследований МГИМО.
Член Совета по внешней и оборонной политике.
Действительный государственный советник РФ III класса (2007).
Награжден орденом Дружбы (2014). Отмечен благодарностью (2008) и Почетной грамотой президента РФ (2010).
Академик Российской академии естественных наук, Международной академии информатизации, Российской академии военных наук, Академии проблем безопасности, обороны и правопорядка.
Автор 300 научных и публицистических работ, в том числе книг "Русский путь" (1996), "Русский путь: сделай шаг" (1998), "Современное мироустройство, силовая политика и идеологическая борьба" (2021) и др.
Владеет английским и итальянским языками.