Родился 30 апреля 1959 г. в Торонто (провинция Онтарио, Канада) в семье бухгалтера компании Imperial Oil.
В 1978 г. поступил в Университет Торонто, но бросил учебу. В 1993 г. окончил Университет Калгари (провинция Альберта), получив степень магистра экономики.
Параллельно с учебой работал в почтовой службе в отеле, принадлежавшем компании Imperial Oil, затем в компьютерном сервисе этой фирмы. После окончания университета занимался преподавательской деятельностью.
Политическую карьеру начал в 1985 г. в качестве помощника одного из депутатов от Прогрессивно-консервативной партии. Но уже через год он разочаровался в идеях прогрессивных консерваторов и в 1987 г. стал одним из основателей Реформистской партии Канады.
В 1993 г. был избран в палату общин (нижняя палата) парламента. Через четыре года, вступив в конфликт с руководством партии по ряду вопросов (в частности, выступал за закон об обязательной регистрации огнестрельного оружия, не поддержанный партией), ушел из политики.
В 1997 г. был вице-президентом, а в 1998—2002 гг. — президентом Национальной гражданской коалиции (The National Citizens Coalition), общественной организации, занимающейся защитой политических и экономических свобод канадцев.
В 2002 г. избран лидером партии Канадский альянс (консервативная партия, создана на основе Реформистской партии) и вернулся в парламент.
В марте 2004 г. возглавил Консервативную партию Канады, созданную в 2003 г. результате слияния Канадского альянса и Прогрессивно-консервативной партии.
В ходе предвыборной кампании 2004 г. консерваторы выступали за запрет абортов и однополых браков. На выборы 2006 г. они вышли не с пропагандой консервативных ценностей и критикой либералов, а с экономическими лозунгами - снижение налогов, увеличение ассигнований и прав для провинций.
В январе 2006 г. в ходе парламентских выборов Консервативная партия Канады заняла первое место, завоевав 124 места из 308. Как лидер партии, получившей относительное большинство, 6 февраля Харпер был назначен премьер-министром Канады. После выборов 2008 г. он сохранил за собой кресло премьера (правительства 2006-2008 и 2008-2011 гг. - т.н. правительства меньшинства).
В марте 2011 г. ушел в отставку после вынесения вотума недоверия экономической политике его кабинета (тогда против предложенного им бюджета голосовали все оппозиционные фракции). Кроме того, депутаты уличили правительство Харпера в совершении непрозрачной сделки по закупке у США партии истребителей F-35. Однако на внеочередных выборах в мае того же года консерваторы получили абсолютное большинство, и Стивен Харпер возглавил свой третий кабинет (на этот раз правительство большинства).
20 октября 2015 г., после того как Консервативная партия проиграла парламентские выборы Либеральной партии, он заявил об отставке с постов лидера консерваторов и главы правительства.
По оценкам политологов, политика кабинета Харпера была направлена "на выстраивание отношений с США и использование жесткой силы". Следуя в фарватере США, Канада принимала активное участие в военных операциях в Афганистане и Ливии. В 2014 г. Канада одной из первых ввела санкции против России в связи с ситуацией на Украине, распространив их на финансовую, оборонную и нефтегазовую отрасли. Еще до украинского кризиса, на саммите G8 в июне 2013 г. Стивен Харпер предложил западным коллегам вернуться в отношениях с Россией к формуле 1990-х гг. "семь плюс один". Сравнивая политику Харпера и его предшественников, критики упрекают его в том, что он не сумел сохранить созданную многолетними усилиями репутацию Канады как миротворца и посредника в урегулировании конфликтов.
Критику в стране вызвал и принятый в июне 2015 г. антитеррористический закон С-51, предусматривающий расширение полномочий секретных служб, включая доступ к персональной информации и облегчение обмена данными. Многие эксперты в Канаде считают этот закон недемократичным и нарушающим права человека. Неоднозначную реакцию вызвало подписание правительством соглашения по Транстихоокеанскому партнерству, целью которого является создание зоны свободной торговли в Азиатско-Тихоокеанском регионе. Кроме того, многие канадские граждане не поддерживают участие ВВС страны в операции против террористической группировки "Исламское государство" в Ираке и Сирии (с 2014 г.). Однако главной причиной поражения правительства консерваторов эксперты называют его неспособность обеспечить экономический рост страны. В первом квартале 2015 г. зафиксированы отрицательные темпы роста (ВВП страны составлял $1,62 трлн, что на 9,7% меньше, чем в 2014 г., когда ВВП составлял $1,79 трлн), падение курса канадского доллара и сокращение рабочих мест (впервые после кризиса 2008-2009 гг.).
20 октября 2015 г. после поражения консерваторов на парламентских выборах заявил об отставке, а также сложил с себя полномочия лидера партии, после чего оставался в парламенте в качестве депутата от Консервативной партии, где представлял город Калгари (провинция Альберта).
26 августа 2016 г. объявил о завершении политической карьеры.
В своем микроблоге в "Твиттере" Харпер поблагодарил жителей Калгари и канадцев за то, что они предоставили ему "честь служить самой лучшей стране в мире".
Жена - Лорин Тески Харпер (брак заключен в 1991 г.). Сын Бенджамин, дочь Рэйчел.
Среди его увлечений - хоккей. Харпер не только страстный болельщик, но и один из признанных знатоков истории канадского хоккея. Он является членом Международного общества исследований хоккея. В 2013 г. вышла в свет его книга по истории этого вида спорта "Великая игра: Забытые "листья" и восход профессионального хоккея" (A Great Game: The Forgotten Leafs and the Rise of Professional Hockey).