Родился 2 марта 1930 г. в г. Середина-Буда Сумской области Украинской ССР (ныне Украина) в семье железнодорожника. В 1932 г. вместе с родителями переехал в подмосковный поселок Калининский (ныне г. Королев Московской области).
Образование, научная деятельность
В 1948 г. поступил в Московский медицинский институт Министерства здравоохранения РСФСР. На третьем курсе перешел в 1-й Московский медицинский институт, откуда перевелся на биологический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова. Окончил его в 1954 г. по специальности "физиолог".
Кандидат биологических наук. В 1964 г. в Институте биологической физики Академии наук СССР защитил диссертацию по теме "Электрические свойства миокардиальных волокон сердца лягушки".
В 1954-1960 гг. работал лаборантом на кафедре физиологии животных биологического факультета МГУ.
С 1961 по 1964 г. - старший инженер, затем младший научный сотрудник Института биологической физики АН СССР.
В 1964-1969 гг. заведовал отделом межфакультетской лаборатории математических методов в биологии МГУ им. М. В. Ломоносова.
С 1970 г. - научный сотрудник Московской рыбоводно-мелиоративной опытной станции.
Участие в диссидентском движении
В 1966 г. Сергей Ковалев организовал в Институте биофизики сбор подписей под обращением в президиум Верховного Совета СССР в защиту литераторов Андрея Синявского и Юлия Даниэля, осужденных по ст. 70 Уголовного кодекса РСФСР ("Антисоветская агитация и пропаганда") за публикацию своих художественных произведений на Западе.
С 1968 г. активно участвовал в диссидентском движении. В мае 1969 г. вошел в состав инициативной группы защиты прав человека в СССР. В том же году под давлением администрации был вынужден уволиться из МГУ.
В 1971-1974 гг. был одним из участников издания "Хроники текущих событий" - самиздатского машинописного сборника, в котором фиксировались случаи нарушения прав человека в СССР, а также публиковалась хроника диссидентского движения.
С сентября 1974 г. - член московской группы международной неправительственной организации "Международная амнистия".
Заключение и ссылка
28 декабря 1974 г. Сергей Ковалев был арестован по обвинению в "антисоветской агитации и пропаганде". Ему вменялось участие в издании "Хроники текущих событий", а также распространение книги Александра Солженицына "Архипелаг ГУЛАГ".
В декабре 1975 г. Ковалев был приговорен к семи годам заключения в колонии строгого режима и трем годам ссылки. Отбывал срок в Скальнинских (Пермских) лагерях и в Чистопольской тюрьме, ссылку – в Магаданской области.
В 1984-1987 гг., по отбытии срока ссылки, жил в г. Калинине (ныне Тверь), где работал сторожем.
Политическая и общественная деятельность в конце 1980-х – 1990-х гг.
В 1987 г. Сергей Ковалев вернулся в Москву. До 1990 г. занимал должность инженера в Институте проблем передачи информации АН СССР.
В годы перестройки начал активную общественно-политическую деятельность, вместе с бывшими политзаключенными Ларисой Богораз, Вячеславом Черноволом, Сергеем Григорьянцем участвовал в создании пресс-клуба "Гласность" (позднее на его основе была воссоздана Московская Хельсинкская группа).
В 1989 г. принимал участие в учредительном съезде историко-просветительского и правозащитного общества "Мемориал". В 1990 г. стал его сопредседателем. Входил в правление "Международного Мемориала" (последний раз переизбран членом правления в ноябре 2018 г.), а также с 2006 г. был руководителем его дочерней структуры - общественной организации "Российское историко-просветительское и правозащитное общество "Мемориал".
С 1990 г. - член Московской Хельсинкской группы (МХГ).
В 1990-1994 гг. - глава делегации России в Комиссии ООН по правам человека в Женеве (Швейцария).
В 1990-1993 гг. - народный депутат РСФСР/РФ. В марте 1990 г. был избран от блока "Демократическая Россия" по Чертановскому территориальному округу №58 (Москва). Получил 53,7% голосов. Являлся председателем комитета Верховного Совета РФ по правам человека, членом Конституционной комиссии Съезда народных депутатов РСФСР, входил во фракции "Демократическая Россия", "Согласие ради прогресса". В октябре 1993 г. поддержал решение президента РФ Бориса Ельцина о ликвидации высших органов власти в стране - Съезда народных депутатов и Верховного Совета РФ. Был лишен депутатского мандата на Х чрезвычайном съезде народных депутатов (23 сентября - 4 октября 1993 г.).
В 1991 г. назначен сопредседателем советской делегации на Московском совещании - конференции по человеческому измерению Совещания по безопасности и сотрудничеству в Европе.
С 1991 г. возглавлял в качестве председателя совет Международного исследовательского центра по правам человека, созданного по инициативе МХГ. Был одним из авторов Декларации прав и свобод человека и гражданина в России, принятой Верховным Советом РСФСР 22 ноября 1991 г.
В 1992-1993 гг. входил в руководство движения "Демократическая Россия" (лидеры – Лев Пономарев, Глеб Якунин и др.).
С октября 1993 г. по январь 1994 г. – председатель политического движения "Выбор России".
С 26 сентября 1993 г. по 27 января 1996 г. - председатель Комиссии по правам человека при президенте РФ. Подал в отставку 23 января 1996 г. из-за несогласия с политикой властей, которых Ковалев обвинил в отказе от демократических реформ.
В 1993-1995 гг. – депутат Государственной думы РФ I созыва. Был избран 12 декабря 1993 г. по Варшавскому одномандатному округу №192 (Москва), набрав 22,95% голосов. Баллотировался от движения "Выбор России" (лидер – Егор Гайдар), в Думе был членом одноименной фракции.
