Родился 12 июня 1947 г. в Днепропетровске (Украинская ССР, ныне - Днепр, Украина) в семье Сергея Тимофеевича и Софии Петровны Лопушанских. Отец, участник Великой Отечественной войны, скончался в 1953 г. Мать (1926-2008) – лингвист, доктор филологических наук, заслуженный деятель науки РФ.
В 1970 г. окончил Казанскую государственную консерваторию (ныне – Казанская государственная консерватория (академия) им. Н. Г. Жиганова) по классу скрипки.
В 1970-1973 гг. учился в аспирантуре Ленинградской государственной консерватории (ЛГК) им. Н. А. Римского-Корсакова (ныне - Санкт-Петербургская государственная консерватория им. Н. А. Римского-Корсакова).
В 1974 г. там же защитил диссертацию "Русская музыкально-исполнительская эстетика второй четверти XIX века" и стал кандидатом искусствоведения.
Работал преподавателем Казанской и Ленинградской консерваторий, редактором в Ленинградском академическом Малом оперном театре (ныне - Санкт-Петербургский государственный академический театр оперы и балета им. М. П. Мусоргского - Михайловский театр).
В 1973-1976 гг. учился на факультете музыкальной режиссуры ЛГК.
В 1979 г. окончил в Москве Высшие курсы сценаристов и режиссеров, где занимался в мастерской Эмиля Лотяну. В период обучения проходил практику на съемках фильма Андрея Тарковского "Сталкер".
С 1980 г. работал режиссером-постановщиком на киностудии "Ленфильм", с середины 2000-х гг. ставил фильмы при продюсерской поддержке компании Андрея Сигле Proline Film ("Пролайн фильм").
Константин Лопушанский получил известность в качестве кинорежиссера, преимущественно работающего в жанрах притчи и антиутопии. Он является автором или соавтором сценариев ко всем своим лентам. Дебютной полнометражной работой режиссера стала научно-фантастическая драма "Письма мертвого человека" с участием Ролана Быкова и Вацлава Дворжецкого (1986). В дальнейшем он поставил кинокартины: "Голый" (1987, короткометражный фильм), "Посетитель музея" (1989, СССР - ФРГ - Швейцария), "Русская симфония" (1994), "Конец века" (2001), "Гадкие лебеди" (2006, Россия – Франция – Швейцария; на основе одноименной повести Аркадия и Бориса Стругацких) и "Роль" (2013, Россия - Белоруссия - Финляндия - Германия).
Фильмы Константина Лопушанского неоднократно отмечались различными наградами: "Письма мертвого человека" – Гран-при международного кинофестиваля (МКФ) в Мангейме (1986, ФРГ), специальным призом жюри МКФ в Трое (1986, Португалия), главным призом МКФ в Варне (1987, Болгария) и специальным призом жюри Всесоюзного кинофестиваля в Тбилиси (1987, Грузинская ССР, ныне - Грузия), "Голый" – призом МКФ в Турине (1987, Италия), "Посетитель музея" – двумя призами Московского международного кинофестиваля (1989), "Русская симфония" – призом экуменического жюри Берлинского МКФ (1995, Германия), "Роль" – Гран-при кинофестиваля "Виват, кино России!" (2014, Санкт-Петербург).
Константин Лопушанский является профессором кафедры режиссуры факультета экранных искусств Санкт-Петербургского государственного института кино и телевидения, входит в состав художественного совета вуза.
Член Союза кинематографистов РФ, Российской академии кинематографических искусств "Ника", Национальной академии кинематографических искусств и наук России, Европейской киноакадемии.
В 1991-1996 гг. возглавлял Христианскую киноассоциацию Санкт-Петербурга.
В 2007 г. являлся председателем жюри фестиваля документальных, короткометражных, анимационных и экспериментальных фильмов "Послание к Человеку" (Санкт-Петербург).
Заслуженный деятель искусств РФ (1997). Народный артист РФ (2007).
Константин Лопушанский награжден орденом "За заслуги в культуре и искусстве" (2025).
Лауреат Государственной премии РСФСР им. братьев Васильевых (1987, за создание фильма "Письма мертвого человека"), премии правительства Санкт-Петербурга в области литературы, искусства и архитектуры (2007, за создание фильма "Гадкие лебеди").
В 2008 г. Константин Лопушанский выпустил сборник сценариев "Русская симфония". В нем представлены как оригинальные сценарии, так и работы, написанные в соавторстве. В 2010 г. была издана книга Константина Лопушанского "Диалоги о кино", в которую вошли избранные статьи, интервью, воспоминания об известных кинематографистах и др.