Родилась 27 марта 1975 г. в Оренбурге.
В 1997 г. окончила Оренбургский государственный педагогический университет (учитель истории и права), в 2007 г. - Дипломатическую академию МИД России (специалист в области международных отношений), в 2012 г. - Институт мировых цивилизаций, получив специальность юриста.
Кандидат исторических наук. В 2007 г. в Московском педагогическом государственном университете защитила диссертацию на тему "Участие Российской Федерации в урегулировании политических кризисов и межнациональных конфликтов на постсоветском пространстве (1992-2003 гг.)".
После института в течение полугода работала преподавателем истории в средней школе.
В 1994 г. принимала участие в организации Оренбургского регионального отделения Либерально-демократической партии России (ЛДПР). В 1998 г. была избрана председателем регионального отделения партии.
В 2003 г. назначена помощником депутата Государственной думы РФ III созыва Владимира Жириновского, лидера ЛДПР.
В 2003-2014 гг. - депутат Государственной думы РФ IV - V созывов. Член фракции ЛДПР.
7 декабря 2003 г. избрана депутатом Госдумы РФ IV созыва от ЛДПР по Оренбургскому одномандатному избирательному округу №132 (5,31% голосов). Вошла в комитет по экономической политике, предпринимательству и туризму. Затем, в 2004 г., стала членом комитета по экологии, впоследствии перешла в комитет по делам женщин, семьи и молодежи.
5 сентября 2004 г. участвовала в выборах мэра Оренбурга от ЛДПР. Заняла четвертое место среди восьми кандидатов (1,54%).
В начале октября 2005 г. губернатор Калининградской области Георгий Боос назначил Елену Афанасьеву министром образования области, 16 ноября с нее были сняты депутатские полномочия. Однако уже 25 ноября Госдума отменила постановление о досрочном прекращении полномочий и вернула мандат Афанасьевой по просьбе лидера ЛДПР Владимира Жириновского.
С 2006 г. она исполняла обязанности заместителя председателя фракции ЛДПР Игоря Лебедева.
2 декабря 2007 г. избрана в Госдуму РФ V созыва по списку партии ЛДПР, возглавляла региональную группу №50 (Оренбургская область). В Думе была членом комитета по вопросам семьи, женщин и детей.
До 2010 г. входила в состав высшего совета ЛДПР, до 2011 г. являлась председателем центральной контрольно-ревизионной комиссии партии.
4 декабря 2011 г. вновь стала депутатом Государственной думы VI созыва, баллотировалась по партийному списку ЛДПР, на выборах возглавляла региональную группу № 56 по Оренбургской области. В Госдуме была членом комитета по вопросам семьи, женщин и детей. В декабре 2012 г. стала одним из авторов законопроекта, которым был введен запрет на усыновление иностранными гражданами детей-сирот из России.
В январе 2014 г. фракция ЛДПР заявила, что планирует выдвинуть на пост уполномоченного по правам человека кандидатуру Елены Афанасьевой. Однако она не набрала необходимого количества голосов и в окончательный список для тайного голосования не вошла. Омбудсменом стала Элла Памфилова, которая сменила Владимира Лукина.
С 2014 г. член Совета Федерации РФ (сенатор) от Оренбургской области. 26 сентября 2014 г. Елена Афанасьева была наделена полномочиями сенатора, представителя правительства Оренбургской области (полномочия продлены 18 сентября 2019 г.). С декабря 2017 г. по октябрь 2018 г. - заместитель председателя комитета СФ по конституционному законодательству и государственному строительству.
Была координатором Оренбургского регионального отделения ЛДПР, куратором отдела организационно-партийной работы центрального аппарата ЛДПР.
Награждена медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2020). Имеет благодарность правительства РФ (2017).