Родился 2 сентября 1963 г. в гор. Алагир (Северо-Осетинская АССР, ныне Республика Северная Осетия - Алания).
В 1985 г. окончил факультет физического воспитания и спорта Северо-Осетинского государственного университета им. К. Л. Хетагурова, в 2000 г. - экономический факультет этого вуза.
Станислав Черчесов начал заниматься футболом в детской школе алагирского клуба "Спартак". С 1976 г. учился в специализированном футбольном классе школы №29 в гор. Орджоникидзе (ныне Владикавказ) под руководством тренера-педагога Заура Шанаева. Первоначально играл на позициях как нападающего, так и вратаря, впоследствии выступал только как голкипер.
В 1977 г. был включен в юношескую сборную РСФСР, а год спустя - в юношескую сборную СССР. В 1982 г. дебютировал в основном составе команды "Спартак" (г. Орджоникидзе). В 1984 г. получил приглашение стать дублером Рината Дасаева в московском "Спартаке". В 1988 г. Черчесов выступал за московский "Локомотив", после этого вернулся в "Спартак" в качестве основного голкипера.
В 1989 г. дебютировал в сборной СССР. Всего за сборные СССР, СНГ и России провел 49 официальных матчей.
В июле 1993 г. Станислав Черчесов перешел в дрезденское "Динамо" (Германия). По итогам сезона 1994/1995 гг. команда покинула высший дивизион национального чемпионата, Черчесов вернулся в московский "Спартак" на правах аренды до конца 1995 г.
В 1996-2002 г. выступал за инсбрукский "Тироль" (Австрия). После банкротства клуба в 2002 г. отыграл семь матчей за московский "Спартак" и объявил о завершении карьеры футболиста.
В составе московского "Спартака" Станислав Черчесов дважды становился чемпионом СССР (1987, 1989) и России (1992, 1993), был обладателем Кубка СССР (1992) и Кубка чемпионов Содружества (1993). Играя за "Тироль", трижды помог команде победить в чемпионате Австрии (2000-2002).
В январе 2004 г. Станислав Черчесов начал тренерскую карьеру, возглавив любительский австрийский клуб "Куфштайн" из одноименного города. С ноября 2004 г. по май 2006 г. тренировал инсбрукский "Ваккер-Тироль".
В мае 2006 г. занял пост спортивного директора московского "Спартака". 19 июня 2007 г. стал главным тренером команды после отставки Владимира Федотова. Под руководством Черчесова "Спартак" занял второе место в чемпионате России 2007 г. После поражения команды со счетом 1:5 в матче против ЦСКА 12 июля 2008 г. отправил в дублирующий состав капитана "Спартака" Егора Титова и вице-капитанов Максима Калиниченко и Сантоса Моцарта. Был уволен с поста главного тренера "Спартака" 14 августа 2008 г., спустя один день после поражения от киевского "Динамо" со счетом 1:4 в матче 3-го квалификационного раунда Лиги чемпионов.
16 декабря 2010 г. Станислав Черчесов подписал контракт с футбольным клубом "Жемчужина-Сочи", выступавшим в первенстве Футбольной национальной лиги (ныне Первая лига). Летом 2011 г. у команды возникли финансовые затруднения, в результате чего она снялась с турнира.
В сентябре 2011 г. Станислав Черчесов возглавил грозненский "Терек" (ныне "Ахмат"). Под его руководством команда заняла в чемпионате России 11-е место в сезоне 2011/2012 гг. и восьмое место в сезоне 2012/2013 гг. В мае 2013 г. руководство грозненского клуба сообщило, что не будет продлевать контракт с тренером.
В сезоне 2013/2014 гг. Черчесов работал на посту главного тренера пермского "Амкара".
Весной 2014 г. возглавил московское "Динамо". Под его руководством клуб пробился в Лигу Европы, в которой достиг 1/8 финала. 13 июля 2015 г. Черчесов покинул клуб.
6 октября 2015 г. был назначен главным тренером варшавской "Легии". Под его руководством эта команда выиграла чемпионат и кубок Польши. 1 июня 2016 г. Черчесов и "Легия" расторгли контракт по обоюдному согласию из-за расхождений по ключевым вопросам развития клуба.
С 11 августа 2016 г. по 8 июля 2021 г. Станислав Черчесов являлся главным тренером сборной России по футболу. Основным достижением команды в этот период стал выход в четвертьфинал домашнего чемпионата мира 2018 г., где в серии послематчевых пенальти она уступила сборной Хорватии. В общей сложности под руководством Станислава Черчесова сборная России провела 57 матчей (24 победы, 13 ничьих, 20 поражений).
С 20 декабря 2021 г. по 19 июля 2023 г. - главный тренер клуба "Ференцварош" (Будапешт, Венгрия). В 2022 и 2023 гг. приводил его к победам в национальном чемпионате, в 2022 г. - в Кубке Венгрии.
С 3 июня 2024 г. - главный тренер сборной Казахстана.
Заслуженный мастер спорта РФ (2003). Заслуженный тренер России (2018).
Станислав Черчесов награжден орденом Александра Невского (2018).
Лауреат Национальной спортивной премии Министерства спорта РФ (2018), премии Федерации спортивных журналистов России "Серебряная лань" (2018).
Признавался лучшим вратарем страны по версии журнала "Огонек" в 1989, 1990 и 1992 гг.