Родился 30 сентября 1957 г. в Москве.
В 1979 г. окончил театральный факультет Воронежского государственного института искусств, в 1986 г. - Государственный институт театрального искусства им. А. В. Луначарского (ныне Российский институт театрального искусства - ГИТИС, Москва). Выпускник режиссерского курса педагогов Анатолия Эфроса и Анатолия Васильева.
Работа в кино
В 1982 г. Борис Юхананов в качестве актера снялся в военной кинокартине Вадима Лысенко "Взять живым". В дальнейшем он сыграл в фильмах "Зеленый огонь козы" (1989, режиссер Анатолий Матешко), "Трактористы-2" (1992, Игорь и Глеб Алейниковы), "Дзенбоксинг" (1998, Глеб Алейников и Александр Дулерайн), "Иван-дурак" (2002, Александр Дулерайн и Сергей Корягин) и др.
Во второй половине 1980-х гг. Борис Юхананов был одним из представителей так называемого параллельного кино - андеграундного направления в советском кинематографе. Стилистика "параллельного кино" отличалась отстраненным взглядом на предметы и обстановку, отказом от "красивого" изображения, а также вниманием к тематике насилия и смерти. Наиболее заметным проектом Бориса Юхананова стал видеороман "Сумасшедший принц", снимавшийся на протяжении нескольких лет. Также он был одним из издателей журнала о кино "Сине фантом", оказавшего значительное влияние на андеграундную советскую культуру конца 1980-х гг.
В 2017 г. Борис Юхананов выступил в качестве режиссера публицистической кинокартины "Назидание", посвященной финалу чемпионата мира по футболу 2006 г. и произошедшему в нем инциденту, когда капитан французской сборной Зинедин Зидан ударил головой в грудь защитника итальянской национальной команды Марко Матерацци. В этой картине Юхананов представил события чемпионата в виде "спектакля, поставленного Творцом".
Работа в театре, педагогика
Во время учебы в ГИТИСе Борис Юхананов работал ассистентом режиссера в спектакле Анатолия Эфроса "Буря" по пьесе Уильяма Шекспира (1983) и в спектакле Анатолия Васильева "Серсо" по произведению Виктора Славкина (Театр на Таганке, 1985).
В 1985 г. Борис Юхананов основал "Театр Театр" - первую в СССР независимую театральную группу, состоявшую из актеров, музыкантов и художников. В их число входили Никита Михайловский, Лариса Бородина, Евгений Чорба, Иван Кочкарёв, Юрий Хариков, Евгений Юфит и др. Особенностью труппы стал выход за рамки традиционного театра - ее участники исследовали и применяли практики живописи, музыки, кино и перформанса. В 1986 г. "Театр Театр" представил спектакли "Хохороны" по мотивам произведений Антона Чехова, Виктора Славкина и др. (в Ленинграде), "Мизантроп" по пьесе Мольера (в Москве и Ленинграде), "Мон Репо" на основе произведений Владимира Набокова, Иосифа Бродского и др. (в Москве и Ленинграде), в которых Юхананов уделял значительное внимание подвижной мизансцене. Наиболее известным спектаклем труппы стал спектакль о рок-музыкантах "Наблюдатель" по пьесе Алексея Шипенко, поставленный в 1987 г. в столичном театре "Школа драматического искусства".
В 1988 г. Борис Юхананов создал в Москве Мастерскую индивидуальной режиссуры (МИР; в н. в. работает в статусе автономной некоммерческой организации дополнительного профессионального образования) - независимую образовательную организацию с целью преподавания режиссуры в качестве универсальной профессии. В центр образовательной методики была заложена практика формирования навыков сценической постановки с первого дня обучения. Значительное внимание также было отведено искусству анализа текста, работе с актерами и другими участниками творческого процесса. Вместе с Борисом Юханановым первыми педагогами в МИР стали режиссеры Игорь и Глеб Алейниковы, актер Никита Михайловский, художник Юрий Хариков, кинотеоретик Евгений Чорба, режиссер и композитор Петр Поспелов, композитор Сергей Загний, хореограф Андрей Кузнецов.
