Родился 23 мая 1952 г. в Москве в семье офицера Министерства государственной безопасности СССР.
В 1975 г. окончил экономический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
В 1975–1977 гг. был стажером Института мировой экономики и международных отношений Академии наук (АН) СССР.
С 1977 по 1983 г. - младший научный сотрудник Всесоюзного научно-исследовательского института системных исследований Госкомитета Совета министров СССР по науке и технике и АН СССР.
В 1983–1991 гг. - старший научный сотрудник, заведующий лабораторией природно-экологического потенциала народного хозяйства Института народно-хозяйственного прогнозирования АН СССР.
С августа по ноябрь 1991 г. являлся заместителем министра экономики РСФСР Евгения Сабурова.
С 10 ноября 1991 г. по 30 мая 1992 г. - министр топлива и энергетики РФ в правительстве Бориса Ельцина. Был заместителем председателя Специальной комиссии правительства РФ по оперативному регулированию ресурсообеспечения.
В 1992 г. после отставки некоторое время был советником правительства РФ.
В том же году перешел на работу в инвестиционный банк Lazard Freres et Cie ("Лазар фрер э си"), где до 1996 г. занимал должность старшего советника. Позднее являлся партнером дочерней структуры банка - "Лазар - Восточная Европа". Занимался консультированием российского правительства в финансовой сфере.
С 1997 г. руководил собственной инвестиционной компанией Vanguard ("Вангвард"). Также был членом совета директоров Кристалбанка (лицензия отозвана в 2005 г.).
С 2005 г. входил в совет директоров АО "Гражданские самолеты Сухого".
В 2007–2008 гг. являлся советником председателя совета директоров (курировал вопросы привлечения инвестиций, связи с госорганами), членом совета директоров управляющей холдинговой компании "РТМ".
С 2013 г., по данным "Спарк-Интерфакс", входил в совет директоров Первого нефтеперерабатывающего завода Монголии.
С 2014 г. являлся партнером и аналитиком инвестиционной компании Septem Capital ("Септем капитал").
Также, по данным "Спарк-Интерфакс", был гендиректором и владельцем инвестиционной компании "Навин" (Москва).
25 мая 2020 г. Владимир Лопухин скончался от коронавирусной инфекции в Москве.
Владел английским языком.
Был женат.
Коллекционировал гравюры.