Родился 3 мая 1819 г. (21 апреля по старому стилю) в Санкт-Петербурге в знатной дворянской семье. Его отец, Федор Самарин, был офицером лейб-гвардии Измайловского полка, имел чин полковника, в 1817 г. перешел на придворную службу. Мать, Софья Юрьевна, была фрейлиной российской императрицы Марии Федоровны, супруги императора Александра I. Крестниками Юрия Самарина были император и императрица. В 1826 г. Федор Самарин вышел в отставку, семья переехала в Москву.
В 1838 г. Юрий Самарин окончил словесное отделение философского факультета Московского императорского университета.
В 1844 г. в Московском университете защитил магистерскую диссертацию. Она была посвящена богословской, проповеднической и литературной деятельности Стефана Яворского и Феофана Прокоповича - епископов Православной российской церкви XVIII века.
Служба и общественная деятельность в 1840-1850-х гг.
В начале 1840-х гг. Самарин вошел в круг московских славянофилов (Алексея Хомякова, Ивана Киреевского, Константина Аксакова и др.). В последующие годы регулярно публиковался в славянофильских периодических изданиях (журналах "Москвитянин", "Русская беседа", газете "День" и др.). В статье "О мнениях "Современника" исторических и литературных" ("Москвитянин", 1847, №2) Самарин сформулировал историческую концепцию славянофилов. По его мысли, общинные традиции Руси позволили создать в допетровской России модель власти, принципиально отличную от европейского феодализма. Для нее был характерен союзный характер отношений между государством и обществом, а не завоевание и доминирование государства как в Европе.
В августе 1844 г. Самарин поступил на государственную службу. Первоначально он занимал канцелярские должности в Министерстве юстиции, с марта 1845 г. – в Первом департаменте Правительствующего Сената.
С января 1846 г. служил в Министерстве внутренних дел (МВД), участвовал в работе Комитета по устройству быта лифляндских крестьян.
С июля 1846 г. по июль 1848 г. находился в Риге в составе комиссии МВД, которая занималась ревизией местного городского самоуправления. В ходе этой работы подготовил исследование "История городских учреждений Риги" (опубликовано в 1889 г.). Резкое неприятие Самарина вызвала немецкая гегемония в прибалтийских губерниях (Остзейский край), в условиях которой ущемлялись права местного русского и православного населения. Константину Аксакову Самарин писал, что "систематическое угнетение русских немцами, ежечасное оскорбление русской народности <…> вот что волнует мне кровь и я тружусь для того только, чтобы привести этот факт к сознанию, вывести его перед всеми". Свои впечатления о порядках в Остзейском крае (в частности, неисполнении общероссийских законов местными властями) Самарин систематически изложил в письмах к Алексею Хомякову. Под названием "Письма из Риги" они быстро разошлись в среде образованного общества в Москве и Петербурге (впервые изданы в 1882 г.) и вызвали острое неприятие влиятельных немцев из высшей бюрократии, а также лично императора Николая I. 5 марта 1849 г. Юрий Самарин был арестован и заключен в Петропавловскую крепость, где пробыл 12 дней. 17 марта состоялась его встреча с императором, который обвинил Самарина в том, что он "поднимал общественное мнение против правительства". Несмотря на серьезные обвинения, Николай I помиловал Юрия Самарина. В тот же день он был освобожден.
В августе-ноябре 1849 г. Самарин служил при Симбирском губернаторе.
С 1849 г. был чиновником по особым поручениям, с апреля 1852 г. - правителем канцелярии Подольского и Волынского генерал-губернатора и Киевского военного губернатора Дмитрия Бибикова.
В 1853 г. в связи с болезнью и смертью отца вышел в отставку, занялся управлением семейными поместьями в Самарской и Симбирской губерниях.
Участие в разработке крестьянской реформы
С конца 1840-х гг. Юрий Самарин начал разрабатывать программу отмены крепостного права в России. В 1853-1856 гг. он написал записку "О крепостном состоянии и переходе от него к гражданской свободе", которая предназначалась им для распространения в среде высшей бюрократии империи. В документе Самарин называл крепостное право главной причиной поражения России в Крымской войне и основным тормозом на пути развития страны. Также автор, как последовательный сторонник свободы слова, призывал к широкому общественному обсуждению крестьянского вопроса. Копии записки широко разошлись в обществе, она была прочитана императором Александром II и императрицей. Самарин получил признание как один из ведущих экспертов по крестьянскому вопросу.
