Борис Шапошников родился 2 октября (20 сентября - по старому стилю) 1882 г. в г. Златоуст Уфимской губернии Российской империи (ныне Челябинская область РФ). Отец, Михаил Петрович, был управляющим на винокуренном заводе в селе Петропавловка близ Златоуста. Мать, Пелагея Кузьминична, работала учительницей.
Образование и начало службы
Борис Шапошников окончил Красноуфимское промышленное училище (ныне Красноуфимский аграрный колледж, г. Красноуфимск Свердловской области), затем Алексеевское реальное училище в Перми. В 1900 г. он не смог из-за болезни поступить в юнкерское училище, после чего девять месяцев работал младшим делопроизводителем на винном складе в г. Белебее (ныне в составе Республики Башкортостан РФ), куда в 1900 г. поступил работать управляющим его отец. В 1901 г. поступил в Алексеевское юнкерское училище в Москве. Окончив его по 1-му разряду, Борис Шапошников в 1903 г. был зачислен подпоручиком в 1-й Туркестанский стрелковый батальон Туркестанского военного округа (дислоцировался г. Ташкент), где служил до 1907 г. В 1906 г. был произведен в поручики.
В 1907-1910 гг. Шапошников был слушателем в Императорской Николаевской военной академии (ныне военная академия Генерального штаба ВС РФ). После ее окончания был произведен в чин штабс-капитана и вернулся в Ташкент, где два года проходил цензовое (необходимое для карьерного продвижения) командование ротой в 1-м Туркестанском стрелковом полку.
В декабре 1912 г. получил чин капитана и был назначен старшим адъютантом штаба 14-й кавалерийской дивизии Варшавского военного округа, дислоцированной в г. Ченстохове (ныне Силезское воеводство, Польша).
Первая мировая и Гражданская войны
В составе 14-й кавалерийской дивизии Борис Шапошников принимал участие в Галицийской битве. В октябре 1914 г. в бою под г. Сохачевом был ранен в голову при разрыве снаряда.
С января по ноябрь 1915 г. служил помощником старшего адъютанта разведывательного отдела штаба 12-й армии. В ноябре 1915 г. был назначен начальником штаба Отдельной сводной казачьей бригады. За боевые заслуги в 1916 г. Борис Шапошников был отмечен Высочайшим благоволением императора Николая II.
В мае 1916 г. подполковник Шапошников возглавил штаб 2-й казачьей Туркестанской дивизии. В сентябре 1917 г. был произведен в чин полковника, назначен командующим 16-го гренадерского Мингрельского полка. Оба соединения в тот период воевали в Белоруссии.
Борис Шапошников поддержал Октябрьскую революцию 1917 г. и в декабре того же года делегатами революционных комитетов был избран начальником Кавказской 13-й гренадерской дивизии. В январе 1918 г. тяжело заболел, был госпитализирован и в марте того же года - демобилизован. Около месяца работал секретарем в народном суде в Казани.
22 мая 1918 г. Борис Шапошников вступил в ряды Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА), стал помощником начальника отдела Оперативного управления Штаба Революционного военного совета Республики (РВСР). В сентябре - октябре того же года служил начальником разведывательного управления Полевого штаба РВСР, в ноябре 1918 - марте 1919 гг. - старшим помощником заведующего особым делопроизводством военного отдела Высшей военной инспекции РВСР.
С марта по август 1919 г. Шапошников служил первым помощником начальника штаба Народного комиссариата по военным и морским делам (Наркомвоенмор) Украины, затем вновь был назначен начальником разведывательного отделения Полевого штаба РВСР, в октябре 1919 г. стал начальником оперативного управления Полевого штаба РВСР.
Во время Гражданской войны 1917-1922 гг. Борис Шапошников принимал активное участие в разработке основных планов и директив фронтам и армиям. Был одним из главных авторов плана кампаний 1919-1920 гг. по разгрому войск генерала Деникина и барона Врангеля на Юго-Западном фронте и в Крыму, за что в 1921 г. он был награжден орденом Красного Знамени.
Межвоенный период
10 февраля 1921 г. Полевой штаб РВСР реорганизовали в Штаб РККА, где с 16 февраля 1921 г. по май 1925 г. Борис Шапошников служил в должности первого помощника начальника штаба Павла Лебедева.
В ноябре 1922 г. - июле 1923 г. Шапошников в качестве военного эксперта советской делегации принимал участие в Лозаннской конференции (Швейцария), где обсуждался режим Черноморских проливов.
