Родился 23 октября 1971 г. в городке Тельнице (округ Брно-пригород в Чехословакии, ныне Чехия). В начале 1980-х г. его семья переехала в г. Славков.
В 1995 г. окончил юридический факультет Масарикова университета в Брно. Тема диплома - "Развитие социал-демократии в чешских землях".
В декабре 1989 г. Соботка вступил в Чешскую социал-демократическую партию (ЧСДП).
С 1996 г. является членом Палаты депутатов (нижняя палата парламента). В 2001-2002 и 2009-2011 гг. - председатель парламентской фракции ЧСДП.
В 1998-2010 гг. он был членом муниципального совета г. Славков у Брна (к востоку от Брно, ранее известен как Аустерлиц).
15 июля 2002 г. стал министром финансов в правительстве Владимира Шпидлы, сохранил свой пост в кабинетах Станислава Гросса (2004-2005) и Иржи Пароубека (2005-2006). В начале его деятельности на этом посту бюджетный дефицит составлял 406,6 млрд крон, в результате чего государственный долг повысился больше чем в два раза и к 2006 г. составил 28,6% ВВП. К концу 2006 г. величина госдолга снизилась до 28,3% ВВП, а к началу 2007 г. - до 27,9% ВВП. Соботка стал единственным министром финансов с 1989 г., во время работы которого реальный государственный долг снизился.
В 2003-2004 и 2005-2006 гг. также занимал пост вице-премьера правительства.
В 2005-2006 и 2010-2011 гг. исполнял обязанности председателя партии. С марта 2011 г. по май 2017 г. - председатель ЧСДП.
В октябре 2013 г. ЧСДП одержала победу на парламентских выборах, набрав 20,45% (50 мандатов), опередив движение "АНО 2011" Андрея Бабиша (18,65%; 47 мандатов). Правительственная коалиция была сформирована из ЧСДП, "АНО 2011" и "Христианско-демократического союза — Чехословацкой народной партии".
17 января 2014 г. президент Чехии назначил Соботку председателем правительства. 29 января 2014 г. вступил в должность. Приоритетными направлениями деятельности называл экономический рост, снижение безработицы, повышение жизненного уровня людей и укрепление веры граждан в политические институты.
29 ноября 2017 г. кабинет министров одобрил постановление о своем выходе в отставку по итогам прошедших в октябре парламентских выборов, на которых победу одержало политическое движение "Акция недовольных граждан" Андрея Бабиша, получив 29,64% (у ЧСДП шестое место и 7,27%). Соботка направил президенту Милошу Земану прошение об отставке своего кабинета письменно. Впервые в истории Чехии премьер отказался лично вручить ее президенту. Местные СМИ объясняют решение Соботки напряженными отношениями между ним и Земаном.
6 декабря 2017 г. правительство Соботки ушло в отставку.
Соботка Неоднократно высказывался о неэффективности антироссийских экономических санкций, принимаемых Евросоюзом. "Введение санкций не является решением (конфликта на востоке Украины), решением являются последовательные политические переговоры". 31 августа 2014 г. на саммите ЕС в Брюсселе заявил: "Еще до того, как Европа решит ввести новые санкции, между представителями ЕС и России должны пройти переговоры о разрешении кризиса на Украине". "Чешская республика не пришла на этот саммит с решением о санкциях. Мы приехали с предложением полного пересмотра стратегии ЕС, поскольку нынешняя не стала слишком успешной. Я не сказал бы, что мы чего-то смогли достичь". "Полагаю, что Европа не должна этими санкциями навредить себе".
Владеет английским языком.
С 2003 г. женат, супруга - Ольга (в июне 2017 г. приняли решение расстаться). Имеет двоих сыновей - Дэвида (2003) и Мартина (2009).
Увлекается отечественной историей XV-XVII вв., чтением научной фантастики.