Родился 30 августа 1959 г. в г. Джидда (Саудовская Аравия). Является сыном наследного принца Наифа бен Абдель Азиза Аль Сауда (умер в 2012 г.) и принцессы Джаухары бинт Абдель Азиз Аль Джилуви, а также внуком короля-основателя Абдель Азиза Аль Сауда.
Среднее образование получил в Model Capital Institute в Эр-Рияде.
В 1980-х гг. учился в Колледже Льюиса и Кларка (г. Портленд, шт. Орегон, США).
Проходил курсы по обеспечению правопорядка и борьбе с терроризмом при Федеральном бюро расследований США и при Лондонской столичной полиции (Скотленд-Ярд).
13 мая 1999 г. король Фахд бен Абдель Азиз назначил принца Мухаммеда помощником министра по вопросам безопасности. До назначения на этот пост занимался бизнесом.
22 июля 2004 г. был назначен министром по вопросам безопасности. На этом посту активно занимался борьбой с терроризмом, которая стала приоритетной задачей руководства страны после серии терактов в Эр-Рияде в мае 2003 г. Повышенное внимание к противодействию терроризму было обусловлено и тем фактом, что 15 из 19 организаторов теракта 11 сентября 2001 г. были подданными королевства. Принц Мухаммед вел переговоры с американскими властями и способствовал возвращению на родину подозреваемых в причастности к терроризму саудовских заключенных из лагеря Гуантанамо (с 2003 г. по 2014 г. были возвращены более 120 заключенных). В 2006 г. по инициативе принца Мухаммеда был создан первый в мире центр для реабилитации людей, которые оказались вовлеченными в террористическую деятельность, а также для членов их семей (“The Prince Mohammed bin Naif Center for Counseling and Care”).
В ноябре 2012 г. занял пост министра внутренних дел. В 2014 г. курировал политику Саудовской Аравии в отношении Сирии после того, как был отправлен в отставку глава Службы общей разведки королевства принц Бандар бен Султан Аль Сауд. При принце Мухаммеде главный акцент политики королевства в сирийском кризисе был смещен со свержения режима на усиление борьбы с экстремистами, орудующими на территории страны.
23 января 2015 г. новый король Саудовской Аравии Сальман бен Абдель Азиз Аль Сауд назначил принца Мухаммеда вторым наследным принцем (третий по значимости пост в государстве, учрежден в 2014 г. на случай единовременной смерти короля и наследного принца).
29 апреля 2015 г. король Сальман назначил Мухаммеда наследным принцем вместо своего брата, 69-летнего Макрина бен Абдель Азиза, пожелавшего уйти с этого поста из-за проблем со здоровьем. Таким образом, принц Мухаммед стал первым внуком короля-основателя Абдель Азиза, который занял этот пост. Кроме этого, он был назначен заместителем премьер-министра королевства.
21 июня 2017 г. декретом короля Саудовской Аравии он был смещен со всех государственных постов и присягнул новому наследному принцу Мухаммеду бен Сальману Аль Сауду. 28 июня газета The New York Times, ссылаясь на источники, приближенные к королевской семье, сообщила о том, что принцу запрещено покидать дворец в Джидде. Согласно полученной изданием информации, эти меры якобы направлены на то, чтобы подавить возможные оппозиционные настроения после назначения нового наследного принца. На следующий день власти Саудовской Аравии опровергли сообщения о том, что племянник короля Сальмана и бывший наследный принц Мухаммед бен Наиф Аль Сауд находится под домашним арестом в королевском дворце.
По данным американской газеты "The Wall Street Journal", новый наследный принц заменил охранников своего предшественника, а также ограничил свободу его передвижения.
Принц Мухаммед остается членом Совета присяги.
На принца был совершен ряд покушений. Самый громкий случай произошел в 2009 г. в ходе встречи с пожелавшим раскаяться в его присутствии террористом из группировки «Аль-Каида на Аравийском полуострове» Абдуллой аль-Асыри. Аль-Асыри привел в действие пронесенный внутриполостным способом взрывной механизм, в результате чего принц Мухаммед получил незначительные ранения.
Женат на принцессе Риме бинт Султан бен Абдель Азиз. Имеет двух дочерей (принцессы Сара и Лулуа).
Исповедает ислам суннитского толка.
Увлекается плаванием, верховой ездой и охотой.