Родилась 21 августа 1947 г. в Гонконге (до 1997 г. – колония Великобритании, ныне – специальный административный район КНР).
В 1966-1969 гг. училась в Образовательном колледже им. Джеффри Норткота (в настоящее время – Образовательный университет Гонконга), затем переехала в Канаду. Там в 1973 г. получила степень бакалавра, в 1977 г. – доктора медицины в Университете Западного Онтарио (г. Лондон, провинция Онтарио). В 1985 г. защитила степень магистра в области здравоохранения в Национальном университете Сингапура. В 1991 г. прошла курс по повышению квалификации в области менеджмента в Гарвардской школе бизнеса (США).
С 1978 г. Маргарет Чэнь работала в Департаменте здравоохранения Гонконга, в 1992 г. стала заместителем директора, в 1994 г. – директором этого учреждения. Возглавляла его до 2003 г., на этом посту большое внимание уделяла борьбе с инфекционными заболеваниями и улучшению системы эпидемиологического надзора за ними. В 1997 г., когда в Гонконге был зарегистрирован первый случай заражения человека птичьим гриппом H5N1, по распоряжению Маргарет Чэнь на территории специального административного района в течение трех дней было уничтожено все поголовье птицы (около 1,5 млн особей). Эта мера позволила властям предотвратить распространение заболевания. В 2003 г. под руководством Маргарет Чэнь был проведен комплекс мероприятий по сдерживанию эпидемии атипичной пневмонии (тяжелый острый респираторный синдром, SARS) в Гонконге, в результате которой погибли около 300 человек. Несмотря на это, ее обвиняли в несвоевременном реагировании на проблему (эпидемия началась в соседней китайской провинции Гуандун еще в конце 2002 г.).
В 2003 г. Чэнь перешла на службу во Всемирную организацию здравоохранения (ВОЗ). В 2003-2005 гг. она возглавляла департамент по охране окружающей человека среды. В июне 2005 г. стала директором департамента по эпиднадзору за инфекционными болезнями и ответным действиям ВОЗ, а также представителем генерального директора организации по пандемическому гриппу. В сентябре того же года была назначена помощником генерального директора ВОЗ по инфекционным заболеваниям.
9 ноября 2006 г., спустя несколько месяцев после скоропостижной кончины генерального директора ВОЗ Ли Чон Ука, Маргарет Чэнь была избрана на этот пост. Вступила в должность 4 января 2007 г. В мае 2012 г. она была переизбрана на второй срок (начался 1 июля 2012 г.).
За время пребывания Маргарет Чэнь на посту генерального директора ВОЗ продолжилось снижение уровней заболеваемости ВИЧ/СПИДом (согласно данным организации, в 2000-2015 гг. число новых ВИЧ-инфекций уменьшилось на 35%) и туберкулезом (в тот же период благодаря диагностике и лечению этой болезни было спасено 49 млн жизней). Число смертей от малярии в 2000-2015 гг. уменьшилось на 29%, среди детей в возрасте до пяти лет – на 35%. С 2007 г. семь стран были объявлены ВОЗ свободными от малярии: Объединенные Арабские Эмираты (2007), Марокко и Туркмения (2010), Армения (2011), Мальдивы (2015), Шри-Ланка и Киргизия (2016). В то же время Маргарет Чэнь подвергалась жесткой критике за "медленную реакцию" на вспышку Эболы в Западной Африке, в результате которой в 2013-2016 гг. погибли свыше 11 тыс. человек.
30 июня 2017 г. Маргарет Чэнь покинула пост генерального директора ВОЗ.
В 2013-2016 гг. она входила в список самых влиятельных женщин мира по версии "Форбс" (33-е, 30-е, 62-е и 38-е места соответственно).
Замужем за врачом-офтальмологом Дэвидом Чэнем, имеет сына.