. Внимание! Статья находится в стадии наполнения.
С 2016 г. занимал должности советника, главного советника, затем заместителя начальника департамента в управлении Администрации президента РФ по социально-экономическому сотрудничеству с государствами – участниками Содружества Независимых Государств, Республикой Абхазия и Республикой Южная Осетия (начальник управления - Олег Говорун). Курировал вопросы отношений России и Южной Осетии.
В октябре 2018 г. это подразделение администрации было реорганизовано в Управление президента РФ по приграничному сотрудничеству. Алексей Филатов стал заместителем начальника управления Олега Говоруна. На этом посту Филатов сменил ушедшего в отставку Максима Полякова. По словам политолога Алексея Чеснакова, в управлении Алексей Филатов курировал гуманитарное и политическое взаимодействие с правозглашенными Донецкой и Луганской народными республиками.
17 апреля 2019 г. Алексей Филатов был назначен начальником Управления президента РФ по приграничному сотрудничеству.
Действительный государственный советник РФ III класса (2019).