Родился 4 мая 1943 г. в Москве. Детство вместе с родителями провел в Восточной Германии.
В 1956 г. Михаил Шемякин поступил в среднюю художественную школу при Ленинградском институте живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина Академии художеств СССР (ныне Санкт-Петербургский государственный академический институт живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина при Российской академии художеств). Увлекся авангардистским искусством и в 1961 г. был отчислен за "эстетическое развращение" однокурсников и несоответствие его художественных взглядов нормам соцреализма. Продолжая рисовать, Шемякин работал грузчиком, почтальоном, вахтером, а также такелажником в Эрмитаже. За экстравагантные поведение и стиль живописи (рисовал мясные обрезки, ходил по городу в театральном реквизите и др.) неоднократно проходил принудительное лечение в психиатрических больницах.
В начале 1960-х гг. на протяжении около двух лет был послушником в Псково-Печерском монастыре.
Жизненный и творческий путь
В 1962 г. Михаил Шемякин провел выставку своих графических работ в редакции ленинградского журнала "Звезда". Скандальную известность получило его участие в выставке художников - рабочих хозяйственной части Эрмитажа 30-31 марта 1964 г. После того как партийное руководство Ленинграда усмотрело в некоторых из работ выставки критику советской бюрократии, временная экспозиция была закрыта, а директор Эрмитажа Михаил Артамонов - уволен.
В 1967 г. Михаил Шемякин оформил оперу Дмитрия Шостаковича "Нос" в Ленинградской консерватории (ныне Санкт-Петербургская государственная консерватория им. Н. А. Римского-Корсакова).
С 1969 г. его работы появлялись на выставках советского искусства за рубежом. В начале 1971 г. Шемякин был награжден медалью на конкурсе книги в Венеции (Италия) за иллюстрации к сборнику "Классическая испанская эпиграмма", вышедшему в издательстве "Художественная литература".
В 1971 г. был выслан из СССР; при содействии знакомой, галериста Дины Верни, смог обосноваться в Париже (Франция). Вскоре после этого был лишен советского гражданства.
Во Франции Михаил Шемякин быстро получил известность среди эмигрантов и ценителей современного искусства. Одной из его наиболее значимых работ 1970-х гг. стал акварельный цикл "Карнавал Санкт-Петербурга". Также Шемякин издавал альманахи советского нонконформистского искусства, выпускал пластинки цыганского певца Алёши Димитриевича. Работы Шемякина выставлялись на биеннале в Венеции. В 1974 г. познакомился в Париже с советским певцом Владимиром Высоцким, впоследствии стал его близким другом.
В 1981-2007 гг. Михаил Шемякин жил в США в гор. Клаверак (шт. Нью-Йорк). Получил гражданство этой страны в 1989 г. С 2007 г. живет во Франции близ гор. Шатору.
В 1989 г. работы Шемякина снова начали демонстрировать в СССР.
С 1990-х гг. он получил известность как скульптор. В 1991 г. в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург) в Петропавловской крепости по инициативе председателя исполкома Ленсовета Анатолия Собчака был установлен первый памятник авторства Шемякина - императору Петру I.
Также в Санкт-Петербурге на Воскресенской набережной напротив здания следственного изолятора "Кресты" установлен мемориал Михаила Шемякина "Жертвам политических репрессий" ("Метафизические сфинксы", 1995). В 2001 г. на Болотной площади в Москве был открыт созданный им мемориал "Дети - жертвы пороков взрослых". Среди других известных работ - памятник на могиле Анатолия Собчака (Санкт-Петербург, 2003), памятник Владимиру Высоцкому в Самаре (2008), монумент "Жертвам террора" во Владикавказе (2010).
В 1990-х гг. вместе с актером и известным клоуном Вячеславом Полуниным организовал несколько перформансов (в том числе на Венецианском карнавале).
В 2001 г. выступил в качестве художника-постановщика балета Петра Чайковского "Щелкунчик" на сцене Государственного академического Мариинского театра (Санкт-Петербург).
С 2002 г. в Санкт-Петербурге работает Центр Михаила Шемякина, занимающийся реализацией культурных и научных программ.
В 2023 г. вышла автобиография Михаила Шемякина "Моя жизнь: до изгнания".
Признание
Михаил Шемякин награжден орденом Дружбы (2009).
Лауреат Государственной премии РФ в области литературы и искусства 1993 г.
Обладатель театральной премии "Золотая маска" в номинации "Работа художника в музыкальном театре" (2002, "Щелкунчик").
Почетный доктор Российского государственного гуманитарного университета (1996).
Его жизни и творчеству посвящены документальные фильмы "Михаил Шемякин. Исповедь художника" (1989, режиссер Аркадий Цинеман) и "Пространство свободы, или Потом значит никогда. Михаил Шемякин" (2018, Анатолий Малкин), а также книга "Михаил Шемякин. Зазеркалье мастера" (2015, автор Александр Петряков).