Родился 9 августа 1966 г. в Казани (Татарская АССР, ныне Республика Татарстан, РФ). Детство провел в г. Чистополе (Татарстан).
В 1990 г. окончил Казанский государственный финансово-экономический институт (в 2011 г. был присоединен к Казанскому федеральному университету) по специальности "экономист". В 2000 г. прошел переподготовку в Открытом университете Великобритании по специальности "профессиональный менеджмент".
Кандидат экономических наук. В 2006 г. в Казанском государственном технологическом университете защитил диссертацию на тему "Стратегия управления инвестиционной деятельностью в регионе (на примере Республики Татарстан)".
В 1983-1984 гг. работал лаборантом обслуживания опытных установок Казанского государственного финансово-экономического института (КГФЭИ).
В 1984-1986 гг. служил в рядах Советской армии.
С 1986 по 1987 г. работал лаборантом обслуживания технических средств обучения КГФЭИ.
В 1987-1995 гг. был главным бухгалтером, председателем строительного кооператива "Темп" (Казань).
В 1995-1997 гг. - генеральный директор ООО "Интерпластсервис" (Казань).
С 1997 по 2000 г. - генеральный директор ООО "Строительная торгово-промышленная фирма "Ак барс" (Казань).
В 1999-2001 гг. - депутат Государственного совета Татарстана II созыва. 19 декабря 1999 г. был избран по Прикамскому территориальному округу №10.
В 2000 г. назначен заместителем генерального директора - директором по материально-техническим ресурсам, инвестициям и строительству государственного унитарного предприятия "Производственное энергетическое объединение Республики Татарстан "Татэнерго" (ныне АО "Татэнерго").
С мая 2001 г. по ноябрь 2010 г. - министр строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Татарстана в правительстве Рустама Минниханова (с 2010 г. - глава Татарстана).
Был доцентом кафедры экономики и предпринимательства в строительстве Казанского государственного архитектурно-строительного университета.
С 18 ноября 2010 г. руководил Департаментом городского строительства Москвы.
С 2 декабря 2010 г. по 21 января 2020 г. - заместитель мэра Москвы Сергея Собянина по вопросам градостроительной политики и строительства (был переназначен на этот пост 17 сентября 2013 г.). С 2011 г. возглавлял комиссию г. Москвы по пресечению самовольного строительства.
С 21 января 2020 г. - заместитель председателя правительства РФ Михаила Мишустина. В 2020-2024 гг. отвечал за жилищную политику, ипотечное кредитование, строительство и архитектуру, жилищно-коммунальное хозяйство, реконструкцию и эксплуатацию автомобильных дорог, безопасность дорожного движения, управление государственной собственностью. Координировал работу правительства в сфере регионального развития (за исключением Дальневосточного федерального округа), социально-экономического развития Республики Крым и Севастополя, отвечал за сотрудничество с республиками Абхазия и Южная Осетия. Курировал Южный федеральный округ (с июля 2021 г.). 14 мая 2024 г. переназначен на должность во втором правительстве Михаила Мишустина. В Госдуме его кандидатуру поддержали 347 депутатов из 448, воздержались - 61, голосовавших против не было.
С мая 2024 г. Марат Хуснуллин курирует вопросы строительства, архитектуры, земельных отношений, жилищно-коммунального хозяйства, государственной жилищной политики, ипотечного кредитования. Отвечает за строительство, содержание и ремонт автомобильных дорог, вопросы безопасности дорожного движения, развитие общественного транспорта, государственный кадастровый учет объектов недвижимости, госрегистрацию прав на недвижимое имущество и сделок с ним, сферы геодезии, картографии и пространственных данных, присвоения наименований географическим объектам. В его ведении координация работ в сфере комплексного социально-экономического развития субъектов РФ и муниципальных образований, а также предоставления государственной поддержки регионам. Курирует социально-экономическое развитие Республики Крым, Севастополя, ДНР, ЛНР, Запорожской и Херсонской областей, а также регионов Южного федерального округа.
Председатель наблюдательного совета АО "ДОМ.РФ" (с января 2020 г.), Фонда защиты дольщиков (с марта 2020 г.), фонда "Национальное культурное наследие" (с сентября 2020 г.; учрежден для создания культурно-образовательных комплексов в российских регионах), публично-правовой компании "Единый заказчик в сфере строительства" (с января 2021 г.), публично-правовой компании "Роскадастр" (с августа 2022 г.).
Член Совета при президенте РФ по стратегическому развитию и национальным проектам, также входит в его президиум (с февраля 2020 г.).
Возглавляет правительственные комиссии по развитию жилищного строительства и оценке эффективности использования земельных участков, находящихся в собственности Российской Федерации, по вопросам социально-экономического развития Республики Крым и г. Севастополя, по региональному развитию, по обеспечению безопасности дорожного движения, по ликвидации последствий паводка, произошедшего на территории Иркутской области в конце июня 2019 года, и оказания помощи пострадавшим гражданам.
Председатель оргкомитета Ялтинского международного экономического форума (с марта 2020 г.).
Член попечительского совета Государственного музея изобразительных искусств им. А. С. Пушкина (с марта 2023 г.).
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2016), Почета (2018), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2008). Имеет благодарность президента РФ (2017).
Почетный строитель России (2004), заслуженный строитель РФ (2013). Почетный работник жилищно-коммунального хозяйства России (2010).
Заслуженный строитель Республики Татарстан (2005). Почетный строитель г. Москвы (2017).