Родился 2 февраля 1968 г. в Новороссийске.
В 1992 г. окончил факультет иностранных языков Военного краснознаменного института Министерства обороны /ВКИМО СССР/ по специальности "военный переводчик-референт португальского и венгерского языков", в 2003 г. – Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности "государственное и муниципальное управление", специализация – финансы, налоги и кредит.
Доктор юридических наук, в 2010 г. защитил диссертацию на тему "Правовой порядок в сфере противодействия коррупции: теоретико-правовое исследование".
В 1985 г. Сергей Шишкарев поступил в Минский государственный институт иностранных языков, однако со второго курса был призван в Вооруженные Силы. Служил в морской пехоте Северного флота. По рекомендации командования поступил во ВКИМО СССР на факультет западных языков.
С 1992 г. работал менеджером железнодорожных и морских перевозок.
В 1993 г. создал и до 1999 г. возглавлял группу компаний "Дело" (крупный транспортный агент в Новороссийском порту). Дважды избирался в совет директоров Новороссийского морского торгового порта, был представителем Министерства путей сообщения РФ по Краснодарскому краю.
19 декабря 1999 г. избран в Государственную думу РФ III созыва по Новороссийскому одномандатному избирательному округу № 41 (Краснодарский край). Входил в группу "Народный депутат", был заместителем председателя Комитета по международным делам.
7 декабря 2003 г. вновь избран депутатом Госдумы IV созыва по Туапсинскому одномандатному избирательному округу № 46 (Краснодарский край), от избирательного блока "Родина (народно-патриотический союз)". Был членом фракции "Родина", заместителем председателя Комитета по бюджету и налогам. В феврале 2006 г. перешел во фракцию "Единая Россия", был избран заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи.
Со 2 декабря 2007 г. - депутат Госдумы V созыва, избран в составе федерального списка партии "Единая Россия". Член фракции "Единая Россия", председатель думского Комитета по транспорту. В 2008-2011 гг. занимал должность руководителя делегации Федерального собрания РФ в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества.
В 2012-2015 гг. – член экспертного совета при правительстве РФ. С 2013 по 2018 г. - первый заместитель председателя, руководитель президиума Морской коллегии при правительстве РФ. В августе 2024 года включен в состав Морской коллегии РФ.
С апреля 2015 г. - руководитель Делового совета Государственной комиссии по вопросам развития Арктики.
Был членом генерального совета партии "Единая Россия", руководил рабочей группы по транспорту, транспортному машиностроению и логистике в рамках комиссии президиума генсовета по вопросам промышленности и предпринимательства.
С июля 2014 г. возглавляет созданный им холдинг. В 2014-2020 гг. - президент, с 2020 г. - председатель совета директоров группы компаний "Дело".
7 апреля 2015 г. был избран президентом Федерации гандбола России (ФГР) на безальтернативной основе. В феврале 2023 г. должность президента ФГР была упразднена, Сергей Шишкарев стал председателем высшего совета организации.
С декабря 2022 г. входит в исполком Олимпийского комитета России. В марте 2023 г. вошел в состав Совета при президенте РФ по развитию физкультуры и спорта.
С февраля 2025 г. - член Совета при президенте РФ по реализации государственной демографической и семейной политики.
Инициатор создания Фонда подготовки кадрового резерва "Государственный клуб", основатель и попечитель "Школы бразильского футбола в России". В 2010-2013 гг. – председатель комитета массового футбола и программ развития футбола Российского футбольного союза.
Полковник запаса.
Награжден орденами Дружбы (2017), Почета (2022), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2007).
Автор более 30 научных публикаций.
Владеет английским, португальским, венгерским и итальянским языками.