Родился 3 февраля 1942 г. на хуторе Большой Лог Аксайского района Ростовской области.
В 1963 г. окончил Харьковское высшее военное авиационное училище летчиков им. С. И. Грицевца, в 1969 г. - Военно-воздушную академию им. Ю. А. Гагарина (ныне Военно-воздушная академия им. профессора Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина), в 1984 г. - Военную академию Генерального штаба Вооруженных сил СССР (ныне Вооруженных сил РФ).
Служба в советской авиации
С 1959 г. служил в Военно-воздушных силах (ВВС) Вооруженных сил СССР. Был летчиком-истребителем, освоил самолеты МиГ-15, МиГ-17, МиГ-21, МиГ-23.
В 1963-1966 гг. - летчик, старший летчик, командир звена в частях Прикарпатского военного округа.
В 1969-1971 гг. - штурман полка, командир эскадрильи, с 1971 г. - заместитель командира полка по политической части. В 1973-1975 гг. - командир 787-го истребительного авиаполка в Группе советских войск в Германии (ГСВГ), который базировался на аэродроме Финов (г. Эберсвальде-Финов, округ Франкфурт, Германская Демократическая Республика; ныне г. Эберсвальде, земля Бранденбург, Германия).
В 1975-1979 гг. - заместитель командира, командир истребительной авиадивизии в Прикарпатском военном округе.
В 1979-1984 гг. - заместитель командующего ВВС Прикарпатского военного округа по боевой подготовке.
С 1984 по 1987 г. - заместитель командующего Одесского военного округа - командующий ВВС округа.
В 1987-1988 гг. - заместитель главнокомандующего Группы советских войск в Германии по авиации - командующий ВВС ГСВГ.
В 1988 г. командовал 16-й воздушной армией в составе ГСВГ.
С 1988 по 1990 г. - первый заместитель главнокомандующего ВВС Александра Ефимова.
С июля 1990 г. по август 1991 г. занимал должность главнокомандующего ВВС - заместителя министра обороны СССР Маршала Советского Союза Дмитрия Язова. В этот же период являлся членом центрального комитета Коммунистической партии Советского Союза (КПСС; избран на XVIII съезде партии).
Распад СССР
В августе 1991 г. во время попытки государственного переворота, организованной Государственным комитетом по чрезвычайным ситуациям (ГКЧП), в который вошли ряд представителей высшего советского и партийного руководства, Евгений Шапошников выступил против действий ГКЧП. Поддержал президента РСФСР Бориса Ельцина, который отказался подчиняться требованиям комитета и объявил его действия "антиконституционным переворотом".
23 августа 1991 г. вышел из КПСС.
С 23 августа по 26 декабря 1991 г. занимал пост министра обороны СССР. Был назначен главой Минобороны указом президента СССР Михаила Горбачева по предложению Бориса Ельцина. На этой должности Евгений Шапошников ликвидировал контроль КПСС над армией, в частности институт заместителей командиров подразделений по политической части. Кроме того, 5 сентября 1991 г. он учредил в Минобороны комиссию по проверке действий руководства Вооруженных сил 19-21 августа 1991 г. (председатель - государственный советник РСФСР по обороне Константин Кобец). По итогам ее деятельности был уволен ряд высших офицеров, сочувствовавших ГКЧП.
В период руководства Шапошниковым советскими Вооруженными силами начался процесс захвата армейской техники, вооружений и военного имущества властями союзных и автономных республик СССР, стремившихся к независимости. В частности, в ноябре 1991 г. о национализации имущества советской армии на территории своих республик объявили президенты Грузии Звиад Гамсахурдиа, Молдавии - Мирча Снегур, самопровозглашенной Чеченской Республики Ичкерия - Джохар Дудаев.
С 1 октября по 25 декабря 1991 г. Евгений Шапошников являлся членом Совета обороны при президенте СССР.
