Родился 4 сентября 1955 г. на хуторе Безлесном (Усть-Лабинский район Краснодарского края).
В 1975 г. окончил Краснодарский государственный институт физической культуры (ныне Кубанский государственный университет физической культуры, спорта и туризма).
В 1976 г. прошел службу в Советской армии.
Карьера игрока
В 15 лет Евгений Трефилов начал заниматься в гандбольной секции в гор. Усть-Лабинске. Его первым тренером был Евгений Орлеанский.
В 1972-1975 и 1976-1977 гг. выступал за краснодарский гандбольный клуб "Урожай". Игровая позиция - полусредний.
В 1975-1976 гг. был игроком астраханского "Динамо", в 1977-1984 гг. - краснодарского "Буревестника" (ныне СКИФ).
В 1983 г. в составе сборной РСФСР Евгений Трефилов стал бронзовым призером VIII летней Спартакиады народов СССР.
Тренерская работа с гандбольными клубами
С 1984 по 1990 г. Евгений Трефилов тренировал молодежный состав женской гандбольной команды "Кубань" (Краснодар).
В 1992-1994 гг. возглавлял женскую команду "Россиянка" (Волгоград), в 1998-1999 гг. - женскую команду "Адыиф" (Майкоп).
В 1999-2006 и 2011-2012 гг. был главным тренером женской команды "Лада" (Тольятти, Самарская область). Пять раз приводил ее к золотым медалям чемпионата России (2002-2006).
С 2006 по 2011 г. Евгений Трефилов являлся главным тренером женской команды "Звезда" (Звенигород, Московская область). В 2007 г. привел ее к победе в чемпионате страны.
В 2013-2014 и 2016-2019 гг. вновь возглавлял краснодарскую "Кубань".
В 2016 г. был тренером-наставником (помощником главного тренера) команды "Астраханочка". В том же году клуб стал чемпионом России.
Тренерская работа с гандбольными сборными
С 1993 по 1995 г. Евгений Трефилов был вторым тренером женской сборной России.
В 1996-1997 гг. - старший тренер женской молодежной сборной России. В 1996 г. привел ее к бронзе чемпионата Европы (турнир проходил в Польше).
В 1997-1998 гг. являлся вторым тренером мужской сборной России.
В 1999-2012 и 2013-2019 гг. Евгений Трефилов был главным тренером женской сборной России по гандболу. Четыре раза приводил команду к золоту чемпионатов мира (2001 - Италия, 2005 - Россия, 2007 - Франция, 2009 - Китай). В 2008 г. под его руководством россиянки завоевали серебро XXIX летних Олимпийских игр (Пекин, Китай), в 2016 г. - золото XXXI летней Олимпиады (Рио-де-Жанейро, Бразилия).
Евгений Трефилов является заместителем председателя высшего совета Федерации гандбола России.
Председатель Федерации гандбола Краснодарского края.
Звания, награды
Мастер спорта СССР. Заслуженный тренер России (1997).
Евгений Трефилов награжден орденом Дружбы (2017), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2004).
Почетный гражданин Краснодара (2024).