Родилась 18 декабря 1972 г. в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург). В 1979 г. начала заниматься фигурным катанием в секции при ленинградском дворце спорта "Юбилейный". Ее первым тренером была Нурия Пирогова.
Со второй половины 1980-х гг. Евгения Шишкова и Вадим Наумов выступали в парном фигурном катании, их наставницей являлась Людмила Великова.
В декабре 1990 г. Евгения Шишкова и Вадим Наумов стали чемпионами СССР, в декабре 1991 г. заняли на этом турнире второе место.
В 1991 г. в Софии (Болгария), в 1992 г. в Лозанне (Швейцария), в 1993 г. в Хельсинки (Финляндия) и в 1995 г. в Дортмунде (Германия) они становились третьими на чемпионате Европы. В 1994 г. заняли второе место на чемпионате Европы, прошедшем в Копенгагене (Дания).
В 1993 г. в Праге (Чехия) Евгения Шишкова и Вадим Наумов стали бронзовыми призерами чемпионата мира. В 1994 г. выиграли мировое первенство в Тибе (Япония). В 1995 г. заняли второе место на чемпионате мира в Бирмингеме (Великобритания).
В декабре 1993 г. и декабре 1996 г. становились третьими на чемпионате России, в декабре 1995 г. выиграли первенство страны.
В августе 1994 г. заняли третье место на Играх доброй воли в Санкт-Петербурге.
В 1998 г. Евгения Шишкова и Вадим Наумов завершили любительскую спортивную карьеру. Они переехали в США, на протяжении двух лет участвовали в профессиональных ледовых шоу. После этого работали тренерами в международном центре фигурного катания в Симсбери (шт. Коннектикут), с 2017 г. - в Бостонском клубе фигурного катания (шт. Массачусетс).
Были заслуженными мастерами спорта.
29 января 2025 г. Евгения Шишкова и Вадим Наумов погибли в авиакатастрофе в Вашингтоне (США).
Их сын Максим Наумов (род. 2001) - фигурист, чемпион США 2020 г. среди юношей в одиночном катании. В 2023-2025 гг. он занимал 4-е место на взрослом чемпионате США.