Родился 13 октября 1967 г. в гор. Любляне (Югославия, ныне Словения).
В 1991 г. окончил юридический факультет Люблянского университета.
В 1993 г. стал одним из учредителей семейной адвокатской компании Ceferin in parteji ("Чеферин и партнеры"), впоследствии сменил отца на посту председателя правления. Работая в фирме, специализировался на делах в сфере уголовного и хозяйственного права, а также в области прав человека. Помимо этого, выступал в качестве защитника интересов профессиональных спортсменов и спортивных клубов.
Деятельность Чеферина в спортивной сфере началась в 2005 г., когда он стал членом управляющего совета мини-футбольного клуба "Лития" из одноименного города. С 2005 г. состоит в исполнительном комитете любительской команды "Любляна Лойерс". В 2006-2011 гг. входил в состав правления люблянского футбольного клуба "Олимпия".
В 2011-2016 гг. являлся президентом Футбольного союза Словении.
В 2011-2016 гг. занимал посты третьего и второго вице-председателя юридического комитета Союза европейских футбольных ассоциаций (Union of European Football Associations, UEFA; УЕФА).
В июне 2016 г. принял решение баллотироваться в президенты УЕФА. Его предвыборная программа носила название "Создавая идеальный баланс". В ней говорилось о важности соблюдения интересов как ведущих европейских клубов, так и команд из маленьких стран; о необходимости ограничить сроки пребывания на своих постах главы и членов исполкома УЕФА и усилить борьбу с договорными матчами. Кандидатуру Чеферина на выборах поддержал Российский футбольный союз.
14 сентября 2016 г. на проходившем в Афинах (Греция) XII внеочередном конгрессе УЕФА был избран президентом организации, сменив на этом посту француза Мишеля Платини. Получил 42 голоса, другой кандидат, голландец Михаэль ван Праг, - 13. После этого он автоматически стал вице-президентом Международной федерации футбола (Federation Internationale de Football Association, FIFA; ФИФА).
5 апреля 2017 г. в Хельсинки (Финляндия) конгресс Союза европейских футбольных ассоциации одобрил инициативу Чеферина, ограничив максимальный срок полномочий президента и членов исполкома УЕФА тремя сроками по четыре года. Ранее правила, касавшегося максимального числа переизбраний, не существовало.
Является членом дисциплинарного комитета Международной федерации футбола (Federation Internationale de Football Association, FIFA; ФИФА).
Владеет английским и итальянским языками.
Женат. Имеет трех дочерей.