Родилась 6 июня 1983 г. в Мелитополе. Ее отец - Владимир Егорович Проничев (род. 1953), Герой РФ, руководитель Пограничной службы ФСБ РФ в 2003-2013 гг. Сестра Екатерина (род. 1977) - бывший руководитель Комитета по туризму города Москвы, с 2022 г. - генеральный директор Владимиро-Суздальского музея-заповедника.
В 2005 г. Елена Проничева окончила Московский государственный институт международных отношений по специальности "сравнительная политология".
В дальнейшем работала в департаменте внешнеэкономической деятельности "Газпрома", а также в Газпромбанке.
В 2012-2013 гг. - руководитель проектов по развитию, ассистент заместителя генерального директора ВДНХ (ВВЦ).
С 2013 по 2020 г. Елена Проничева являлась исполнительным директором Еврейского музея и Центра толерантности (Москва). В 2015-2020 гг. также была исполнительным директором Федерального научно-методического центра по вопросам психологии и педагогики толерантности.
С декабря 2020 г. по февраль 2023 г. занимала пост генерального директора Политехнического музея (Москва).
С февраля 2023 г. - гендиректор Государственной Третьяковской галереи.
Елена Проничева является одной из наставниц проекта "Женщины. Школа наставничества", созданного в 2021 г. по инициативе Минобрнауки России.
Член Совета при президенте РФ по науке и образованию (2022).
Елена Проничева отмечена Почетной грамотой Московской городской думы (2019).