В мае 1925 г. был назначен заместителем командующего, а в октябре - командующим войсками Ленинградского военного округа (ЛВО). С мая 1927 г. по май 1928 г. занимал должность командующего войсками Московского военного округа.
С мая 1928 г. по апрель 1931 г. Шапошников служил начальником Штаба РККА. С апреля 1931 г. по март 1932 г. он командовал войсками Приволжского военного округа. С апреля 1932 г. по сентябрь 1935 г. был начальником и военным комиссаром Военной академии имени М. В. Фрунзе (в 1998 г. вошла в состав Общевойсковой академии Вооруженных Сил РФ). В июне 1935 г. Борис Шапошников получил ученое звание профессора высших военно-учебных заведений.
В 1935 г. был членом Центрального исполнительного комитета (ЦИК) Всесоюзного съезда Советов СССР седьмого созыва.
В сентябре 1935 г. вновь был назначен командующим войсками ЛВО, 20 ноября ему было присвоено звание командарма 1-го ранга.
В январе 1937 г. был избран депутатом Верховного Совета СССР первого созыва (от Московской области). В мае того же года Борис Шапошников был назначен начальником Генерального штаба Красной армии. С марта 1938 г. он также находился в составе Главного военного совета РККА. С 10 сентября 1939 г. по 9 апреля 1941 г. входил в состав Комитета обороны при Совете народных комиссаров (СНК) СССР.
7 мая 1940 г. ему было присвоено звание Маршала Советского Союза.
В августе 1940 г. Шапошников по состоянию здоровья был снят с поста начальника Генштаба РККА и был назначен заместителем Народного комиссара обороны СССР по сооружению укрепленных районов. В июне 1941 г. был назначен постоянным советником при Ставке главного командования Вооруженных Сил (ВС) СССР.
Великая Отечественная война
После начала Великой Отечественной войны, с 23 июня по 16 июля 1941 г., Шапошников входил в совет по эвакуации при СНК СССР. 10 июля 1941 г. Борис Шапошников был включен в состав Ставки главного командования (с августа 1941 г. - Верховного главнокомандования) ВС СССР.
29 июля 1941 г. маршал Шапошников был вновь назначен начальником Генштаба РККА. Принял активное участие в разработке контрнаступления Красной армии зимой 1941-1942 гг. Шапошников был снят с поста начальника Генштаба 11 мая 1942 г., после поражения советских войск под Керчью.
С мая 1942 г. по июнь 1943 гг. Борис Шапошников служил заместителем наркома обороны СССР Иосифа Сталина (Джугашвили).
В июне 1943 г. маршал Шапошников был назначен начальником Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова (ныне Военная академия Генерального штаба Вооруженных сил РФ).
Борис Шапошников скончался 26 марта 1945 г. в возрасте 62 лет. Похоронен на Красной площади в Москве (урна с прахом замурована в Кремлевской стене).
Маршал Шапошников был награжден тремя орденами Ленина (1939, 1942, 1945), двумя орденами Красного Знамени (1921, 1944), орденом Суворова I степени (1944), двумя орденами Красной Звезды (1934, 1938), медалями. Также имел награды Российской империи - орден Святой Анны II степени с мечами (1916), III и IV степени (1915, 1914), Святого Станислава III степени с мечами и бантом (1916), Святого Владимира IV степени с мечами и бантом (1914).
Борис Шапошников был автором ряда военно-теоретических и исторических публикаций. Наиболее известной его работой является трехтомное сочинение "Мозг армии" (1927-1929), посвященное всем аспектам деятельности Генерального штаба Русской армии по управлению вооруженными силами в годы Первой Мировой войны и определявшее характер будущей войны, оказало большое влияние на развитие советской военной науки.
Был женат на Марии Александровне Шапошниковой. Сын Игорь (1919-1991) посвятил жизнь военной службе, был генерал-лейтенантом инженерных войск, заместителем начальника кафедры Военной академии Генштаба ВС СССР.
В честь маршала Шапошникова назван большой противолодочный корабль проекта 1155 (ныне в составе Тихоокеанского флота ВМФ России). Его именем также названы улицы в Москве, Воронеже, Челябинске, Иркутске, Горловке (ДНР) и Белебее, где в память о нем установлены две мемориальные доски.
Жена - Мария Александровна. Сын - Игорь (1919-1991), генерал-лейтенант инженерных войск, заместитель начальника кафедры Военной академии Генерального штаба ВС СССР.