Родился 2 февраля 1968 г. в Новороссийске.
В 1992 г. окончил факультет иностранных языков Военного краснознаменного института Министерства обороны /ВКИМО СССР/ по специальности "военный переводчик-референт португальского и венгерского языков", в 2003 г. – Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности "государственное и муниципальное управление", специализация – финансы, налоги и кредит.
Доктор юридических наук, в 2010 г. защитил диссертацию на тему "Правовой порядок в сфере противодействия коррупции: теоретико-правовое исследование".
В 1985 г. Сергей Шишкарев поступил в Минский государственный институт иностранных языков, однако со второго курса был призван в Вооруженные Силы. Служил в морской пехоте Северного флота. По рекомендации командования поступил во ВКИМО СССР на факультет западных языков.
С 1992 г. работал менеджером железнодорожных и морских перевозок.
В 1993 г. создал и до 1999 г. возглавлял группу компаний "Дело" (крупный транспортный агент в Новороссийском порту). Дважды избирался в совет директоров Новороссийского морского торгового порта, был представителем Министерства путей сообщения РФ по Краснодарскому краю.
19 декабря 1999 г. избран в Государственную думу РФ III созыва по Новороссийскому одномандатному избирательному округу № 41 (Краснодарский край). Входил в группу "Народный депутат", был заместителем председателя Комитета по международным делам.
7 декабря 2003 г. вновь избран депутатом Госдумы IV созыва по Туапсинскому одномандатному избирательному округу № 46 (Краснодарский край), от избирательного блока "Родина (народно-патриотический союз)". Был членом фракции "Родина", заместителем председателя Комитета по бюджету и налогам. В феврале 2006 г. перешел во фракцию "Единая Россия", был избран заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи.
Со 2 декабря 2007 г. - депутат Госдумы V созыва, избран в составе федерального списка партии "Единая Россия". Член фракции "Единая Россия", председатель думского Комитета по транспорту. В 2008-2011 гг. занимал должность руководителя делегации Федерального собрания РФ в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества.
В 2012-2015 гг. – член экспертного совета при правительстве РФ. С 2013 по 2018 г. - первый заместитель председателя, руководитель президиума Морской коллегии при правительстве РФ.
С апреля 2015 г. - руководитель Делового совета Государственной комиссии по вопросам развития Арктики.
Был членом генерального совета партии "Единая Россия", руководил рабочей группы по транспорту, транспортному машиностроению и логистике в рамках комиссии президиума генсовета по вопросам промышленности и предпринимательства.
С июля 2014 г. возглавляет созданный им холдинг. В 2014-2020 гг. - президент, с 2020 г. - председатель совета директоров группы компаний "Дело".
7 апреля 2015 г. был избран президентом Федерации гандбола России (ФГР) на безальтернативной основе. В феврале 2023 г. должность президента ФГР была упразднена, Сергей Шишкарев стал председателем высшего совета организации.
Инициатор создания Фонда подготовки кадрового резерва "Государственный клуб", основатель и попечитель "Школы бразильского футбола в России". В 2010-2013 гг. – председатель комитета массового футбола и программ развития футбола Российского футбольного союза.
Член президиума Добровольческого движения особого назначения в поддержку армии, флота и оборонно-промышленного комплекса (ДОН). Член попечительского совета "Военно-исторического общества" и фонда "Достояние России".
Полковник запаса.
Награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2007), а также орденами Русской православной церкви Святого Благоверного Князя Даниила Московского III степени и Преподобного Сергия Радонежского III степени.
Автор более 30 научных публикаций.
Владеет английским, португальским, венгерским и итальянским языками.
Женат. Супруга - Елена. Имеет двух дочерей и троих сыновей.