Родился 23 февраля 1960 г. в с. Джурков Коломыйского района Ивано-Франковской области Украинской ССР (ныне Украина).
В 1979 г. окончил Коломыйское педагогическое училище, в 1986 г. - факультет истории и коммунистического воспитания Высшей комсомольской школы при ЦК ВЛКСМ по специальности "преподаватель истории и обществоведения", в 1994 г. - Академию народного хозяйства при правительстве РФ (ныне Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ) по специальности "менеджер высшей категории".
Доктор экономических наук. В 1995 г. в Академии народного хозяйства при правительстве РФ защитил кандидатскую диссертацию на тему "Стратегия управления развитием малого бизнеса в регионе". В 1999 г. в Высшей школе приватизации и предпринимательства защитил диссертацию на соискание степени доктора экономических наук по теме "Реформирование управления экономикой субъекта Российской Федерации".
С 1979 г. работал учителем начальных классов Кончаковской средней школы Галичского района Иваново-Франковской области Украины.
В 1980-1982 г. служил в рядах Советской Армии.
С 1986 г. был вторым секретарем, с мая 1987 г. - первым секретарем Холмского районного комитета ВЛКСМ Новгородской области.
В 1987 г. был избран депутатом Холмского районного совета.
В 1988-1991 гг. возглавлял совхоз "Трудовик" (Холмский район Новгородской области).
В 1989 г. был избран народным депутатом СССР по квоте ВЛКСМ. Входил в Межрегиональную депутатскую группу. Был членом комитета Верховного совета СССР по вопросам работы советов народных депутатов, развития управления и самоуправления.
В 1991 г. на выборах первого президента РСФСР входил в числе доверенных лиц Бориса Ельцина.
В 1991-2007 гг. возглавлял Новгородскую область, стал первым главой областной администрации. 24 октября 1991 г. указом президента РСФСР Бориса Ельцина Михаил Прусак был назначен главой администрации Новгородской области. Впоследствии Михаил Прусак трижды переизбирался губернатором области на прямых выборах: 17 декабря 1995 г. (получил на выборах 56,17% голосов), 5 сентября 1999 г. (91,56%) и 7 сентября 2003 г. (78,73%). Покинул пост губернатора Новгородской области 3 августа 2007 г.
Одновременно в 1993-2001 гг. являлся членом Совета Федерации Федерального собрания РФ. 12 декабря 1993 г. был избран депутатом Совета Федерации по Новгородскому двухмандатному избирательному округу №53. Входил в комитет Совфеда по делам СНГ. В 1996-2001 гг. являлся членом Совета Федерации по должности как представитель от исполнительной власти Новгородской области. С декабря 1996 г. был председателем комитета Совфеда по международным делам.
С 1999 по 2001 г. - заместитель председателя Парламентской ассамблеи Совета Европы (ПАСЕ). Входил в Межведомственную комиссию РФ по делам Совета Европы.
Был членом президиума Госсовета РФ (2002).
Занимался активной политической деятельностью. В 1993 г. стал членом политсовета Партии российского единства и согласия. В 1995 г. вошел в состав оргкомитета движения "Наш дом - Россия".
В 2001-2004 гг. - председатель Демократической партии России.
В декабре 2004 г. вступил в партию "Единая Россия". С июня 2005 г. возглавлял региональное отделение партии в Новгородской области.
Был членом консультативной комиссии Госсовета РФ (2007-2009).
Возглавлял кафедру экономической социологии и социально ориентированной экономики Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого.
Действительный государственный советник РФ III класса (2007).
Был награжден орденами Дружбы (1996), "За заслуги перед Отечеством" II степени (1999), благодарностями президента РФ (1996, 2000).
Лауреат премии правительства РФ 2005 г. в области науки и техники "за разработку и внедрение дешевых экономичных малогабаритных квартир в кирпичных жилых домах для расселения граждан из ветхого и аварийного жилья в малых и средних городах России".
Был действительным членом Академии педагогических и социальных наук, членом-корреспондентом Санкт-Петербургской инженерной академии, почетным доктором Санкт-Петербургского государственного инженерно-экономического университета и др.
Автор книги "Реформы в провинции" (1999).