С 1988 г. в Мастерской состоялось семь наборов, ее выпускниками стали порядка 800 человек. Каждый МИР завершался масштабным проектом, объединявшим режиссерские работы студентов, собранные за время их обучения. Так, в МИР-3 (1995-1998) это был спектакль "Здравствуй и прощай, Дон Жуан" по мотивам творчества Мольера, в МИР-4 (2016) - "Золотой осел" по мотивам произведения Апулея, в МИР-5 (2018) - "Орфические игры. Панк-макраме" (единый поток из 12 постановок), в МИР-6 (2022) - "МИР РИМ" по трагедиям Уильяма Шекспира "Юлий Цезарь", "Антоний и Клеопатра", "Тит Андроник" и "Кориолан".
В 1990-2000-х гг. Борис Юхананов осуществлял постановки в разных жанрах на театральных площадках Москвы, Санкт-Петербурга и других городов. Его спектакли в разные годы входили в программы театральных фестивалей в Лондоне (Великобритания), Эдинбурге (Великобритания), Вене (Австрия).
В 1997-2002 гг. руководил режиссерско-актерским курсом в ГИТИСе. В последующие годы сотрудничал с этим вузом в качестве мастера программы повышения квалификации "Профессия актера. Поиски и эксперименты".
Работа в Электротеатре "Станиславский"
В 2013 г. Борис Юхананов в качестве художественного руководителя возглавил Московский драматический театр им. К. С. Станиславского, выиграв открытый творческий конкурс, организованный Департаментом культуры Москвы. На протяжении двух лет здание театра было закрыто, внутри производилась масштабная реконструкция пространства. После открытия учреждение стало работать под названием Электротеатр "Станиславский" (в официальных документах было сохранено прежнее наименование). Борис Юхананов сформировал новый репертуар театра. Спектакли ставили известные зарубежные режиссеры Теодорос Терзопулос (Электротеатр открылся его "Вакханками" по пьесе Еврипида), Ромео Кастеллуччи, Наталья Менендес и др., а также российские режиссеры Константин Богомолов, Филипп Григорьян, Борис Павлович, Александр Огарёв и др.
Первым спектаклем самого Бориса Юхананова в Электротеатре "Станиславский" в 2015 г. стала трилогия "Синяя птица" по пьесе Мориса Метерлинка и воспоминаниям актеров Владимира Коренева и Алефтины Константиновой. Также в театре были осуществлены его проекты с участием представителей Мастерской индивидуальной режиссуры: "Золотой осел", "Орфические игры", "Опыты неадаптивного театра", "МИР РИМ". В 2019 г. состоялась премьера спектакля Бориса Юхананова "Пиноккио" по пьесе Андрея Вишневского. Режиссер представил ряд оперных проектов, основанных на сочинениях современных композиторов - "Сверлийцы" (2016), "Галилео. Опера для скрипки и ученого" (2017), "Октавия. Трепанация" (2019), "Нонсенсорики Дримса" (2022).
В общей сложности на протяжении творческой деятельности Борис Юхананов поставил более 100 спектаклей в театрах Москвы, Санкт-Петербурга, Амстердама, Вильнюса, Котбуса и других городах.
Книги
Автор книг "Моментальные записки сентиментального солдатика, или Роман о праведном юноше" (2015), "Недоросль" (режиссерский дневник работы над одноименным спектаклем, 2016), "Театр целиком. Заметки о режиссуре" (2025) и др.
Кончина
Борис Юхананов скончался 5 августа 2025 г. в Москве на 68-м году жизни. Похоронен на Троекуровском кладбище.
Признание
Почетный деятель искусств города Москвы (2017).
В 2018 г. в рамках кинофестиваля "Дух огня" (Ханты-Мансийск) Борис Юхананов был награжден почетным призом "За личный вклад в киноискусство и создание своей школы".