Родился 27 января 1980 г. в Москве в семье Мубина Алямшеевича Сафина и Раузы Мухамеджановны Ислановой. Отец - спортивный функционер, мать - известная советская теннисистка, впоследствии стала тренером. Младшая сестра - Динара Сафина (род. 1986) - известная российская теннисистка, серебряный призер летних Олимпийских игр 2008 г. в Пекине (Китай), экс-первая ракетка мира, официально завершила карьеру в 2014 г.
В 2015 г. Марат Сафин окончил юридический факультет Московского института государственного управления и права.
В шесть лет начал заниматься теннисом, до 13 лет тренировался под руководством матери на базе "Спартак - Ширяево Поле", которой управлял его отец. С 1994 г. учился в теннисной академии Панчо Альварино (Валенсия, Испания) под руководством тренера Рафаэля Менсуа.
Начал профессиональную карьеру в 1997 г., в сентябре выиграл первый турнир серии "Челленджер" в Эшпинью (Португалия). Осенью того же года дебютировал в Кубке Дэвиса за сборную России, а также в туре Ассоциации теннисистов-профессионалов (Association of Tennis Professionals, ATP) на московском Кубке Кремля.
Первого крупного успеха Марат Сафин добился в Париже на Открытом чемпионате Франции 1998 г., одержав две сенсационные победы подряд. Пробившись в основную сетку через квалификацию, россиянин в первом круге обыграл экс-первую ракетку мира американца Андре Агасси, а во втором нанес поражение на тот момент действующему победителю турнира бразильцу Густаво Куэртену. В результате Сафин дошел до 1/8 финала на первом для себя турнире Большого шлема. По итогам 1998 г. россиянин был признан лучшим новичком ATP-тура.
Свой первый турнир ATP Марат Сафин выиграл в Бостоне (шт. Массачусетс, США) в августе 1999 г. в возрасте 19 лет. В 2000 г. Сафин первенствовал на семи турнирах, в том числе на Открытом чемпионате США. В финале US Open он победил американца Пита Сампраса, став вторым россиянином после Евгения Кафельникова, выигравшим турнир Большого шлема в одиночном разряде. С ноября 2000 г. по апрель 2001 г. Сафин в течение девяти недель с перерывами возглавлял рейтинг ATP.
В 2001 г. россиянин выиграл три турнира (один из них был в парном разряде с швейцарцем Роджером Федерером), но по итогам года покинул первую десятку мирового рейтинга.
В 2002 г. Сафин первенствовал на одном турнире в одиночном разряде - Masters в Париже. Также он помог сборной России впервые в истории выиграть Кубок Дэвиса. В финале соревнований Сафин принес российской команде два очка (общий счет матча против Франции - 3:2).
Осенью 2004 г. Сафин благодаря победам на турнирах в Пекине, Мадриде и Париже поднялся на четвертую строчку в мировом рейтинге. В январе 2005 г. россиянин в третий раз за четыре года вышел в финал Открытого чемпионата Австралии и завоевал второй в своей карьере титул на турнире Большого шлема. В финале он нанес поражение хозяину соревнований Ллейтону Хьюитту. До этого Сафин проигрывал в решающих матчах Australian Open в 2002 и 2004 гг.
В 2005 г. Сафин получил травму колена и был вынужден досрочно завершить сезон.
В 2006 г. он во второй раз в карьере выиграл Кубок Дэвиса в составе сборной России. В финале против Аргентины Сафин принес российской команде победное очко (счет матча - 3:2).
В октябре 2007 г. Марат Сафин выиграл Кубок Кремля в паре с Дмитрием Турсуновым. Этот результат стал последней турнирной победой в его карьере. Россиянин завершил профессиональные спортивные выступления в ноябре 2009 г. после поражения в матче второго круга на турнире серии Masters в Париже.
В общей сложности Сафин выиграл 15 турниров ATP в одиночном разряде и два в парном. За карьеру он заработал более 14 млн долларов призовых.
В 2010 г. выдвигался на пост вице-президента Олимпийского комитета России, однако снял кандидатуру до процедуры голосования. В том же году был назначен исполняющим обязанности вице-президента Федерации тенниса России на общественных началах. Сафин отвечал за организацию международных турниров на территории России, а также за представительство в Ассоциации теннисистов-профессионалов и Женской теннисной ассоциации, но в 2012 г. снял с себя эти функции.
В 2011-2017 гг. - депутат Государственной думы РФ VI-VII созывов , член фракции "Единая Россия".
4 декабря 2011 г. был избран депутатом Госдумы VI созыва от партии "Единая Россия" (третий номер региональной группы №54, Нижегородская область). Занимал пост заместителя председателя комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций.
18 сентября 2016 г. стал депутатом Госдумы РФ VII созыва от "Единой России" (седьмой номер региональной группы № 16 - республики Марий Эл, Мордовия, Чувашия, Нижегородская область). Являлся членом комитета по физической культуре, спорту, туризму и делам молодежи. Депутатские полномочия Марата Сафина были досрочно прекращены 26 мая 2017 г. Он решил сосредоточиться на деятельности в сфере спорта. При этом Сафин принял предложение председателя нижней палаты парламента Вячеслава Володина стать его помощником на общественных началах по вопросам спорта.
Марат Сафин регулярно принимает участие в турнирах ветеранов тенниса.
В сентябре 2019 г. в паре с журналистом Александром Кузмаком комментировал на Первом канале трансляцию финального матча Открытого чемпионата США по теннису между россиянином Даниилом Медведевым и испанцем Рафаэлем Надалем.
В январе 2020 г. был капитаном сборной России на Кубке ATP в Австралии.
Заслуженный мастер спорта РФ (2000).
Награжден орденом Почета (2009).
Обладатель премии Laureus World Sports Awards в номинации "Прорыв года" (2001). В 2010 г. был включен в Зал российской теннисной славы, в 2016 г. - в Международный зал теннисной славы (Ньюпорт, шт. Род-Айленд, США).
Марат Сафин владеет английским, испанским и итальянским языками.