Родился 24 февраля 1745 г. в селе Бурнаково Романовского уезда Ярославской провинции Российской империи (ныне дер. Бурнаково, Рыбинский район Ярославской обл.) в небогатой дворянской семье. Отец - Федор Игнатьевич Ушаков, сержант лейб-гвардии Преображенского полка. Мать - Прасковья Никитична Ушакова.
В 1766 г. окончил Морской кадетский корпус в чине мичмана.
С 1769 г. служил в Донской военной флотилии.
Участник русско-турецкой войны 1768-1774 гг. 30 июня 1769 г. произведен в лейтенанты. В конце 1772 г. получил в командование прам (крупный плоскодонный парусно-гребной корабль) "Курьер". В 1773 г. был назначен командиром 16-пушечного корабля "Модон", участник отражения турецкого десанта в Балаклаве 23 июня 1773 г.
С 1775 г. - командир фрегата Балтийского флота.
В 1776-1779 гг. - участник похода в Средиземное море с целью проводки фрегатов в Черное море.
В 1780 г. направлен в Рыбинск для доставки в Санкт-Петербург каравана с корабельным лесом. Назначен командиром императорской яхты, однако вскоре добился перевода на линейный корабль.
В 1780-1782 гг. - командир линейного корабля "Виктор", который в составе Средиземноморской эскадры охранял торговые суда.
С 1783 г. на Черноморском флоте. Участвовал в постройке кораблей в Херсоне, создании Севастопольской военно-морской базы.
В 1784 произведен в капитаны 1-го ранга.
В ходе русско-турецкой войны 1787-1791 гг., командуя линейным кораблем "Святой Павел" и авангардом Черноморского флота 3 июля 1788 г. (здесь и далее даты по старому стилю) разгромил превосходящие турецкие силы в сражении у острова Фидониси.
В 1789 г. произведен в контр-адмиралы.
8 июля 1790 г. эскадра под командованием Ушакова одержала победу над турецкими силами в Керченском сражении, 28 августа - в сражении у мыса Тендра (Тендровская коса в пределах нынешней Херсонской обл. Украины), 31 июля 1791 г. - в сражении при Калиакрии (территория нынешней Болгарии). В каждом из этих сражений Ушаков применял новые, оригинальные способы ведения боя, демонстрировал маневренную наступательную тактику. Благодаря его морским победам, а также крупным успехам сухопутных войск, Россия прочно утвердилась в Черноморском регионе.
В 1793 г. произведен в вице-адмиралы. Назначен командующим российскими военно-морскими силами в Средиземном море. Во время Средиземноморского похода 1798-1800 гг. (война России в составе Второй антифранцузской коалиции) проявил себя как выдающийся флотоводец, опытный политик и дипломат. В 1799 г. при освобождении от французов стратегически важных Ионических островов (нынешняя Греция) командовал осадой и штурмом хорошо укрепленного острова Корфу, который был взят русским десантом после двухчасового боя.
В 1799 г. произведен в адмиралы.
С 1802 г. командовал Балтийским гребным флотом, с 27 сентября 1804 г. - начальник флотских команд в Санкт-Петербурге.
В 1807 г. уволен в отставку с мундиром и пенсией, в 1810 г. поселился в приобретенной им дер. Алексеевке Темниковского уезда Тамбовской губернии (ныне Республика Мордовия).
Во время Отечественной войны 1812 г. был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности. Последние годы жизни посвятил благотворительной деятельности.
Скончался 14 октября (2 октября по старому стилю) 1817 г. в своем имении. Погребен в Санаксарском монастыре близ г. Темникова (Мордовия).
6 октября 2004 г. причислен Архиерейским собором Русской православной церкви к лику святых.
Награжден орденом Святого Владимира IV степени (1784), орденами Святого Георгия II (1790) и IV (1788) степеней, Святого Владимира II (1790) и III (1788) степеней, орденом Святого Александра Невского (1791), Алмазными знаками ордена Святого Александра Невского (1798), Командорским крестом ордена Святого Иоанна Иерусалимского (1798), иностранными наградами.
В честь Федора Ушакова названа бухта в юго-восточной части Баренцева моря и мыс на северном побережье Охотского моря, Морская государственная академия (Новороссийск), улицы в ряде городов России, Украины, Белоруссии и Болгарии.
Имя флотоводца неоднократно присваивалось боевым кораблям. В Санкт-Петербурге, Рыбинске, дер. Алексеевка и на о. Корфу открыты памятники адмиралу.
В 1944 г. Президиум Верховного Совета СССР учредил орден и медаль Ушакова для награждения военнослужащих ВМФ (сохранены в системе наград РФ).