Родился 22 октября 1969 г. в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург).
В 1991 г. окончил Высшее политическое училище Внутренних войск МВД СССР им. 60-летия ВЛКСМ, в 1998 г. - юридический факультет Санкт-Петербургского государственного университета.
С 1987 г. служил в частях внутренних войск МВД СССР и РФ, выполнял служебные задания в зонах межнациональных столкновений и вооруженных конфликтов - Фергане, Баку, Нагорном Карабахе, Сухуми, Тбилиси.
В 1999-2000 гг. - помощник депутата Государственной думы РФ III созыва Сергея Степашина, заместитель руководителя его общественной приемной в Санкт-Петербурге.
В 2001-2003 гг. - помощник председателя Совета Федерации Федерального собрания РФ Сергея Миронова. Также являлся заместителем руководителя секретариата Совета Межпарламентской ассамблеи государств - участников СНГ.
С декабря 2003 г. по август 2008 г. - заместитель руководителя аппарата Совета Федерации РФ.
С августа 2008 г. по ноябрь 2011 г. - первый заместитель руководителя аппарата Совета Федерации РФ.
В 2011-2018 гг. занимал должность помощника генерального прокурора РФ по особым поручениям, занимался вопросами обеспечения деятельности центрального аппарата органов прокуратуры, а также организации официальных мероприятий, в том числе международного уровня (пост генпрокурора РФ в этот период занимал Юрий Чайка).
С 24 июля 2018 г. по июль 2024 г. Алексей Серко был статс-секретарем - заместителем министра РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России) Евгения Зиничева.
Член Совета при президенте РФ по делам казачества (с августа 2022 г.).
Действительный государственный советник РФ I класса (2004).
Генерал-лейтенант (2021).