Родился 22 декабря 1969 г. в Москве. Его отец - народный артист СССР Юрий Яковлев (1928-2013). Мать - заслуженный работник культуры России Ирина Сергеева.
В 1991 г. Антон Яковлев окончил актерский факультет Школы-студии им. Вл. И. Немировича-Данченко при Московском художественном академическом театре СССР им. М. Горького (ныне Школа-студия, институт, им. Вл. И. Немировича-Данченко при Московском художественном театре им. А. П. Чехова). Выпускник курса заслуженного артиста РСФСР Василия Маркова. В 2000 г. окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров (мастерская Владимира Хотиненко и Павла Финна).
Работа в кино
В 1983 г. Антон Яковлев снялся в телефильме "Человек из страны Грин", поставленном режиссером Тамарой Павлюченко по мотивам произведений писателя Александра Грина. Он исполнил роль мальчика Тиррея Давенанта.
В 1991 г. воплотил образ русского эмигранта Льва Ганина в экранизации романа Владимира Набокова "Машенька" (режиссер Тамара Павлюченко).
В дальнейшем Антон Яковлев снимался в драме "Три августовских дня" (1992, Ян Юнг, США - Россия), сериале "Петербургские тайны" (1994-1998, Вадим Зобин и др.), биографической мелодраме "Коко Шанель и Игорь Стравинский" (2009, Ян Кунен, Франция) и др.
В качестве режиссера поставил короткометражные фильмы "Чужая игра" (1999), "Поздний визит" (2001) и "Казалось бы..." (2003), также был сценаристом этих картин.
Работа в театре
В 1993-1997 гг. Антон Яковлев служил в Московском театре "Современник". Исполнял роли в постановках "Три сестры" по произведению Антона Чехова, "Кот домашний средней пушистости" по пьесе Владимира Войновича и Григория Горина, "Виндзорские насмешницы" по комедии Уильяма Шекспира и др.
С середины 2000-х гг. Антон Яковлев работает как театральный режиссер.
В 2004 г. в Санкт-Петербургском театре "Русская антреприза" имени Андрея Миронова инсценировал пьесу Эрика-Эмманюэля Шмитта "Малые супружеские преступления".
В 2006 г. в Российском академическом молодежном театре (Москва) поставил спектакль "Гупёшка" по произведению Василия Сигарева, в 2010 г. - спектакль "Соглядатай" по пьесе канадского драматурга Мориса Панича.
В 2007 г. в Государственном академическом театре им. Евг. Вахтангова осуществил постановку романа Федора Сологуба "Мелкий бес".
В 2008 г. в Московском художественном театре им. А. П. Чехова Антон Яковлев выпустил спектакль "Крейцерова соната" по произведению Льва Толстого, в 2010 г. - спектакль "Дуэль" по повести Антона Чехова.
В 2011 г. в Эрмитажном театре (Санкт-Петербург) представил драматическо-музыкальный спектакль "Я шаг за шагом возвращаюсь...", основанный на письмах полководца Александра Суворова.
В 2012 г. в Московском театре Et Cetera инсценировал повесть Антона Чехова "Драма на охоте".
Три следующих спектакля Антон Яковлев выпустил в Государственном академическом Малом театре: "Священные чудовища" по пьесе Жана Кокто (2012), "Село Степанчиково и его обитатели" по произведению Федора Достоевского (2013) и "Король Лир" по трагедии Уильяма Шекспира (2017).
В 2017 г. в Санкт-Петербургском театре "Русская антреприза" имени Андрея Миронова осуществил постановку повести Николая Лескова "Воительница", в 2020 г. - комедии Николая Гоголя "Игроки".
В 2018 г. в Московском драматическом театре на Малой Бронной инсценировал трагедию Уильяма Шекспира "Макбет".
В декабре 2020 г. в Московском академическом театре сатиры выпустил спектакль "Лес" по пьесе Александра Островского.
Антон Яковлев также является автором музыкального оформления ряда своих постановок.
29 июня 2022 г. стало известно, что Антон Яковлев назначен художественным руководителем Московского драматического театра им. Н. В. Гоголя.
Признание
В 2021 г. Антон Яковлев был удостоен премии города Москвы в области литературы и искусства (категория "Театральное искусство"; за спектакли "Макбет" и "Лес").
"Макбет" также отмечен премией зрительских симпатий "Звезда театрала" в номинации "Лучший спектакль. Большая форма" (2019).