Родился 24 февраля 1745 г. (по старому стилю - 13 февраля 1745 г.) в сельце Бурнаково Романовского уезда Ярославской провинции Российской империи (ныне дер. Бурнаково, Рыбинский район Ярославской области) в небогатой дворянской семье. Отец - Федор Игнатьевич Ушаков, сержант лейб-гвардии Преображенского полка. Мать - Прасковья Никитична Ушакова.
В 1766 г. Федор Ушаков окончил в Санкт-Петербурге Морской кадетский корпус в чине мичмана.
С 1769 г. служил в Донской военной флотилии.
Участник русско-турецкой войны 1768-1774 гг. 30 июня 1769 г. был произведен в лейтенанты. В конце 1772 г. получил в командование прам (крупный плоскодонный парусно-гребной корабль) "Курьер". В 1773 г. был назначен командиром 16-пушечного корабля "Модон", участвовал в отражении турецкого десанта в крымской Балаклаве 23 июня 1773 г.
С 1775 г. занимал пост командира фрегата Балтийского флота.
В 1776-1779 гг. участвовал в походе в Средиземное море с целью проводки фрегатов в Черное море.
В 1780 г. Федора Ушакова направили в Рыбинск для доставки в Санкт-Петербург каравана с корабельным лесом. В том же году он был назначен командиром императорской яхты, однако вскоре добился перевода на линейный корабль.
В 1780-1782 гг. командовал линейным кораблем "Виктор", который в составе Средиземноморской эскадры охранял торговые суда.
С 1783 г. находился на Черноморском флоте. Участвовал в постройке кораблей в Херсоне, создании Севастопольской военно-морской базы.
В 1784 был произведен в капитаны 1-го ранга.
В ходе русско-турецкой войны 1787-1791 гг. Федор Ушаков, командуя линейным кораблем "Святой Павел" и авангардом Черноморского флота 3 июля 1788 г. (здесь и далее даты по старому стилю) разгромил превосходящие турецкие силы в сражении у острова Фидониси.
В 1789 г. был произведен в контр-адмиралы.
8 июля 1790 г. эскадра под командованием Ушакова одержала победу над турецкими силами в Керченском сражении, 28 августа - в сражении у мыса Тендра (ныне в пределах Херсонской области РФ), 31 июля 1791 г. - в сражении при Калиакрии (территория нынешней Болгарии). В каждом из этих сражений Федор Ушаков применял новые, оригинальные способы ведения боя, демонстрировал маневренную наступательную тактику. Благодаря его морским победам, а также крупным успехам сухопутных войск, Россия прочно утвердилась в Черноморском регионе.
В 1793 г. был произведен в вице-адмиралы. Назначен командующим российскими военно-морскими силами в Средиземном море. Во время Средиземноморского похода 1798-1800 гг. (война России в составе Второй антифранцузской коалиции) проявил себя как выдающийся флотоводец, опытный политик и дипломат. В 1799 г. при освобождении от французов стратегически важных Ионических островов (нынешняя Греция) командовал осадой и штурмом хорошо укрепленного острова Корфу, который был взят русским десантом после двухчасового боя.
В 1799 г. был произведен в адмиралы.
С 1802 г. командовал Балтийским гребным флотом, с 27 сентября 1804 г. являлся начальником флотских команд в Санкт-Петербурге.
В 1807 г. Федор Ушаков был уволен в отставку с мундиром и пенсией, в 1810 г. поселился в приобретенной им дер. Алексеевке Темниковского уезда Тамбовской губернии (ныне Республика Мордовия).
Во время Отечественной войны 1812 г. был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности. Последние годы жизни посвятил благотворительной деятельности.
Федор Ушаков скончался 14 октября (2 октября по старому стилю) 1817 г. в своем имении. Погребен в Санаксарском монастыре близ г. Темникова (ныне Мордовия), настоятелем которого в 1764-1774 гг. был дядя флотоводца, Иван Игнатьевич Ушаков (преподобный Феодор Санаксарский).
6 октября 2004 г. был причислен Архиерейским собором Русской православной церкви к лику святых.
Имя флотоводца неоднократно присваивалось боевым кораблям. В Санкт-Петербурге, Севастополе, Донецке, Рязани, Петрозаводске, Азове (Ростовская область), Ейске (Краснодарский край), Скадовске (Херсонская область), Рыбинске, дер. Алексеевка и на о. Корфу установлены памятники адмиралу.
В 1944 г. Президиум Верховного Совета СССР учредил орден и медаль Ушакова для награждения военнослужащих ВМФ (сохранены в системе наград РФ).
5 августа 2001 г. адмирал Ушаков был причислен к лику местночтимых святых Саранской и Мордовской епархии Русской православной церкви (РПЦ), 6 октября 2004 г. решением Архиерейского собора РПЦ прославлен для общецерковного почитания. Считается небесным покровителем российского военно-морского флота. В честь "святого праведного воина Феодора Ушакова" освящен ряд храмов (в Саранске, Волгограде, Волгодонске, Москве и др.).