Родился 9 сентября 1949 г. в г. Паситане на юго-востоке острова Ява в семье военнослужащего.
В 1973 г. окончил Национальную военную академию в г. Магенанге, став лучшим выпускником года. В 1980-х гг. получил экономическое образование в университете Уэбстера (США).
В 2004 г. защитил докторскую степень в области экономики сельского хозяйства в Богорском сельскохозяйственном институте (тема диссертации - "Изучение финансовых инструментов развития экономически отсталых регионов Индонезии").
В 1995-1996 гг. возглавлял группу военных наблюдателей от Индонезии в Боснии. Позже командовал военными округами Большой Джакарты и Южной Суматры. В 1998 г. занимал пост начальника управления по вопросам социальной политики в вооруженных силах.
В 1999 г. вошел в состав правительства в качестве министра горнодобывающей промышленности, в 2000-2001 гг. был министром-координатором по вопросам политики и безопасности, ушел в отставку из-за разногласий с президентом Вахидом (выступал против объявления в стране чрезвычайного положения, роспуска парламента в условиях политического и конституционного кризиса).
1 апреля 2000 г. вышел в отставку с военной службы в звании генерал-лейтенанта.
В июле 2001 г. президенту Вахиду был объявлен импичмент, а высший в стране пост заняла Мегавати Сукарнопутри, дочь первого президента независимой Индонезии Сукарно. 9 августа 2001 г. Юдойоно вновь занял должность министра-координатора по вопросам политики и безопасности. На этом посту завоевал репутацию борца с сепаратизмом и терроризмом. В 2002 г. после теракта на острове Бали возглавлял комиссию по расследованию.
В марте 2004 г. ушел в отставку и основал Партию демократов, которая на апрельских парламентских выборах получила 7,45% голосов, заняв пятое место.
С 20 октября 2004 г. по 20 октября 2014 г. - президент Индонезии. Впервые за почти 60-летнюю историю крупнейшей страны мусульманского мира глава государства был избран в ходе прямого всенародного голосования. 8 июля 2009 г. переизбран на второй пятилетний срок; присягу принес 20 октября 2009 г. Его повторному переизбранию способствовало проведение под его руководством жесткой антикоррупционной кампании и неолиберальных реформ, позволивших экономике оставаться на плаву даже в условиях мирового финансового кризиса.
Он имеет более 20 собственных трудов, в основном посвященных военному и государственному строительству. Является автором поэтического сборника "Живой сад". В октябре 2007 г. в продажу вышел его первый музыкальный альбом под названием My Loving For You, в котором в его исполнении звучат романтические баллады и религиозные песни собственного сочинения.
Свободно говорит по-английски.
Супруга президента – Ани, старшая дочь генерала Сарво Эди Вибово, обладательница ученой степени в области политических наук, была первым заместителем председателя про-президентской Демократической партии.
Сыновья президента – Агус Харимурти и Эди Баскоро - как и отец выбрали военную карьеру.
Любит петь под гитару в кругу семьи и друзей.