Родился 18 сентября 1949 г. в Москве в семье юристов. Его отец, Александр Александрович, заведовал юридической консультацией, где также работала мать Федотова, Виктория Эммануиловна.
В 1966 г. Михаил Федотов поступил на дневное отделение юридического факультета Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова. В начале 1968 г. за участие в диссидентском движении по представлению Комитета государственной безопасности при Совете министров CCCР был отчислен со второго курса. В 1969 г. по ходатайству ряда преподавателей факультета восстановлен на вечернем отделении, которое окончил в 1972 г.
В 1976 г. во Всесоюзном юридическом заочном институте (ВЮЗИ) защитил диссертацию на соискание степени кандидата юридических наук на тему "Свобода печати - конституционное право советских граждан".
Доктор юридических наук. В 1989 г. в ВЮЗИ защитил диссертацию по теме "Средства массовой информации как институт социалистической демократии (государственно-правовые проблемы)".
В 1966-1967 гг. принимал участие в нескольких политических демонстрациях диссидентского движения. В декабре 1967 г. участвовал в пикетировании здания Московского городского суда, где проходил процесс над Юрием Галансковым, Александром Гинзбургом, Алексеем Добровольским и Верой Лашковой по обвинению в "антисоветской агитации и пропаганде" ("дело четырех" было одним из крупнейших политических процессов 1960-х гг., подсудимых обвиняли в создании сборника материалов о деле писателей Андрея Синявского и Юлия Даниэля, а также в подготовке самиздатского общественно-политического и литературно-философского альманаха "Феникс-66").
В 1969-1972 гг. Михаил Федотов работал корреспондентом в редакциях газет "Вечерняя Москва", "Социалистическая индустрия", "На боевом посту" и в журнале "Лесная новь".
С 1976 по 1990 г. занимал должности преподавателя, доцента, профессора кафедры государственного права во Всесоюзном юридическом заочном институте.
В 1988 г. вместе с научными сотрудниками Института государства и права АН СССР Юрием Батуриным и Владимиром Энтиным участвовал в разработке закона о печати в СССР (проект был опубликован в бюллетене "Век XX и мир"). В дальнейшем он был положен в основу закона "О печати и других средствах массовой информации", подписанного президентом СССР Михаилом Горбачевым 12 мая 1990 г. За участие в его разработке Михаил Федотов получил премию Союза журналистов СССР.
В марте 1990 г. при поддержке избирательного блока "Демократическая Россия" баллотировался в народные депутаты РСФСР по национально-территориальному округу №46 (Москва). Проиграл выборы адвокату Борису Золотухину, который выдвигался от того же блока.
С сентября 1990 г. по май 1992 г. - заместитель министра печати и массовой информации РСФСР/РФ Михаила Полторанина.
29 и 30 октября 1991 г. на V съезде народных депутатов РСФСР выдвигался фракцией "Демократическая Россия" кандидатом на должность судьи Конституционного суда. Избран не был, так как трижды не набрал необходимого числа голосов.
В 1992 г. был одним из трех представителей президента РФ в Конституционном суде на процессе по вопросу о законности указов Бориса Ельцина о запрете деятельности КПСС, Коммунистической партии РСФСР, а также Фронта национального спасения (последний указ был признан не соответствующим конституции).
В том же году инициировал создание на базе упраздненного Государственного агентства СССР по авторским и смежным правам Российского агентства интеллектуальной собственности (РАИС) при президенте РФ. 24 февраля 1992 г. был назначен его директором. 7 октября 1993 г. РАИС было ликвидировано, его правопреемником стало Российское авторское общество.
С 23 декабря 1992 г. по 23 августа 1993 г. занимал пост министра печати и информации РФ в правительстве Виктора Черномырдина. Подал в отставку в связи с конфликтом с руководителем Федерального информационного центра Михаилом Полтораниным.
В 1993-1995 г. - президент и председатель авторского совета Российского авторского общества.
С 22 сентября 1993 г. по 24 января 1998 гг. - постоянный представитель РФ при Организации Объединенных Наций по вопросам образования, науки и культуры (ЮНЕСКО).
