Родился 23 декабря 1963 г. в г. Охе Сахалинской области.
Окончил три курса Ейского высшего военного авиационного училища летчиков, был комиссован "по состоянию здоровья". В 1986 г. с отличием окончил Киевский государственный институт физической культуры, затем - Академию государственной службы при президенте РФ (ныне - Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ).
Кандидат экономических наук. Диссертацию на тему "Социально-экономические проблемы государственного регулирования деятельности предприятий в переходный период" защитил в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова в 1999 г.
В 1990-х гг. в Санкт-Петербурге работал директором лаборатории методологии гуманитарных исследований, заведовал отделением конфликтологии философского факультета Санкт-Петербургского государственного университета. Принимал участие в деятельности Московского методологического кружка под руководством философа Георгия Щедровицкого.
В 1992-1997 гг. - директор Центра экспертизы Минимущества России по Северо-Западному округу. Одновременно, с 1993 г. занимался бизнес-консультированием.
В 1997—1998 гг. — председатель совета директоров Транспортной клиринговой палаты.
С 1998 г. - управляющий, затем - генеральный директор государственного унитарного предприятия "Главное агентство воздушных сообщений гражданской авиации" (ГАВС ГА) Министерства транспорта РФ (организация занималась продажей и организацией авиаперевозок). В 2003 г. ГАВС был признан банкротом.
В 2003 г. работал директором по экономике ООО "Галис Терминал" (строительная компания).
В 2003-2011 гг. - депутат Государственной думы РФ IV, V созывов, член фракции ЛДПР. Был избран 7 декабря 2003 г. в Госдуму IV созыва в составе списка кандидатов от ЛДПР (региональная Уральская группа). Занимал пост заместителя председателя думского комитета по энергетике, транспорту и связи, заместителя председателя комитета по делам СНГ и связям с соотечественниками. 2 декабря 2007 г. был избран депутатом нижней палаты парламента V созыва по списку ЛДПР (региональная группа №85, Читинская область). Входил в состав комитета по конституционному законодательству и государственному строительству.
Был членом постоянной комиссии Межпарламентской ассамблеи СНГ по изучению опыта государственного строительства и местного самоуправления, членом Межпарламентской комиссии по сотрудничеству между Федеральным собранием РФ и Верховной радой Украины.
В июле 2011 г. стало известно, что Шайхутдинов на очередных выборах в Госдуму возглавит предвыборный штаб партии "Правое дело" (лидер - Михаил Прохоров, исключен из партии 15 сентября того же года). На выборах 4 декабря 2011 г. "Правое дело" получило всего 0,6% голосов избирателей (последнее место), и в парламент партия не прошла.
27 октября 2012 г. на съезде партии "Гражданская платформа" (основатель - Михаил Прохоров) был избран в состав высшего руководящего органа партии - федерального политического комитета (ФПК), вошел в состав федерального гражданского комитета партии.
27 марта 2014 г. избран председателем ФПК партии "Гражданская платформа".
13 марта 2015 г. был отстранен от руководства партией. Решение об отставке Шайхутдинова было инициировано Михаилом Прохоровым, который считает, что политика партийного руководства "дискредитирует" "Гражданскую платформу". Поводом послужило участие ряда членов партии в шествии движения "Антимайдан". В тот же день, после того как Прохоров с рядом своих сторонников вышел из партии, Рифат Шайхутдинов был вновь избран председателем комитета "Гражданской платформы".
18 сентября 2016 г. избран депутатом Государственной думы РФ VII созыва по Нефтекамскому одномандатному избирательному округу №6 (Республика Башкортостан) от партии "Гражданская платформа". Получил 43,99% голосов (второе место в округе занял кандидат от КПРФ Ильгам Галин, 21,77%). Одновременно Шайхутдинов возглавлял партийный список по федеральному округу, однако "Гражданская платформа" не преодолела пятипроцентный барьер (0,22%) и в Думу не прошла. Один из двух независимых депутатов (не вступил ни в одну из думских фракций).
С 2021 г. - депутат Государственной думы РФ VIII созыва. Был избран 19 сентября 2021 г. от партии "Гражданская платформа" по Нефтекамскому одномандатному избирательному округу №6 (Башкирия). Набрал 46,58% голосов (второе место в округе занял Раиль Адиятуллин от "Единой России", 18,66%). Партия "Гражданская платформа", чей список возглавлял Рифат Шайхутдинов, не прошла в Госдуму, набрав 0,15% голосов. В Госдуме Шайхутдинов стал членом фракции ЛДПР. С 12 октября 2021 г. - первый заместитель председателя комитета Госдумы по транспорту и развитию транспортной инфраструктуры.
Имеет благодарность правительства РФ (2019).
Автор книг "Охота на Власть" (2006), "Политика позитивного класса" (2007), "Стратегия: права человека и гражданина" (2009), "Неопартизм" (2012).