Родился 4 сентября 1955 г. на хуторе Безлесном (Усть-Лабинский район Краснодарского края).
В 1975 г. окончил Краснодарский государственный институт физической культуры (ныне Кубанский государственный университет физической культуры, спорта и туризма).
В 1976 г. прошел службу в Советской армии (в комендатуре на испытательном полигоне в г. Ахтубинске, Астраханская область).
Карьера игрока
В 15 лет Евгений Трефилов начал заниматься в гандбольной секции в г. Усть-Лабинске. Его первым тренером был Евгений Орлеанский.
В 1972-1975 и 1976-1977 гг. выступал за краснодарский гандбольный клуб "Урожай". Игровая позиция - полусредний.
В 1975-1976 гг. был игроком астраханского "Динамо", в 1977-1984 гг. - краснодарского "Буревестника" (ныне СКИФ).
В 1983 г. в составе сборной РСФСР Евгений Трефилов стал бронзовым призером VIII летней Спартакиады народов СССР.
Тренерская работа с гандбольными клубами
С 1984 по 1990 г. Евгений Трефилов тренировал молодежный состав женской гандбольной команды "Кубань" (Краснодар).
В 1992-1994 гг. возглавлял женскую команду "Россиянка" (Волгоград), в 1998-1999 гг. - женскую команду "Адыиф" (Майкоп).
В 1999-2006 и 2011-2012 гг. был главным тренером женской команды "Лада" (Тольятти). Пять раз приводил ее к золотым медалям чемпионата России (2002-2006).
С 2006 по 2011 г. Евгений Трефилов являлся главным тренером женской команды "Звезда" (Звенигород). В 2007 г. привел ее к победе в чемпионате страны.
В 2013-2014 и 2016-2019 гг. вновь возглавлял краснодарскую "Кубань".
В 2016 г., был тренером-наставником (помощником главного тренера) команды "Астраханочка". В том же году клуб стал чемпионом России.
Тренерская работа с гандбольными сборными
С 1993 по 1995 г. Евгений Трефилов был вторым тренером женской сборной России.
В 1996-1997 гг. - старший тренер женской молодежной сборной России. В 1996 г. привел ее к бронзе чемпионата Европы (турнир проходил в Польше).
В 1997-1998 гг. являлся вторым тренером мужской сборной России.
В 1999-2012 и 2013-2019 гг. Евгений Трефилов был главным тренером женской сборной России по гандболу. Четыре раз приводил команду к золоту чемпионатов мира (2011 - Италия, 2005 - Россия, 2007 - Франция, 2009 - Китай). В 2008 г. под его руководством россиянки завоевали серебро XXIX летних Олимпийских игр (Пекин, Китай), в 2016 г. - золото XXXI летней Олимпиады (Рио-де-Жанейро, Бразилия).
С 2019 г. - первый вице-президент Федерации гандбола России (ФГР).
С 2021 г. Евгений Трефилов является консультантом женских сборных команд России, членом тренерского совета ФГР.
Звания, награды
Мастер спорта СССР. Заслуженный тренер России (1997).
Евгений Трефилов награжден орденом Дружбы (2017) и медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2004).