Родилась 27 мая 1956 г. в г. Угличе Ярославской области. С 1957 г. проживала в Севастополе.
В 1982 г. окончила Симферопольский государственный университет им. М. В. Фрунзе (ныне Таврический национальный университет имени В. И. Вернадского).
В 1973-1976 гг. - вожатая во Всесоюзном пионерском лагере "Артек".
С 1982 г. работала в средней школе учителем истории, была завучем по внеклассной воспитательной работе.
В 1995-2014 гг. - старший преподаватель кафедры истории и социально-гуманитарных наук в Севастопольском городском гуманитарном университете.
В 2014 г. принимала участие в акциях по защите русского языка.
После воссоединения Крыма и Севастополя с РФ стала депутатом Законодательного собрания Севастополя. Была избрана в Заксобрание I созыва 15 сентября 2014 г. по одномандатному избирательному округу №2. Баллотировалась от партии "Единая Россия", на выборах получила 57,85% голосов.
С 15 сентября 2014 г. по 6 сентября 2016 г. - заместитель председателя регионального парламента, одновременно с 22 марта по 6 сентября 2016 г. исполняла обязанности председателя Законодательного собрания.
С 6 сентября 2016 г. была председателем Законодательного собрания Севастополя I созыва.
8 сентября 2019 г. избрана депутатом Законодательного собрания Севастополя II созыва от "Единой России" по одномандатному округу №2 (42,92% голосов).
С 2019 г. - член Совета Федерации РФ (сенатор) от Севастополя. С сентября 2019 г. по октябрь 2020 г. представляла в СФ РФ законодательный орган государственной власти Севастополя (была наделена полномочиями 14 сентября 2019 г.). С 3 октября 2020 г. Екатерина Алтабаева представляет в Совете Федерации правительство Севастополя (сменила на посту сенатора вице-адмирал Валерия Куликова).
Член Союза писателей России (с апреля 2011 г.).
Первый заместитель секретаря регионального отделения партии "Единая Россия".
Отличник образования.
Награждена почетным знаком "За заслуги перед городом-героем Севастополем".
Автор и соавтор шести учебных книг по истории Севастополя, более 40 научных и методических пособий. Разработчик учебного курса "История Севастополя и его окрестностей с древнейших времен до середины XX века". В 2010-2011 гг. ею написаны четыре пособия по истории Севастополя для младших школьников "Мой любимый город Севастополь".
Участвовала в подготовке телевизионной компанией НТС более 40 документальных фильмов по истории Севастополя (цикл "Проект 17.83"). В качестве научного консультанта была приглашена для написания сценариев документальных фильмов "Белый айсберг" (об исходе Русской армии П. Врангеля из Крыма, о судьбе Русской эскадры в Бизерте, Тунис), 15-серийного цикла "Севастопольские рассказы".