Родилась 27 марта 1975 г. в Оренбурге.
В 1997 г. окончила Оренбургский государственный педагогический университет (учитель истории и права), в 2007 г. - Дипломатическую академию МИД России (специалист в области международных отношений), в 2012 г. - Институт мировых цивилизаций, получив специальность юриста.
Кандидат исторических наук. В 2007 г. в Московском педагогическом государственном университете защитила диссертацию на тему "Участие Российской Федерации в урегулировании политических кризисов и межнациональных конфликтов на постсоветском пространстве (1992-2003 гг.)".
После института в течение полугода работала преподавателем истории в средней школе.
В 1994 г. принимала участие в организации Оренбургского регионального отделения Либерально-демократической партии России (ЛДПР). В 1998 г. была избрана председателем регионального отделения партии.
В 2003 г. назначена помощником депутата Государственной думы РФ III созыва Владимира Жириновского, лидера ЛДПР.
В 2003-2014 гг. - депутат Государственной думы РФ IV - V созывов. Член фракции ЛДПР.
7 декабря 2003 г. избрана депутатом Госдумы РФ IV созыва от ЛДПР по Оренбургскому одномандатному избирательному округу №132 (5,31% голосов). Вошла в комитет по экономической политике, предпринимательству и туризму. Затем, в 2004 г., стала членом комитета по экологии, впоследствии перешла в комитет по делам женщин, семьи и молодежи.
5 сентября 2004 г. участвовала в выборах мэра Оренбурга от ЛДПР. Заняла четвертое место среди восьми кандидатов (1,54%).
В начале октября 2005 г. губернатор Калининградской области Георгий Боос назначил Елену Афанасьеву министром образования области, 16 ноября с нее были сняты депутатские полномочия. Однако уже 25 ноября Госдума отменила постановление о досрочном прекращении полномочий и вернула мандат Афанасьевой по просьбе лидера ЛДПР Владимира Жириновского.
С 2006 г. она исполняла обязанности заместителя председателя фракции ЛДПР Игоря Лебедева.
2 декабря 2007 г. избрана в Госдуму РФ V созыва по списку партии ЛДПР, возглавляла региональную группу №50 (Оренбургская область). В Думе была членом комитета по вопросам семьи, женщин и детей.
До 2010 г. входила в состав высшего совета ЛДПР, до 2011 г. являлась председателем центральной контрольно-ревизионной комиссии партии.
4 декабря 2011 г. вновь стала депутатом Государственной думы VI созыва, баллотировалась по партийному списку ЛДПР, на выборах возглавляла региональную группу № 56 по Оренбургской области. В Госдуме была членом комитета по вопросам семьи, женщин и детей. В декабре 2012 г. стала одним из авторов законопроекта, которым был введен запрет на усыновление иностранными гражданами детей-сирот из России.
В январе 2014 г. фракция ЛДПР заявила, что планирует выдвинуть на пост уполномоченного по правам человека кандидатуру Елены Афанасьевой. Однако она не набрала необходимого количества голосов и в окончательный список для тайного голосования не вошла. Омбудсменом стала Элла Памфилова, которая сменила Владимира Лукина.
26 сентября 2014 г. Елена Афанасьева была наделена полномочиями члена Совета Федерации РФ от правительства Оренбургской области (полномочия продлены 18 сентября 2019 г.). С декабря 2017 г. по октябрь 2018 г. - заместитель председателя комитета СФ по конституционному законодательству и государственному строительству.
Была координатором Оренбургского регионального отделения ЛДПР, куратором отдела организационно-партийной работы центрального аппарата ЛДПР.
Награждена медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2020). Имеет благодарность правительства РФ (2017).