Родился 12 августа 1966 г. в г. Михайловске (Свердловская область).
В детстве занимался футболом в родном городе. В 1981 г. был принят в школу футбольного клуба "Уралмаш" (Свердловск; ныне "Урал", Екатеринбург). Игровые позиции - защитник и полузащитник.
В 1983 г. дебютировал в основном составе "Уралмаша" (клуб выступал во второй лиге чемпионата СССР). В 1984-1985 гг. играл за команду "Дружба" (Йошкар-Ола).
В 1984-1985 гг. Владимир Федотов прошел службу в Советской армии. В учебной части в г. Чебаркуль (Челябинская обл.) освоил специальность водителя-механика БМП, затем служил в части ПВО в г. Троицке (Челябинская обл.).
С 1986 по 1996 г. выступал за "Уралмаш" (в 1992-1996 гг. клуб играл в высшей лиге чемпионата России). В 1996 г. в его составе дошел до полуфинала Кубка Интертото (европейский международный клубный турнир, проводившийся в 1995-2008 гг.).
В 1997-1998 гг. представлял тульский "Арсенал", в 1999 г. - ижевский "Газовик-Газпром".
В 2000-2002 гг. был игроком саратовского "Сокола". В 2002-2003 гг. выступал за "Урал".
В 2004 г. Владимир Федотов начал тренерскую карьеру. С 2004 по 2009 г. был тренером, в 2009-2010 гг. - главным тренером, в 2010-2011 гг. - тренером-селекционером клуба "Урал".
В 2011-2013 гг. возглавлял команду "Металлург-Кузбасс" (ныне "Новокузнецк"), в 2015 г. - команду "Синара" (Каменск-Уральский, Свердловская обл.).
В 2015-2017 гг. Владимир Федотов входил в тренерский штаб клуба "Оренбург" (до мая 2016 г. - "Газовик"). В 2017-2019 гг. был главным тренером этого клуба. В 2018 г. под его руководством команда стала победителем первенства Футбольной национальной лиги (второй по силе дивизион российского футбола) и вышла в Российскую премьер-лигу.
С декабря 2019 г. по июнь 2022 г. - главный тренер футбольного клуба "Сочи". По итогам сезона 2021/2022 гг. привел его к серебряным медалям чемпионата России.
С 15 июня 2022 г. по 3 июня 2024 г. - главный тренер ПФК ЦСКА. По итогам сезона 2022/2023 гг. клуб под его руководством завоевал серебро чемпионата России, а также первенствовал в Кубке страны.