Родился 15 августа 1980 г. в г. Куйбышеве (ныне Самара).
В 2002 г. окончил Самарскую государственную экономическую академию (ныне университет) по специальности "экономическая теория" (специализация - "теория и организация рынка ценных бумаг"), в 2011 г. - магистратуру Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ (РАНХиГС) по специальности "административное и финансовое право". Участник третьего набора программы развития кадрового управленческого резерва Высшей школы государственного управления РАНХиГС (2019).
Кандидат экономических наук. В 2005 г. в Самарской государственной экономической академии защитил диссертацию на тему "Рынок российских субфедеральных долговых ценных бумаг: становление и развитие".
С августа 2001 г. по август 2005 г. работал в департаменте управления финансами администрации Самарской области, занимал должности ведущего специалиста, консультанта.
В 2005-2007 гг. был начальником отдела в Министерстве управления финансами Самарской области.
С июля 2007 г. по апрель 2012 г. руководил департаментом исполнения областного бюджета и отчетности Министерства управления финансами Самарской области.
В 2012 г. переехал в Москву, где до 2014 г. возглавлял управление совершенствования функциональной деятельности Федерального казначейства (Казначейство России).
С марта 2014 г. по январь 2017 г. был министром финансов Московской области (глава кабинета по должности - губернатор региона Андрей Воробьев).
С января по май 2017 г. - министр экономики и финансов Московской области.
С 4 мая 2017 г. по 22 января 2020 г. - заместитель министра финансов РФ Антона Силуанова.
С 21 января 2020 г. - министр труда и социальной защиты РФ в правительстве Михаила Мишустина. Во главе ведомства сменил Максима Топилина. 14 мая 2024 Антон Котяков был переназначен на должность. В Госдуме его кандидатуру поддержали 348 депутатов из 448, против проголосовали 27, воздержались - 55.
Действительный государственный советник РФ III класса (2018).