Родился 30 ноября 1935 г. в селе Юрьевка (Боготольский район Красноярского края) в семье Ивана Степановича и Екатерины Григорьевны Трегубовичей. Его отец работал председателем колхоза, мать вела домашнее хозяйство.
Виктор Трегубович провел детство в гор. Боготол (Красноярский край), где окончил среднюю школу. В 1953-1954 гг. учился в Прокопьевском горном техникуме (ныне Прокопьевский горнотехнический техникум им. В. П. Романова, Кемеровская обл.), но не окончил его.
В середине 1950-х гг. прошел службу в Советской армии. После демобилизации работал инструктором в райкоме комсомола в гор. Боготол.
В 1958 г. поступил в Москве на режиссерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ныне Всероссийский государственный институт кинематографии им. С. А. Герасимова). Учился в мастерской народного артиста СССР Михаила Ромма. Окончил вуз с отличием в 1963 г. Дипломная работа - короткометражный фильм "Прошлым летом" по сценарию Александра Володина.
С 1963 г. Виктор Трегубович работал режиссером на киностудии "Ленфильм". Его дебютным полнометражным фильмом стала социальная драма "Знойный июль" (1965).
Среди наиболее известных фильмов Виктора Трегубовича: драма "На войне как на войне" по повести Виктора Курочкина (1968), экранизация исторического романа Константина Седых "Даурия" (1971), мелодрама "Старые стены" (1973), комедия "Уходя - уходи" по мотивам повести Леонида Треера "Из жизни Дмитрия Сулина" (1978), трагикомедия "Прохиндиада, или Бег на месте" (1984), социальная драма "Вот моя деревня..." по мотивам очерков Анатолия Зябрева (1985).
С 1984 г. Виктор Трегубович являлся художественным руководителем Второго творческого объединения "Ленфильма" (с 1990 г. - киностудия "Ладога").
Его последней работой стала экранизация исторического романа Алексея Черкасова "Хмель" (1991). В общей сложности режиссер поставил 15 фильмов, был автором или соавтором сценариев нескольких из них.
Виктор Трегубович скончался 21 сентября 1992 г. в Санкт-Петербурге на 57-м году жизни. Похоронен на Комаровском поселковом кладбище под Санкт-Петербургом.
Народный артист РСФСР (1987). Заслуженный деятель искусств РСФСР (1976).
Был награжден орденом Трудового Красного Знамени (1981).
Лауреат Государственной премии РСФСР им. братьев Васильевых (1976).
Был женат на Юнессе Васильевне Трегубович (1941-2013, преподаватель математики и информатики). Дочери - Полина (род. 1965, выпускница Ленинградского института киноинженеров, ныне Санкт-Петербургский государственный институт кино и телевидения) и Марина (род. 1967, актриса, оперная певица), сын - Иван (род. 1975, кандидат экономических наук).