13 февраля 1997 г. президент РФ Борис Ельцин направил в Совет Федерации представление о назначении Михаила Федотова судьей Конституционного суда. Однако сенаторы не поддержали его кандидатуру: 5 марта 1997 г. против Федотова проголосовали 69 членов Совфеда, за – 54, воздержались 19.
В 1998-2003 гг. - вице-президент регионального общественного фонда "Информатика для демократии" (Фонд "Индем"; президент - Георгий Сатаров).
С 1998 г. является секретарем Союза журналистов России.
В начале 2000-х гг. возглавлял программу "Гражданское общество" в фонде "Институт "Открытое общество" (Фонд Сороса) в Москве.
С мая 2001 г. являлся членом федерального политического совета партии "Союз правых сил" (председатель федерального политсовета – Борис Немцов). Входил в руководство СПС до 2004 г. Вышел из партии после того, как лидеры СПС отказались поддержать кандидатуру Ирины Хакамады на президентских выборах 2004 г.
В июле 2002 г. был избран членом попечительского совета канала ТВС (председатель совета – бывший премьер-министр РФ Евгений Примаков, главный редактор канала – Евгений Киселев, в 2016 г. внесенный в РФ в перечень экстремистов и террористов, в 2022 г. признанный в РФ иноагентом).
В 2004 г. Михаил Федотов входил в состав оппозиционного "Комитета 2008: Свободный выбор" под председательством Гарри Каспарова, в 2022 г. признанного в РФ иноагентом и в 2024 г. внесенного в РФ в реестр террористов и экстремистов (соучредители - Владимир Буковский, Евгений Киселев, признанная в 2022 г. в РФ иноагентом Юлия Латынина, Борис Немцов, признанный в 2022 г. в РФ иноагентом Сергей Пархоменко, признанный в 2021 г. в РФ иноагентом Виктор Шендерович и др.). Общественная группа была создана с целью проведения в России в 2008 г. "свободных и демократических выборов", а также противодействия "укреплению режима личной власти" президента РФ Владимира Путина.
В 2000-2010-х гг. возглавлял кафедру ЮНЕСКО по авторскому праву и другим правам интеллектуальной собственности в Национальном исследовательском университете "Высшая школа экономики".
10 февраля 2009 г. указом главы государства Дмитрия Медведева включен в состав Совета при президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека, который возглавляла Элла Памфилова.
С 12 октября 2010 г. по 21 октября 2019 г. работал в Администрацию президента РФ, где занимал пост советника главы государства (до мая 2012 г. - Дмитрия Медведева, затем Владимира Путина).
Одновременно с 12 октября 2010 г. по 21 октября 2019 г. был председателем Совета при президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека (с февраля 2011 г. - Совет при президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека (СПЧ)). Во главе Совета сменил Эллу Памфилову.
6 декабря 2018 г. распоряжением главы государства Михаил Федотов был назначен руководителем межведомственной рабочей группы по координации деятельности, направленной на реализацию Концепции государственной политики по увековечиванию памяти жертв политических репрессий.
Общая сумма декларированного дохода за 2013 г. составила 6 млн 920 тыс. руб., супруги – 1 млн 151 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2014 г. составила 6 млн 441 тыс. руб., супруги – 1 млн 163 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составила 6 млн 153 тыс. руб., супруги – 2 млн 773 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составила 6 млн 973 тыс. руб., супруги – 854 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2017 г. составила 5 млн 793 тыс. руб., супруги – 1 млн 103 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2018 г. составила 6 млн 752 тыс. руб., супруги – 1 млн 406 тыс. руб.
Имеет дипломатический ранг чрезвычайного и полномочного посла (1994).
Награжден орденом Дружбы (2014).
Заслуженный юрист РФ (1999).
Лауреат премии правительства РФ 2009 г. в области печатных средств массовой информации.
Автор учебных пособий "Конституционный статус советского гражданина" (1982; в соавторстве), "Правовые основы журналистики" (2002), "Право массовой информации в Российской Федерации" (2002), а также ряда статей по проблемам прав человека, информационного права, правового обеспечения свободы слова и печати, интеллектуальной собственности и международного гуманитарного сотрудничества.
Женат третьим браком, имеет двоих детей. Супруга, Мария Михайловна (род. 1954), по профессии лингвист-переводчик, дочь актера Михаила Глузского. Сын Александр и дочь Ксения – оба имеют юридическое образование.