8 декабря 1991 г. он поддержал подписанное в Вискулях (Беловежская Пуща, Белоруссия) лидерами России, Белоруссии и Украины Соглашение о создании Союза Независимых Государств (СНГ), в котором констатировалось, что СССР как субъект международного права прекращает свое существование. 21 декабря в Алма-Ате (Казахстан) руководители 11 бывших союзных республик приняли декларацию о целях и принципах СНГ, в которой подтвердили беловежские договоренности, и возложили на Евгения Шапошникова командование Вооруженными силами СССР "до принятия решения о их реформировании".
26 декабря 1991 г. президент СССР Михаил Горбачев прекратил свои полномочия. Первоначально он планировал передать терминал автоматизированной системы управления стратегическими ядерными силами (т. н. ядерный чемоданчик) президенту РФ Борису Ельцину. Однако российский глава государства не явился на встречу, в результате "ядерный чемоданчик" от бывшего лидера СССР принял маршал Шапошников, который затем передал его Ельцину.
С 14 февраля 1992 г. по 24 сентября 1993 г. Евгений Шапошников занимал должность главнокомандующего Объединенными Вооруженными силами (ОВС) СНГ. При этом он фактически не контролировал большую часть подразделений, находившихся на территории бывших союзных республик. В январе - марте 1992 г. президенты Украины, России и Казахстана подчинили себе все части, дислоцированные на их территории, и образовали собственные военные ведомства. Вслед за этим аналогичные решения были приняты в других бывших союзных республиках. 15 июня 1993 г. в Москве состоялось заседание Совета министров обороны стран СНГ, на котором было решено упразднить должность главнокомандующего ОВС СНГ. Соответствующее решение было оформлено в сентябре 1993 г.
Карьера после 1993 г., последние годы жизни
С 11 июня по 18 сентября 1993 г. Евгений Шапошников занимал пост секретаря Совета безопасности РФ. Сменил на этом посту Юрия Скокова.
6 ноября 1993 г. политсовет Российского движения демократических реформ (РДДР; лидер - экс-мэр Москвы Гавриил Попов) выдвинул Евгения Шапошникова кандидатом в депутаты Государственной думы РФ I созыва. Он вошел в общефедеральную часть списка РДДР под девятым номером (вместе с мэром Санкт-Петербурга Анатолием Собчаком, бывшим членом политбюро ЦК КПСС Александром Яковлевым, актером Олегом Басилашвили и др.). По итогам выборов 12 декабря 1993 г. в Думу не прошел, так как список движения не преодолел пятипроцентный барьер, получив 4,08%.
С 26 января 1994 г. по 26 августа 1996 г. занимал должность представителя президента РФ Бориса Ельцина в государственной компании по экспорту и импорту вооружений и военной техники "Росвооружение".
С августа 1996 г. - в резерве Министерства обороны РФ.
С октября 1995 г. по март 1997 г. - генеральный директор авиакомпании "Аэрофлот - Российские международные авиалинии". После отставки проходил свидетелем по делу о мошенничестве руководства компании и невозвращении денежных средств в иностранной валюте из-за границы.
В 1997 г. перешел на работу в Администрацию президента РФ Бориса Ельцина, с 2000 г. - Владимира Путина. С 11 марта 1997 г. по 30 марта 2004 г. был помощником президента РФ по вопросам развития космоса и авиации.
В 2004-2009 гг. Евгений Шапошников являлся советником генерального директора ОАО "Компания "Сухой" (до 2007 г. компанию возглавлял Михаил Погосян, затем Игорь Озар).
В 2005-2009 гг. - член совета директоров ЗАО "Гражданские самолеты Сухого". Входил в состав советов директоров ПАО "Аэрофлот - российские авиалинии", ОАО "Авиакор" (Самара).
8 декабря 2020 г. Евгений Шапошников скончался в возрасте 78 лет. Он был похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.
Звания, награды, личная информация
Маршал авиации СССР (26 августа 1991 г.). Стал последним военачальником в Советском Союзе, получившим звание маршала.
Был награжден орденами Красной Звезды, Почета (2002), "За службу Родине в Вооруженных Силах СССР" II и III степеней.
Заслуженный военный летчик РФ (1992).
Автор книги "Выбор. Записки главнокомандующего" (1993).
Был женат, супруга Земфира, по профессии - врач. Имел троих детей.