Родился 21 декабря 1936 г. в гор. Смоленске в семье военнослужащего.
Во время Великой Отечественной войны находился в родном городе, который в 1941-1943 гг. был оккупирован германскими войсками. После освобождения Смоленска Эдуард Балтин окончил семь классов местной школы, а с восьмого по десятый класс учился в г. Выборге (Ленинградская обл.), где в свободное от учебы время посещал морской клуб.
В 1954 г. поступил на минно-торпедный факультет Балтийского высшего военно-морского училища (ныне Балтийский военно-морской институт имени Ф. Ф. Ушакова, Калининград). В 1956 г. перевелся в Каспийское высшее военно-морское училище им. С. М. Кирова в г. Баку Азербайджанской ССР (ныне Азербайджанское высшее военно-морское училище). После окончания училища в 1958 г. был назначен командиром минно-торпедной боевой части сторожевого корабля "Куница" (проект 50) Черноморского флота (ЧФ).
С 1960 г., после трехмесячных курсов переподготовки в Балаклаве (ныне город в составе Севастополя, РФ), проходил службу на средних дизель-электрических подводных лодках (ДЭПЛ) проекта 613 в составе ЧФ.
В 1968 г. окончил командный факультет Высших специальных офицерских классов Военно-морского флота в Ленинграде (ныне Военный институт дополнительного профессионального образования ВУНЦ ВМФ "Военно-морская академия", Санкт-Петербург).
В декабре 1968 г. Эдуард Балтин был назначен командиром ДЭПЛ С-310 проекта 690 "Кефаль". В апреле 1969 г. - переведен на службу старшим помощником командира атомного стратегического ракетоносца К-249 проекта 667А "Навага" на Северный флот (СФ).
В июне 1971 г. стал командиром субмарины К-418 пр. 667А. Неоднократно принимал участие в дальних боевых походах.
В 1975 г. стал выпускником командного факультета Военно-морской академии им. Н. Г. Кузнецова в г. Ленинграде, после чего был назначен начальником штаба - заместителем командира 13-й дивизии атомных подводных лодок СФ.
В 1980 г. окончил Военную академию Генерального штаба ВС СССР им. К. Е. Ворошилова в Москве (ныне Военная академия Генерального штаба РФ) и принял командование 41-й дивизией стратегических атомных подводных лодок СФ. Под руководством Эдуарда Балтина отрабатывалось применение баллистического ракетного оружия в условиях арктических широт, в т. ч. проведенные в рамках учений 1981 г. первые ракетные пуски с борта находившихся подо льдами подводных лодок.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания, указом Президиума Верховного Совета СССР от 9 октября 1981 г. капитану 1-го ранга Эдуарду Балтину было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда".
17 февраля 1982 г. герою было присвоено звание контр-адмирала.
В апреле того же года Эдуард Балтин был назначен заместителем командующего флотилией атомных подводных лодок СФ. С октября 1983 г. командовал 2-й Краснознаменной флотилией атомных подводных лодок Тихоокеанского флота (ТОФ).
В 1983-1990 гг. являлся заместителем командующего ТОФ. С 1990 г. возглавил кафедру оперативного искусства ВМФ Военной академии Генерального штаба ВС СССР им. К. Е. Ворошилова.
После распада Советского Союза, в декабре 1992 г., указами президентов России и Украины Бориса Ельцина и Леонида Кравчука вице-адмирал Эдуард Балтин был назначен командующим Черноморским флотом (утвержден в должности в январе 1993 г.). В период расформирования и раздела флота между странами поддерживал содержание военно-морских сил в боевой готовности.
В ходе грузино-абхазского конфликта 1992-1993 гг. руководил миротворческой операцией по высадке морского десанта в г. Поти (Грузия) и эвакуации мирного населения из зоны боевых действий. По просьбе администрации будущего президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе во время его визита в осажденный абхазскими войсками г. Сухуми (Абхазия) силами ЧФ выполнил отвлекающий маневр - организовал захват небольшого плацдарма на берегу, чтобы отвлечь абхазскую ПВО и обеспечить эвакуацию политика воздухом.
В июне 1993 г. Эдуарду Балтину было присвоено воинское звание "адмирал".
В 1995 г. баллотировался в Государственную думу РФ II созыва в составе избирательного блока "За Родину!". В интервью ИТАР-ТАСС адмирал утверждал, что "положение в стране таково, что офицеры и генералы, которым небезразлична судьба России, вынуждены идти в политику". По итогам голосования в Думу не прошел.
27 января 1996 г. адмирал был освобожден от должности командующего ЧФ и переведен в распоряжение Главного управления кадров Министерства обороны РФ, а в конце того же года ушел в запас.
После увольнения проживал в Москве, преподавал и вел научную работу в Военной академии ГШ ВС РФ в должности доцента.
Являлся членом президиума координационного совета, членом руководства Народно-патриотического союза России, участвовал в "Движении в поддержку армии". В 1997 г. был кандидатом в депутаты Московской городской думы.
В 2003 г. баллотировался в Госдуму IV созыва во главе списка Народно-республиканской партии России, в Думу не прошел.
Эдуард Балтин скончался 7 октября 2008 г. в Москве на 72-м году жизни. Похоронен на Братском кладбище Смоленска.
Адмирал (1993).
Был награжден орденом Ленина (1981), орденами "За службу Родине в Вооруженных Силах СССР" III степени (1978), "За военные заслуги", медалями и именным оружием.
Почетный полярник.