Родилась 13 января 1966 г. в Волгограде в семье музыкантов. Ее отец, Виктор Николаевич Апексимов, преподавал в городской консерватории, в 1992 г. получил звание заслуженного работника культуры РФ. Мать, Светлана Яковлевна, работала хормейстером в Театре музыкальной комедии (ныне Волгоградский музыкальный театр), затем преподавателем дирижерско-хорового отделения Волгоградской консерватории.
После развода родителей Ирина Апексимова вместе с матерью проживала в Одессе (Украинская ССР, ныне Украина), где окончила среднюю школу.
После неудачной попытки поступить в Школу-студию им. Вл. И. Немировича-Данченко при Московском художественном академическом театре СССР им. М. Горького (ныне Школа-студия, институт, им. Вл. И. Немировича-Данченко при Московском художественном театре им. А. П. Чехова) работала в кордебалете Одесского театра музыкальной комедии (ныне Одесский академический театр музыкальной комедии им. Михаила Водяного). Затем вновь попыталась поступить в театральный вуз, но не прошла и переехала в Волгоград, где стала актрисой Театра музыкальной комедии.
В 1985 г. Ирина Апексимова поступила в Школу-студию МХАТ на курс Олега Табакова. Вместе с ней учились Владимир Машков, Евгений Миронов и ее будущий муж - Валерий Николаев. Окончила Школу-студию в 1990 г. Впоследствии прошла курс обучения современному танцу в Калифорнийском университете (США), занималась степом, джазовым танцем и вокалом в Джульярдской школе (Нью-Йорк, США).
С 1990 по 2000 г. Ирина Апексимова была актрисой Московского художественного театра им. А. П. Чехова. Исполняла роли в спектаклях: "Борис Годунов" по исторической драме Александра Пушкина, "Горе от ума" по комедии Александра Грибоедова, "Дядя Ваня" по пьесе Антона Чехова.
В 2000-х гг. участвовала в антрепризных постановках, в т. ч. в проектах собственного театрального агентства "Бал Аст" (ликвидировано в 2016 г.).
С 2012 по 2015 г. занимала пост директора Театра Романа Виктюка.
С марта 2015 г. Ирина Апексимова является директором Московского театра на Таганке. В декабре 2020 г. также заняла должность директора театра "Содружество актеров Таганки". По ее словам, соответствующее решение Департамента культуры Москвы позволит консолидировать управление двумя театральными зданиями, которые изначально являлись одним целым. 8 октября 2021 г. Ирина Апексимова сообщила об объединении Московского театра на Таганке и "Содружества актеров Таганки".
Ирина Апексимова известна в качестве киноактрисы. Дебютной для нее стала роль Ксюши в драме Виктора Трегубовича "Башня" (1987). Также она снималась в фильмах "Ширли-мырли" (1995, режиссер Владимир Меньшов), "Му-му" по мотивам повести Ивана Тургенева (1998, Юрий Грымов) и "Игра в правду" (2013, Виктор Шамиров). Широкую известность получила работа Ирины Апексимовой в остросюжетном телесериале "День рождения Буржуя" (1999, Анатолий Матешко, Россия - Украина). Она исполнила роль Амины, супруги предпринимателя Владимира Коваленко (его сыграл Валерий Николаев). Последняя роль к настоящему времени - Елена Ракова в четырехсерийном детективе "Лютый-2" (2018, Дмитрий Петрунь). В общей сложности Ирина Апексимова снялась в более чем 50 фильмах и сериалах.
В качестве режиссера поставила двухсерийную мелодраму "Спящий и красавица" (2008).
В 2003 г. была ведущей телеигры "Искушение" (ТВС), в 2006-2008 гг. - одной из ведущих программы "Доброе утро" (Первый канал). В 2006 г. в паре с певцом Александром Маршалом участвовала в музыкальном проекте Первого канала "Две звезды". В 2018 г. выступала в вокальном проекте "Три аккорда" на том же канале.
В 2011 г. Ирина Апексимова вместе с музыкальным коллективом под руководством Тимура Ведерникова представила сольную программу "А мне Одесса - девочка!".
Учредитель автономной некоммерческой организации "Продюсерский центр Ирины Апексимовой".
Член Союза кинематографистов РФ.
Член Комиссии по премиям г. Москвы в области литературы и искусства (секция художественной литературы, театрального и киноискусства).
В 2016 г. являлась доверенным лицом Всероссийской политической партии "Единая Россия" на выборах в Государственную думу РФ VII созыва, в 2018 г. - доверенным лицом кандидата на пост мэра Москвы Сергея Собянина.
Заслуженная артистка РФ (2021).
Обладательница приза за лучшую женскую роль Парижского кинофестиваля (1994, за работу в короткометражной французской драме "Октябрь").
Была дважды замужем. Первый супруг - актер Валерий Николаев (род. 1965). Дочь - Дарья Авратинская (род. 1994, актриса Московского театра на Таганке). Вторым мужем был предприниматель Алексей Ким.