Родился 21 июля 1949 г. в Москве.
В 1971 г. окончил Московский горный институт (ныне - Московский государственный горный университет) по специальности "радиотехника", в 1982 г. - Московский институт управления им. Серго Орджоникидзе (ныне - Государственный университет управления) по специальности "организация управления научными исследованиями", в 1987 г. - Московскую высшую партийную школу.
Кандидат политических наук. В 2001 г. в Российской академии государственной службы при президенте РФ защитил диссертацию на тему "Партии в современном политическом процессе, тенденции и потенциал развития (сравнительный анализ)".
Профессор Академии военных наук.
После окончания горного института в 1971-1973 гг. работал инженером Московского научно-исследовательского института радиосвязи.
В дальнейшем находился на комсомольской и партийной работе: до 1976 г. был инструктором, заведующим отделом Ждановского районного комитета ВЛКСМ, в 1976-1983 гг. - инструктором, заместителем заведующего отделом Ждановского райкома КПСС г. Москвы.
В 1983 г. перешел в Московский городской комитет (МГК) КПСС, где занимал должности инструктора, заведующего сектором, первого заместителя заведующего отделом МГК КПСС. Отвечал за организацию массовых мероприятий в столице, спорт и туризм. В частности, был заместителем руководителя штаба по проведению Всемирного фестиваля молодежи и студентов (1985) и Игр доброй воли (1986) в Москве.
С 1990 г. работал во Всесоюзном центральном совете профсоюзов (ВЦСПС), был заместителем управляющего делами совета Всеобщей конфедерации профсоюзов СССР.
В 1992-1995 гг. - заместитель генерального директора творческого объединения "Русская дирекция" (организация концертов, гастролей российских артистов за рубежом, фестивалей и пр.), руководил проектом "Русское Рождество".
1995-1996 гг. - исполнительный директор, старший менеджер торгового центра "Таганка" в Москве.
Затем был первым заместителем директора - исполнительного директора, директором Межрегионального общественного учреждения "Народный дом" (общественная организация), первым заместителем председателя, председателем совета общероссийского общественного движения "Всероссийский союз народных домов".
В 1996 г. - исполнительный директор в избирательном штабе Бориса Ельцина на президентских выборах.
В 1998-1999 гг. - председатель исполкома Российской партии социальной демократии.
В 1999 г. - заместитель руководителя избирательного блока "Единство" на выборах в Госдуму РФ, с 2000 г. — председатель центрального исполнительного комитета партии, председатель комиссии политсовета по вопросам региональной политики.
1 декабря 2001 г. на учредительном съезде Всероссийской партии "Единство и Отечество - Единая Россия" вошел в состав ее генерального совета. Отвечал за взаимодействие партии с Советом Федерации РФ.
С 25 декабря 2001 г. по декабрь 2003 г. - член Совета Федерации РФ, представитель от администрации Усть-Ордынского Бурятского автономного округа. Был членом комитета СФ по делам Федерации и региональной политике, комиссии по методологии реализации конституционных полномочий Совета Федерации. С 2002 г. - первый заместитель председателя комиссии по регламенту и организации парламентской деятельности.
В 2003-2016 гг. - депутат Государственной думы РФ IV, V и VI созывов.
7 декабря 2003 г. и 2 декабря 2007 г. избирался депутатом Государственной думы РФ IV и V созывов по списку партии "Единая Россия". В 2004 г. баллотировался под четвертым номером в региональной группе Восточно-Сибирская (Республика Бурятия, Иркутская область, Читинская область, Агинский Бурятский автономный округ, Усть-Ордынский Бурятский автономный округ). В 2007 г. был избран от региональной группы №59 (Омская область), куда входил под вторым номером. В Думе Сергей Попов был членом президиума фракции "Единая Россия". С января 2004 г. по декабрь 2011 г. возглавлял думский комитет по делам общественных объединений и религиозных организаций.
4 декабря 2011 г. был избран в Государственную думу VI созыва по списку партии "Единая Россия" (второй номер в региональной группе №57, Омская область). С января по декабрь 2012 г. был первым заместителем председателя комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций, с 12 декабря 2012 г. по 16 октября 2015 г. - председателем комитета по регламенту и организации работы Госдумы. Входил в комиссию по контролю за достоверностью сведений о доходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера, представляемых депутатами Государственной думы. С 13 октября 2015 г. занимал пост первого заместителя руководителя фракции "Единая Россия", руководил внутрифракционной группой. Депутатские полномочия сложил досрочно в 2016 г. в связи с переходом в Совет Федерации.
В 2016-2018 гг. - член Совета Федерации РФ, представитель Законодательного собрания Омской области. Был наделен полномочиями сенатора 29 сентября 2016 г. В Совфеде занимал пост заместителя председателя комитета по регламенту и организации парламентской деятельности. Полномочия прекратил досрочно 14 февраля 2018 г. по личному заявлению.
Член генерального совета партии "Единая Россия" (с 2001 г.), руководитель межрегионального координационного совета. В 2006 г. исполнял обязанности председателя Сибирского межрегионального координационного совета партии.
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составила 5 млн 820 тыс. руб., супруги - 1 млн 298 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составила 5 млн 843 тыс. руб., супруги - 1 млн 300 тыс. руб.
Награжден орденами Почета (2004), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2007), Александра Невского (2014), медалью "За трудовое отличие" (1986).
Награжден также медалью П. А. Столыпина II степени (2014), орденами Русской православной церкви: Святого благоверного князя Даниила Московского II и III степеней (2011, 2013), Преподобного Сергия Радонежского II степени (2005), Преподобного Серафима Саровского III степени (2008) и др. Имеет благодарность президента РФ (1996, 2000, 2008), почетную грамоту правительства РФ (2009).