Родился 13 октября 1963 г. в селе Ушарал Таласского района Джамбульской области Казахской ССР (ныне Жамбылская обл. Республики Казахстан). Отец - Абдир Сагинтаев, участник Великой Отечественной войны, Герой Социалистического труда, директор Таласского племенного овцеводческого совхоза, депутат Верховного совета СССР VI созыва.
В 1985 г. окончил Казахский государственный университет имени С.М. Кирова (ныне Казахский национальный университет имени аль-Фараби).
Кандидат экономических наук. В 1990 г. защитил диссертацию на тему "Уровень и условия жизни городского и сельского населения".
После окончания университета в 1985-1988 гг. преподавал на кафедре политэкономии Алма-Атинского института народного хозяйства (ныне Университет Нархоз).
В 1988-1992 гг. работал в Казахском государственном университете ассистентом, старшим преподавателем, доцентом кафедры социологии.
С 1992 по 1998 г. Бакытжан Сагинтаев занимался предпринимательской деятельностью. Возглавлял туристско-коммерческую фирму "Маруе" (1992-1993), был генеральным директором АО "Казмет" (1993-1997), главным специалистом, заместителем генерального директора ЗАО "ЛУКойлнефтегазстрой-К" (1997-1998).
В 1998-1999 гг. - заместитель акима (главы администрации) Жамбылской области.
С 1999 по 2002 г. занимал должности заместителя председателя Агентства Республики Казахстан по поддержке малого бизнеса, заместителя председателя Агентства по регулированию естественных монополий, защите конкуренции и поддержке малого бизнеса.
В 2002-2004 гг. - первый заместитель председателя Агентства Республики Казахстан по регулированию естественных монополий и защите конкуренции, в 2004-2007 гг. - председатель агентства.
С 2007 по 2008 г. - руководитель канцелярии премьер-министра Казахстана Карима Масимова.
30 сентября 2008 г. был назначен акимом Павлодарской области.
В январе - сентябре 2012 г. занимал пост министра экономического развития и торговли Республики Казахстан в первом правительстве Карима Масимова.
С сентября 2012 г. по январь 2013 г. - первый заместитель Народно-демократической партии "Нур-Отан" (в 2013 г. переименована в партию "Нур-Отан").
16 января 2013 г. был назначен первым заместителем премьер-министра - министром регионального развития Республики Казахстан в правительстве Серика Ахметова.
С 4 апреля 2014 г. занимал пост первого заместителя премьер-министра во втором правительстве Карима Масимова. Был вновь назначен 30 апреля 2015 г., после президентских выборов.
30 июня 2015 г. избран председателем совета директоров АО "НАК "Казатомпром".
8 сентября 2016 г. указом президента Нурсултана Назарбаева Бакытжан Сагинтаев был назначен временно исполняющим обязанности премьер-министра Казахстана. Бывший глава правительства Карим Масимов занял пост председателя Комитета национальной безопасности Казахстана.
9 сентября 2016 г. Нурсултан Назарбаев назначил Бакытжана Сагинтаева новым премьер-министром страны. 21 февраля 2019 г. глава государства отправил правительство Сагинтаева в отставку. Временное исполнение обязанностей премьера было поручено первому заместителю главы правительства Казахстана Аскару Мамину.
С 1 марта по 24 марта 2019 г. - государственный секретарь Республики Казахстан.
24 марта 2019 г. указом главы государства назначен руководителем администрации президента Республики Казахстан. 12 июня 2019 г. вновь назначен на эту должность.
С 28 июня 2019 г. по 31 января 2022 г. - аким г. Алма-Ата.
1 июня 2022 г. решением Высшего Евразийского экономического совета назначен министром по экономике и финансовой политике Евразийской экономической комиссии от Республики Казахстан.
25 декабря 2023 г. решением глав государств Евразийского экономического союза (Россия, Армения, Белоруссия, Казахстан, Киргизия) кандидатура Бакытжана Сагинтаева была утверждена на пост председателя коллегии Евразийской экономической комиссии на четырехлетний срок. Он вступил в должность 1 февраля 2024 г., сменив Михаила Мясниковича, представителя от Белоруссии в ЕЭК.
Сагинтаев награжден казахстанскими орденами "Курмет" ("Почет"; 2006) и "Парасат" ("Благородство"; 2013), российским орденом Дружбы (2014), юбилейными медалями.
Автор ряда публикаций на тему государственного регулирования естественных монополий, развития малого и среднего бизнеса.
Женат, имеет двоих дочерей. Жена - Галия Каратаевна Сагинтаева (Турысова), дочь бывшего секретаря ЦК Компартии Казахстана, заместителя главы правительства Казахской СССР, председателя ЦИК республики Каратая Турысова. Дочери Меруерт (род. 1987) и Надира (род. 1992).