В дальнейшем Юрий Самарин активно участвовал работе различных комиссий, готовивших крестьянскую реформу 1861 г. В 1858 г. написал монографию "Упразднение крепостного права и устройство отношений между помещиками и крестьянами в Пруссии". Также публиковал статьи по крестьянскому вопросу в журналах "Русская беседа", "Сельское благоустройство" и др.
С июня 1858 г. по май 1859 г. входил в состав Самарского губернского комитета по улучшению быта помещичьих крестьян.
С июня по август 1859 г. и с декабря 1859 по февраль 1861 г. (перерыв был вызван инсультом и лечением за границей) являлся одним из ведущих членов Редакционных комиссий (готовили окончательный вариант реформы). Выступал за освобождение крестьян с одновременным выкупом правительством их наделов у помещиков, чтобы обеспечить земледельцам материальную самостоятельность. Также являлся сторонником сохранения крестьянской общины. Автор "Объяснительной записки" к трудам Редакционных комиссий. В итоге в 1861 г. был реализован компромиссный вариант крестьянской реформы. Помещики сохраняли собственность на принадлежавшую им землю, но были обязаны предоставить крестьянам усадьбу за выкуп, а также полевой надел в постоянное пользование за барщину или оброк. Кроме того, крестьяне могли без выкупа получить т. н. дарственный надел (1/4 от положенного). Крестьянская община в ходе реформы была сохранена.
С весны 1861 г. Юрий Самарин входил в состав Самарского губернского по крестьянским делам присутствия.
Полемика и публицистика 1860-1870-х гг.
В 1863-1864 гг. в период вооруженного выступления польской шляхты (дворянства) в западных губерниях России Юрий Самарин опубликовал ряд статей по польскому вопросу. Свои взгляды он изложил в частности в газете Ивана Аксакова "День". Самарин расценивал польский мятеж как столкновение "европейского латинства" и "русского православия", считал необходимым "подрезать в западных губерниях и на Украине все корни полонизма и обеспечить там преобладание русской и православной стихии над латино-польскою". В 1864 г. вместе с князем Владимиром Черкасским был ведущим сотрудником статс-секретаря по польским делам Николая Милютина. Разработал крестьянскую реформу в Царстве Польском (1864), которая была призвана подорвать социально-экономические позиции шляхты. В ходе нее крестьяне получили в собственность обрабатываемую землю и были освобождены от всех повинностей в пользу помещиков.
Во второй половине 1860-х гг. Юрий Самарин подготовил к публикации и написал предисловие к богословским сочинениям Алексея Хомякова. Они были изданы в Праге в 1867 г.
В 1866-1876 гг. являлся гласным (депутатом) Московской городской думы. Одновременно в 1868-1876 гг. был гласным Московского губернского земского собрания от г. Москвы. Возглавлял комиссию, избранную московским земством для обсуждения податной (налоговой) реформы.
В 1868-1876 гг. опубликовал серию работ под общим названием "Окраины России", которые выходили отдельными выпусками в Праге (выпуски 1-2, 1868) и Берлине (3-6, 1871-1876). В них Самарин вернулся к остзейскому вопросу, критикуя политику правительства по поддержке сословных привилегий прибалтийских немцев. В 1868 г. издал книгу "Иезуиты и их отношение к России. Письма к иезуиту Мартынову".
В 1870-е гг. Юрий Самарин публично полемизировал со сторонниками дворянского конституционализма (Ростислав Фадеев и др.), доказывая, что парламентаризм в России может привести к господству аристократической олигархии и еще более жестокой эксплуатации народа. В 1875 г. в Берлине опубликовал брошюру "Революционный консерватизм", в которой критиковал программу "аристократической оппозиции", нацеленную на повышение роли поместного дворянства в жизни страны.
В последние годы жизни вернулся к историческим изысканиям.
Скончался в Берлине 31 (19) марта 1876 г. от заражения крови после небольшой операции на руке. Был похоронен в Даниловом монастыре в Москве, могила была уничтожена в советский период.
Почетные звания, сочинения
Почетный член Московского университета (1869) и Московской духовной академии (1872).
В 1877-1911 гг. было издано собрание сочинений Юрия Самарина в 12 томах.