Родился 9 декабря 1954 г. в Люксембурге, в г. Реданж-сюр-Аттерт, в семье сталевара.
Окончил юридический факультет Страсбургского университета (Франция, 1979).
В 1974 г. вступил в Христианско-социальную народную партию. В 1979 г. занял пост парламентского секретаря в этой партии.
В 1980 г. был принят в коллегию адвокатов Люксембурга.
В 1982 г. получил первую правительственную должность - госсекретаря по вопросам труда и социального обеспечения.
С 1984 г. неоднократно избирался депутатом парламента Люксембурга.
В 1984-1989 гг. занимал пост министра труда, в 1989-1995 гг. - министра финансов в правительстве Жака Сантера.
В 1990-1995 гг. был председателем Христианско-социальной народной партии.
В 1995-2013 гг. возглавлял правительство Люксембурга (дольше, чем кто-либо из глав правительств стран ЕС). Одновременно исполнял обязанности государственного министра и министра труда (1995-1999), министра финансов (1995-2013). Его отставка с поста премьер-министра в 2013 г. стала следствием скандала, связанного с деятельностью Национальной службы разведки и безопасности (SREL), которую уличили в незаконном прослушивании разговоров политиков и в коррупции. Комиссия, расследовавшая этот скандал, возложила ответственность на премьер-министра, в ведении которого находилась SREL.
С января 2005 г. Юнкер трижды избирался председателем Еврогруппы (объединение глав финансовых ведомств стран еврозоны). В июле 2012 г. его мандат на этом посту был продлен еще на 2,5 года, однако в январе 2013 г. он подал в отставку.
15 июля 2014 г. Европарламент одобрил его кандидатуру на пост председателя Европейской комиссии (на 2014-2019 гг.).
С 1 ноября 2014 г. по 1 декабря 2019 г. - председатель Европейской комиссии. 1 марта 2017 г. заявил, что не будет баллотироваться на второй срок.
Жан-Клод Юнкер – один из самых опытных европейских политиков. За последние 25 лет он принимал участие в осуществлении таких ключевых решений Евросоюза, как заключение Маастрихтского договора (основополагающий документ Евросоюза, 1992) и введения единой европейской валюты (1999), принимал участие в разработке Пакта стабильности и роста ЕС (1997), ограничивающего предельный уровень бюджетного дефицита стран сообщества в размере 3% их ВВП и уровень госдолга - 60% ВВП. Является сторонником интеграции внутри Евросоюза и усиления институтов ЕС.
Награжден иностранными орденами, в том числе французским орденом Почетного легиона (высший офицер, 2002). В 2006 г. удостоен международной премии имени Карла Великого (престижная европейская премия за вклад в объединение Европы).
Кроме люксембургского наречия, в совершенстве владеет французским, немецким и английским языками. Также говорит на латыни, однако из-за плохого знания этого языка журналистами, он давно перестал использовать латинские идиомы в публичных выступлениях.
Женат на Кристиане Фризинг (Christiane Frising; с 1979).