С 17 января 1994 г. по 10 марта 1995 г. - уполномоченный по правам человека в РФ. Был утвержден в должности Госдумой РФ как представитель "Выбора России" в рамках межфракционного пакетного соглашения по распределению парламентских постов.
С сентября 1994 г. по ноябрь 2001 г. – член Президентского совета (главой государства в 1994-1999 гг. был Борис Ельцин, с 2000 г. – Владимир Путин).
После начала в декабре 1994 г. первой чеченской войны Сергей Ковалев был назначен заместителем руководителя Временной наблюдательной комиссии по соблюдению конституционных прав и свобод граждан в зоне вооруженного конфликта в Чечне (глава комиссии – вице-спикер Госдумы Валентин Ковалев). Кроме того, в декабре 1994 г. при поддержке "Мемориала" и других общественных организаций Ковалев создал Миссию уполномоченного по правам человека на Северном Кавказе (с марта 1995 г. - Миссия общественных организаций под руководством С. А. Ковалева). Выступал за прекращение боевых действий, вывод российских войск из Чечни и проведение переговоров между федеральными властями и лидерами сепаратистов.
10 марта 1995 г. Государственная дума РФ отстранила Сергея Ковалева от должности уполномоченного по правам человека в РФ (за - 240 депутатов, против - 75, воздержались шестеро).
16-19 июня 1995 г. Сергей Ковалев находился в г. Буденновске Ставропольского края, где отряд чеченских боевиков под руководством Шамиля Басаева захватил городскую больницу с 1 тыс. 586 заложниками. Участвовал в переговорах с террористами, по итогам которых была достигнута договоренность об освобождении заложников в обмен на прекращение российскими войсками боевых действий и свободный выезд террористов из Буденновска.
Указом президента т. н. Чеченской Республики Ичкерии Джохара Дудаева Сергей Ковалев был награжден орденом "Рыцарь чести" (указ был подписан в 1995 г., вручение состоялось в Москве в январе 1997 г.).
В 1995-1999 гг. - депутат Госдумы РФ II созыва. Был избран 17 декабря 1995 г. по Чертановскому одномандатному округу №204 (Москва). Баллотировался от избирательного блока "Демократический выбор России - Объединенные демократы", на выборах получил 22,99% голосов избирателей. В Думе входил в группу "Демократический выбор России", был членом комитета по международным делам.
С 1996 по 2001 г. - член политсовета партии "Демократический выбор России" (в 2001 г. вошла в состав партии "Союз правых сил", СПС).
В 1996-2003 гг. входил в российскую делегацию в Парламентской ассамблее Совета Европы (сначала по квоте фракции "Яблоко", затем – Союза правых сил).
Политическая деятельность в 2000-2010-х гг.
В 1999-2003 гг. – депутат Государственной думы РФ III созыва. 19 декабря 1999 г. был избран по списку избирательного блока "Союз правых сил" (седьмой номер общей части списка). Член фракции СПС, входил в состав комитета Госдумы по делам общественных объединений и религиозных организаций.
7 декабря 2003 г. баллотировался в Государственную думу IV созыва по списку партии "Яблоко" (возглавлял Петербургскую региональную группу). В Думу не прошел, так как партия не преодолела 5-процентный барьер (4,30%).
В сентябре 2006 г. вступил в партию "Яблоко", был избран сопредседателем ее правозащитной фракции. С 2008 по 2019 г. являлся членом политического комитета партии "Яблоко".
2 декабря 2007 г. баллотировался в Госдуму V созыва по списку "Яблока" (был вторым номером в общей части списка). В Думу избран не был, так как партия не преодолела 7-процентный барьер (1,59%).
4 декабря 2011 г. был включен в список "Яблока" на выборах в Госдуму VI созыва под №11 в составе региональной группы №17 (Республика Мордовия, Пензенская область, Ульяновская область). В Думу не прошел, т. к. партия набрала 3,43% и не преодолела 7-процентный барьер.
В августе 2008 г. осудил действия России в Южной Осетии и Грузии, в 2014 г. выступил против воссоединения Крыма с Россией.
13 февраля 2018 г. Сергей Ковалев стал доверенным лицом кандидата в президенты РФ от партии "Гражданская инициатива" Ксении Собчак (заняла четвертое место из восьми кандидатов с результатом 1,68%).
9 августа 2021 г. Сергей Ковалев умер на 92-м году жизни.
Награды, премии, почетные звания, книги
Был награжден орденом Томаша Гаррига Масарика II степени (Чехия, 2003), Крестом Марьямаа (Эстония, 2005), Большим Крестом ордена Заслуг перед Республикой Польша (2009), медалью "Памяти 13 января" (Литва, 1992). Являлся кавалером ордена Почетного легиона (Франция, 2006).
Лауреат ряда национальных и международных премий: Совета Европы в области прав человека (1995), Национального фонда поддержки демократии (США, 1996, совместно с Е. Боннэр), премии Кеннеди (2000), премии Улофа Пальме (2004), премии Европарламента "За свободу мысли" им. Андрея Сахарова (2009, в качестве одного из руководителей "Мемориала") и др.
Почетный гражданин Кракова. Почетный доктор Каунасской академии медико-биологических наук, Эссекского университета (Великобритания), Варшавского университета (Польша, 2018).
Автор изданной на польском языке книги "Миссия Ковалева" - документально-публицистического рассказа о событиях чеченской войны (1995), а также опубликованной на немецком языке книги воспоминаний "Полет белой вороны" (1997). На русском изданы его книги "Прагматика политического идеализма" (1999), "Мир, страна, личность" (2000).
Личные сведения
Сергей Ковалев был женат, имел троих детей: сын Иван (род. 1954), дочери Мария и Варвара.