Родился 30 октября 1930 г. в г. Вильно (Польша, ныне Вильнюс, Литва) в еврейской семье. Его отец, Меер Зайдшнур, был одним из самых богатых купцов города, торговал обувью. Незадолго до начала Великой Отечественной войны, в июне 1941 г., семью Зайдшнуров репрессировали, отец был сослан на Урал. Теодор вместе с матерью были депортированы в Алтайский край как граждане Польши. 30 августа 1941 г., после амнистии поляков, ограничительные меры в отношении них были сняты. Войну Теодор Зайдшнур пережил в г. Самарканде (Узбекистан), в 1945 г. семья воссоединилась в г. Лодзи (Польша).
В 1947 г. Теодор Зайдшнур вопреки воле родителей эмигрировал в Палестину (завысив себе возраст по фальшивым документам), где несколько месяцев работал в еврейском коллективном хозяйстве - кибуце. После провозглашения Государства Израиль в 1948 г. участвовал добровольцем в первой арабо-израильской войне.
В 1951-1952 гг. учился в Иерусалимском университетском колледже социальной работы. Оказывал помощь туберкулезным больным, инвалидам, работал с подростками и молодежью.
В 1962 г. окончил Еврейский университет Иерусалима (факультеты экономики и социологии).
В 1963 г. переехал в Великобританию, где поступил в аспирантуру Бирмингемского университета. Тогда же сменил фамилию на Шанин.
В 1970 г. в Бирмингеме защитил диссертацию на степень доктора философии (Ph.D) по теме "Цикличная мобильность и политическое сознание русских крестьян 1910-1925 гг.".
С 1965 г. преподавал социологию в Шеффилдском университете. Вскоре получил известность как один из ведущих специалистов по социологии крестьянства в странах третьего мира и в СССР. Проводил полевые исследования в Советском Союзе, Венгрии, Индии, Иране, Мексике и Танзании.
В 1971-1973 гг. вернулся в Израиль, был доцентом Хайфского университета.
С 1974 г. и до конца жизни - профессор социологии в Манчестерском университете, в 1976-1986 гг. был деканом социологического факультета этого вуза.
Во время работы в Великобритании часто приезжал по научному обмену в СССР.
В 1986 г. Теодор Шанин издал книгу о советском экономисте и социологе Александре Чаянове. В 1987 г. был приглашен в Советский Союз прочесть лекцию о Чаянове во Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В. И. Ленина (ВАСХНИЛ). В 1990 г. был избран почетным академиком - зарубежным членом ВАСХНИЛ.
Параллельно с работой в Манчестере в 1988 г. возглавил программу трансформации гуманитарных наук в московском фонде "Культурная инициатива", основанном Джорджем Соросом совместно с Советским фондом культуры и Советским фондом мира. После его ликвидации в 1992 г. вместе с российским социологом Татьяной Заславской основал в Москве междисциплинарный исследовательский центр "Интерцентр". На его базе в 1995 г. Теодор Шанин на средства гранта Фонда Сороса основал негосударственную Московскую высшую школу социальных и экономических наук (известна как "Шанинка"). В 1995-2007 гг. был ее ректором, в 2007-2020 гг. - президентом. В 2018 г. вуз был лишен государственной аккредитации, но продолжил работу. Аккредитация ему была возвращена только после смерти Шанина, в марте 2020 г.
В 1994-2004 гг. совместно с историком Виктором Даниловым Теодор Шанин был сопредседателем Центра крестьяноведения и аграрных реформ.
С 2003 г. входил в состав редколлегии научного журнала "Вестник общественного мнения".
Теодор Шанин был одним из основателей современного крестьяноведения, в своих книгах "Крестьяне и крестьянские экономики" (1971) и "Неудобный класс " (1972) одним из первых среди западных ученых начал изучать историю русского села и коллективизации, а также занялся междисциплинарным изучением крестьянского вопроса на стыке социологии, экономики, философии и истории.
На русском языке издал книги об истории крестьянского восстания в Тамбовской губернии в 1919-1921 гг. (1994, совместно с Виктором Даниловым), "Неформальная экономика: Россия и мир" (1999), "Отцы и дети. Поколенческий анализ современной России" (2003, совместно с Юрием Левадой).
Теодор Шанин скончался 4 февраля 2020 г. в Москве.
Был награжден орденом Британской империи (2002).
Почетный доктор права Университета Торонто.
Почетный работник высшего профессионального образования РФ (2003).
Жизни ученого посвящена книга Александра Архангельского "Несогласный Теодор" (2018).
Был женат. У Теодора Шанина остались две дочери.