Родился 8 сентября 1945 г. в Харькове (Украинская ССР, ныне Украина) в семье фармацевтов.
В 1967 г. окончил электромашиностроительный факультет Харьковского политехнического института (ХПИ, ныне имеет статус национального технического университета). Руководил студенческим самодеятельным театром "Силуэт" (1964-1969). До 1969 г. работал в ХПИ инженером.
С 1969 по 1971 г. проходил службу в войсках противовоздушной обороны.
В 1971-1973 гг. преподавал в Донецком политехническом техникуме (Украинская ССР; ныне Донецкий политехнический колледж, Украина).
В 1978 г. Владимир Фокин окончил режиссерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ВГИК; ныне Всероссийский государственный институт кинематографии им. С. А. Герасимова). Выпускник мастерской народного артиста РСФСР Юрия Егорова. Дипломная работа - короткометражная картина "Смерть чиновника" по рассказу Антона Чехова.
Дебютным полнометражным фильмом Владимира Фокина стал детектив "Сыщик" (1979). За ним последовала киноповесть о Великой Отечественной войне "Александр Маленький" (1981, СССР - ГДР).
Наиболее известная режиссерская работа - десятисерийный телефильм "ТАСС уполномочен заявить..." по роману Юлиана Семенова (1984). Сюжет сериала строится на разоблачениях советской разведки американской шпионской сети, планирующей государственный переворот для свержения просоветского правительства в одной из африканских республик. Фильм, в котором снялись звезды советского экрана, включая Юрия Соломина и Вячеслава Тихонова, завоевал огромную популярность среди зрителей. Также в 1980-х гг. снял комедию "Клуб женщин" (1987) и драму "До первой крови" (1989).
В 1990-1995 гг. Владимир Фокин являлся художественным руководителем киностудии "Рапид", в 1996-1997 гг. - главным режиссером телекомпании "Каскад". Также был режиссером циклов телепередач "Клуб земляков" (1993-1994) и "Старая квартира" (1998-1999).
В 2000-х гг. вернулся к кинематографической режиссуре. Снял фильмы "Дом для богатых" (2000) и "Ниоткуда с любовью, или Веселые похороны" (2008), телесериал "Пятый ангел" (2003).
Владимир Фокин преподает во Всероссийском государственном институте кинематографии им. С. А. Герасимова и на Высших курсах сценаристов и режиссеров им. Г. Н. Данелии. Является профессором ВГИКа.
Член Союза кинематографистов РФ, Российской академии кинематографических искусств, Национальной академии кинематографических искусств и наук России.
Заслуженный деятель искусств РФ (1996). Народный артист РФ (2008).
Награжден орденом Почета (2017).
Лауреат премии Ленинского комсомола (1981).
Дочь - Полина Фокина (род. 1972, актриса московского театра "Содружество актеров Таганки").